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NCBI隐马尔可夫模型(HMM)15.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)15.0版现已推出!

下载15.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型(HMM)原核基因组注释管道(PGAP)!使用HMMER序列分析包裹。

有什么新功能?

15.0版包含:

  • NCBI维护的16667个HMM
  • 自14.0版以来的279个新HMM
  • 数百个HMM具有更好的名称、EC编号、基因本体(GO)术语、基因符号或出版物。 

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NCBI隐马尔可夫模型(HMM)13.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)13.0版现已推出!

NCBI蛋白质谱13.0版本原核基因组注释管道(PGAP)现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能?

13.0版本包含:

  • NCBI维护的16143个HMM
  • 自12.0版以来,共有315个新HMM
  • 286个HMM,有更好的名称、EC编号、基因本体(GO)术语、基因符号或出版物

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NCBI隐马尔可夫模型(HMM)12.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)12.0版现已推出!

NCBI蛋白质谱12.0版原核基因组注释管道(PGAP)现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能?

12.0版包含:

  • NCBI维护的15849个HMM
  • 自11.0版以来,共有271个新HMM
  • 1248个HMM具有更好的名称、EC编号,基因本体论(GO)术语、基因符号或出版物

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NCBI隐马尔可夫模型(HMM)10.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)10.0版现已推出!

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型(HMM)10.0版(PGAP公司)现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

10.0版本包含由NCBI维护的15360个模型,包括自9.0以来的228个新模型,99个显著修改的模型,205个分配了更好的名称、EC编号、,基因本体论(GO)术语、基因符号或出版物。您可以在蛋白质家族模型集合,其中还包括保守的域体系结构和BlastRules,并查找所有参考序列它们命名的蛋白质。

与HMM相关的GO术语现在传播到CDS和用PGAP注释的蛋白质。如果您错过了,请查看我们的上一篇博客文章关于这个话题。

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)8.0版现已推出!

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)8.0版现已推出!

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型(HMM)8.0版(PGAP公司),现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

8.0版本包含15358个型号,其中包括自7.0以来的160个新型号。此外,我们还添加了更好的名称、EC编号、,基因本体论(GO)超过550个现有HMM的术语、基因符号或出版物。您可以在蛋白质家族模型集合它还包括保守的域结构和BlastRules,并找到所有它们命名的RefSeq蛋白。

与HMM相关的GO术语现在传播到用PGAP注释的编码序列和蛋白质。如果您错过了,请参阅我们的上一篇博客文章关于这个话题。

7.0版中添加到NCBI Hidden Markov models(HMM)集合的新模型

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型(HMM)7.0版(PGAP公司),现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

图1。最近添加的组氨酸组胺反转运蛋白家族的基于HMM的蛋白质家族模型(NF040512型),带有GO条款(框中为红色)。

继续阅读“使用7.0版将新模型添加到NCBI Hidden Markov models(HMM)集合”

根据您喜爱的原核蛋白质搜索NCBI Hidden Markov模型集合

NCBI Hidden Markov models(HMM)6.0版本,可从我们的FTP站点,拥有NCBI支持的15247个模型。我们又创建了80个新HMM,并通过删除2151个几乎相同的HMM来整合集合。版本6.0还包含12656PFAM系列源于适用于原核蛋白的第34版。您可以使用HMMER公司序列分析包,针对您最喜欢的原核蛋白搜索集合,以确定其功能。我们还为500多个HMM添加了更多特定名称或相关EC编号、基因符号和出版物。

基因本体(GO)术语属性现在可用于20%的HMM模型(参见下面的图1)。我们在现有映射的基础上添加了其中的大多数,但我们的专家正在努力创建更多的关联。从秋季开始,我们将开始从HMM向注释基因组和蛋白质传播GO术语!

蛋白质家族模型示例,TIGR03697.1,用于全球氮调节器NtcA蛋白质家族,带有新显示的GO术语(框为红色)。
图1。蛋白质家族模型示例,钨极氩弧焊R03697.1用于全球氮调节器NtcA蛋白家族,带有新显示的GO术语(框为红色)。

继续阅读“根据您喜爱的原核蛋白搜索NCBI Hidden Markov模型集合”

NCBI隐马尔可夫模型(HMM)4.0版现已推出!

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型(HMM)4.0版(PGAP公司)现在可以从我们的文件传输协议现场。您可以使用HMMER公司序列分析包。

本次发布包含17443款车型,其中包括自上次发布以来的94款新车型。我们还更新了名称,并为100多个模型添加了EC编号和基因符号。您可以在新部署的蛋白质家族模型该集合还包括保守的域体系结构和BlastRules,并允许您查找所有参考序列由这些图谱命名的蛋白质。查看我们的最近的帖子了解更多详细信息。