通过分类群-物种级别以及更高分类群来限制搜索的能力。 改进了使用访问限制BLAST搜索时的性能。 利用blastdbcmd从BLAST数据库中按分类组检索序列。
一个新选项(-subject_besthit)通过删除被另一个HSP完全包围的HSP,以每个受试者序列为基础剔除HSP。 这是一个实验性选项,可能会发生变化。 现在允许对格式0-4使用-max_target_seqs选项。 对齐和描述的数量将设置为max_target_seqs。 如果-max_target_seqs设置为小于5,BLAST现在会发出警告,指出可能无法看到所有等效匹配。