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更新以下URL以指向的GitHub存储库您希望提交到的包生物导体
通过将每个复选框编辑为“[x]”来确认以下内容
我通过将我的包裹提交给生物导体,包源和所有审阅注释对公众。
我读过生物导体 文件包提交说明。我的包裹与生物导体 套餐指南.
我了解生物导体包命名策略并确认生物导体可以保留包装名称的使用。
我了解包装验收的最低要求通过R CMD检查和R CMD生物检查，无错误或警告。通过这些检查不会导致自动验收。这个然后将对一揽子计划进行正式审查并提出建议关于其他生物导体标准的验收将得到解决。
我的软件包解决了与统计或生物信息相关的问题分析和理解高通量基因组数据。
我承诺长期维护我的包裹。这个包括监控支持站点用户可能会遇到的问题拥有，订阅生物水平保持警惕的邮件列表of developments in the生物导体社区，及时响应向核心团队请求更新，以响应 R（右）或底层软件。
我熟悉生物导体行为准则和同意遵守它。
我熟悉生物导体软件管理，包括：
有关提交过程的问题/帮助，包括SPB生成的自动报告的输出（单包建筑商），请使用我们社区休闲的#package提交频道。点击主页上的链接生物导体网站注册。
文本已成功更新，但遇到以下错误：
您好!@JmWangBio公司
感谢您提交包裹。我们正在快速看看它，你很快就会收到我们的回复。
此包的描述文件为：
包装：PepSetTest标题：肽集测试版本：0.99.0作者@R以下为：人（“Junmin”、“Wang”、“jmwang.bio@gmail.com“，角色=c（”aut“，”cre“），注释=c（ORCID=“YOUR-ORCID-ID”）描述：肽集测试（PepSetTest）是一种以肽为中心的策略，用于推断LC-MS/MS蛋白质组学数据中差异表达的蛋白质。该测试检测源于同一蛋白质的肽表达的协同变化，并将这些变化与肽球的其余部分进行比较。与传统的基于聚合的方法相比，肽集测试显示出更好的统计能力，但在大多数情况下都能正确控制I型错误率。这种测试对于发现新的生物标记物和确定药物靶点的优先顺序很有价值，特别是当直接应用对蛋白质数据的统计分析未能提供实质性的见解。许可证：GPL（>=3）编码：UTF-8Roxygen：列表（标记=真）Roxygen注：7.3.1进口：dplyr中，利玛，lme4，马格里特，质量，矩阵统计，重塑2，统计数据，易怒的建议：statmod、knitr、rmarkdown、tidyr生物观点：差异表达、回归、蛋白质组学、质谱VignetteBuilder:编织
对不起，出了点问题。
请参阅初始评论：
概述
安装
男人
渐晕
我们建议将小插曲重命名为更独特的内容，如PepSetTest测试。Rmd以避免命名冲突挂起包加载顺序。
你能把介绍/摘要扩展一下，与现有的进行比较吗生物导体方法突出新方法。
请展示一个使用Bioconductor公共类处理MS数据的示例。
谢谢你的评论！请看下面我的回复：
请参阅初始评论： 概述 *[X]是否可以显示与当前生物导体类别的互操作性用于LC-MS/MS蛋白质组学数据。http://contributions.bioconductor.org/important-bioconductor-package-development-features.html公共类
*[X]是否可以显示与当前生物导体类别的互操作性用于LC-MS/MS蛋白质组学数据。http://contributions.bioconductor.org/important-bioconductor-package-development-features.html公共类
与蛋白质组学数据常用类别SummarizedExperiment的互操作性现在在修订后的包中进行了演示。
安装 *[]这些脚本用于什么？我在中的任何地方都没有看到它们被引用包裹？
*[]这些脚本用于什么？我在中的任何地方都没有看到它们被引用包裹？
这些脚本可用于重现Wang等人（2024）《生物信息学》40（5）：btae270中所示的分析，如论文“代码可用性”部分所示。这些脚本的目的现在在小插曲中得到了明确。
男人 *[]请有一个包级手册页，这样当一个天真的用户这样做时'?PepSetTest“他们获得如何开始的信息。
*[]请有一个包级手册页，这样当一个天真的用户这样做时'?PepSetTest“他们获得如何开始的信息。
已添加包级别的手册页。
渐晕 *[]我们建议将小插曲重命名为更独特的内容，如PepSetTest测试。Rmd以避免命名冲突挂起包加载顺序。
*[]我们建议将小插曲重命名为更独特的内容，如PepSetTest测试。Rmd以避免命名冲突挂起包加载顺序。
小插曲已按建议重命名。
*[]请您将简介/摘要展开，与现有的进行比较/对比，好吗生物导体方法突出新方法。
摘要和引言已经扩展，以突出肽集测试和现有生物导体方法之间的比较。
*[]请为MS数据显示一个使用Bioconductor公共类的示例。
使用SummarizedExperiment（MS数据的通用类）的示例已添加到vignette中（示例2）。
您的包已添加到git.bioconductor.org以继续预审查流程。构建报告将很快发布。求你了在审阅者执行以下操作之前，修复生成报告中的任何错误和警告分配或提供理由说明您为什么会感到错误或应授予警告例外。
重要提示：请阅读此文档用于设置向上远程推送到git.bioconductor.org。所有更改都应该是推到git.bioconductor.org继续前进。需要按下版本跳转到git.bioconductor.org以触发新的构建报告。
Bioconductor将您的github ssh-keys用于git.Bioconductor.org访问。要管理密钥和将来的访问，您可能需要激活您的 Bioconductor Git凭据帐户
尊敬的Package贡献者：，
这是bioconductor.org上的自动化单包生成器。
您的软件包已在Bioconductor Single package Builder上构建。
在一个或多个平台上，生成结果为：“ERROR”。这可能意味着您需要修复程序包中的某个问题。或者这可能意味着构建系统本身存在问题。
请参阅生成报告了解更多详细信息。
以下是基于Single Package Builder的R CMD构建的构建产品：Linux（Ubuntu 22.04.3 LTS）：PepSetTest_0.99.0.tar.gz公司
以上链接已激活21天。
记得：如果您在2020年7月7日之后提交包裹，对存储库进行更改时，请推送至 git@git.bioconductor.org：包/PepSetTest触发新构建。可以找到设置远程和向上游推进的快速教程在这里.
git@git.bioconductor.org：包/PepSetTest
没有分支或拉请求
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