如果您是基因组组装AGP（黄金路径）文件的消费者或生产商，请继续阅读。我们希望您对此处所述的拟议更改提供反馈。
如你所知，AGP文件用于描述某些基因组组合的结构。AGP文件格式没有跟上测序技术或国际序列数据库合作（INSDC）的变化功能使用因此，NCBI建议延长当前AGP v2.0规范添加新的关联证据类型和间隙类型“污染”，如下所述AGP v2.1拟议规范.
从AGP v2.0到AGP v2.1的拟议更改：
- 将“邻近连接”和“pcr”添加到可接受的连锁证据值集合中
- 从已接受的链接证据值集合中删除“选通”
- 扩展“配对-串联”证据的定义，以包括“配对”和分子条形码技术
- 添加间隙类型“污染”
- 定义：插入以代替外来序列以保持坐标的间隙
- 用法：视为链接以保留原始脚手架，但链接证据“未指定”
时间表
4月16日至5月7日：评论期
5月8日至5月10日：AGP v2.1提案最终确定
5月12日至5月16日：AGP v2.1在INSDC年度会议上获得批准
2019年夏季：NCBI开始接受新的链接证据类型，并使用污染间隙类型
注：NCBI将继续接受AGP v2.0格式的基因组提交。
我们正在征求您对这些拟议变更的意见。请对此帖子发表评论或写信给suggest@ncbi.nlm.nih.gov如果你有任何意见或建议。