标签:GenBank(基因银行)

新数据可用!在NCBI获取禽流感A(H5N1)病毒序列

新数据可用!在NCBI获取禽流感A(H5N1)病毒序列

序列数据来自牛持续爆发甲型H5N1禽流感病毒现在可以通过NLM的NCBI资源获得NCBI病毒NCBI数据集.

这些数据由美国农业部(USDA),美国疾病控制与预防中心(CDC),的世界卫生组织(WHO),爱荷华州立大学、和圣犹大儿童研究医院继续阅读“新数据可用!访问NCBI上的禽流感A(H5N1)病毒序列”

国际核苷酸数据库合作组织(INSDC)推出增强型网站

国际核苷酸数据库合作(INSDC)推出增强型网站

旨在扩大INSDC成员并吸引多样化的新成员

国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心(NCBI)和国际核苷酸数据库合作组织(INSDC)的其他创始成员增强了其网站,网址:www.insdc.org,提供关于世界各地利益相关方如何评估其参与INSDC准备情况的综合信息。这项工作支持了INSDC扩大成员范围和吸引合格核苷酸序列数据库的目标。网络内容现在包括正式的创始人安排和成员安排,以及关于INSDC使命、愿景、治理和技术文档的其他更新信息。为此,INSDC鼓励相关方参观这个INSDC网站了解更多信息。继续阅读“国际核苷酸数据库合作(INSDC)推出增强型网站”

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

NCBI病毒SARS-CoV-2变种中的自动世系定义概述

最近,NCBI病毒SARS-CoV-2变型概述 已移动来自手册自动化流程对于选择定义谱系所需的突变(例如。, 奥米克龙,BA.2、,JN.1号机组等). 通过此更新,SARS-CoV-2变型概述提供保险范围 全部的SARS-CoV-2型血统并且不再限于只有血统疾病预防控制中心地位. 这个SARS-CoV-2变型概述网站报告分析两者的结果GenBank(基因银行)和未装配序列读取存档(SRA公司)序列数据. 允许 查看地理和频率趋势 属于记录分配给Pango血统 搜索序列记录使用血统定义或其他突变(示例如图1所示)  继续阅读“NCBI病毒SARS-CoV-2变种中现已提供自动世系定义概述”

GenBank 260.0版可用!

GenBank 260.0版可用!

GenBank(基因银行)260.0版(2024年4月19日)现已在NCBI FTP站点本次发布有31.18万亿个基数,44.6亿个记录。

当前版本具有:

外来污染屏幕工具:Galaxy现已推出!

外来污染屏幕工具:Galaxy现已推出!

查看我们最新的增强功能 

您是否将基因组组装数据提交给GenBank(基因银行)? 如果是,请尝试NCBI外来污染筛查(FCS)工具这是一个可以自己运行的质量保证过程。我们将使用此工具筛选提交给GenBank的所有原核生物和真核生物基因组,但我们鼓励您在提交之前筛选数据,以节省时间。FCS提供灵敏的污染物检测,以提高提交给GenBank的基因组的质量。作为我们不断努力改善您体验的一部分,我们最近做了一些增强。  继续阅读“异物污染屏幕工具:Galaxy现已推出!”

GenBank 259.0版可用!

GenBank 259.0版可用!

GenBank(基因银行)259.0版(2023年12月22日)现已在NCBI FTP站点本次发布有2794万亿个基数和39.6亿个记录。

当前版本具有:

  • 24777761条包含2433391164875个碱基对序列数据的传统记录
  • 2775205599个WGS记录包含23600199887231个序列数据碱基对
  • 701336089个批量定向TSA记录包含659924904311个序列数据碱基对
  • 130654568个批量TLS记录包含50868407906个序列数据碱基对

继续阅读“GenBank 259.0版可用!”

更新GenBank限定符

更新GenBank限定符

“国家”将从2024年6月起过渡到“地理位置”

作为今年早些时候宣布,我们将开始系统地收集提交给的序列数据的“收集位置”和“收集日期和时间”GenBank(基因银行)序列片段归档(SRA)。

作为这项工作的一部分,为了使位置数据更加准确和信息丰富,我们还改变了GenBank记录中此信息的表示方式,与BioSample中的相关字段保持一致。继续阅读“更新GenBank限定符”

GenBank 258.0版可用!

GenBank 258.0版可用!

GenBank(基因银行)258.0版(2023年11月2日)现在可在NCBI FTP站点本次发布有2674万亿个基数和38.5亿个记录。

当前版本具有:

  • 24777761条包含2433391164875个碱基对序列数据的传统记录
  • 2775205599个WGS记录包含23600199887231个序列数据碱基对
  • 701336089个批量定向TSA记录包含659924904311个序列数据碱基对
  • 130654568个批量TLS记录包含50868407906个序列数据碱基对

继续阅读“GenBank 258.0版可用!”

NCBI病毒数据资源即将发生的变化

NCBI病毒数据资源即将发生的变化

自2024年6月起,NCBI病毒将取代传统病毒网络资源 

即将推出!作为我们的一部分持续的努力为了增强您的体验并使我们的服务现代化,我们的一些与病毒相关的遗留网络资源将被替换为NCBI病毒 –我们的病毒序列数据社区门户。NCBI病毒比我们的传统资源更全面、更现代化,并且具有更强大的功能和分析工具。  

会发生什么变化?

下面是将被NCBI病毒替换的遗留病毒资源的列表。该列表包括将继续通过NCBI病毒支持的功能的描述:  继续阅读“即将对NCBI的病毒数据资源进行更改”

介绍新的NCBI数据集基因组注释表

介绍新的NCBI数据集基因组注释表

作为我们不断努力使您的体验现代化和改进的一部分,我们很高兴能推出新的NCBI数据集基因组注释表。现在,您可以快速轻松地访问NCBI注释的基因和蛋白质序列参考序列GenBank(基因银行)提交人。  

功能和优点
  • 比以往更容易搜索和下载带注释基因的数据
  • 下载基因、转录和蛋白质序列以及元数据
  • 注释表可用于约7500个真核和约1.5M个原核注释基因组
  • 注释数据现在可用于RefSeq和GenBank提交的注释
  • 按基因类型、基因名称和染色体或基因组上的位置筛选

继续阅读“介绍新的NCBI数据集基因组注释表”