数字
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小鼠胚胎中Fam60a-相互作用蛋白的鉴定。
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这个 Fam60a::维纳斯 转基因编码一种功能性Fam60a蛋白。
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Fam60a和Fam60a-Venus在P19细胞和小鼠胚胎中的免疫荧光定位。
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在没有Fam60a的情况下形成Sin3a-Hdac杂岩。
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的表达式 家庭60a 在胚胎和成年小鼠肠道中。
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的表达式 Fam60a系列 植入后小鼠胚胎。
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内脏器官生长迟缓 Fam60a系列 –/– 老鼠。
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的生成 Fam60a系列 突变小鼠。
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器官发生受损 Fam60a系列 -/- 胚胎在E18.5。
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肠循环缺陷 Fam60a系列 –/– 老鼠。
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BrdU免疫组织化学法测定人肝癌细胞增殖指数 Fam60a系列 –/– 和WT胚胎。
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改变基因表达谱 Fam60a系列 –/– 胚胎。
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图4——源数据1 的靶基因列表 Fam60a系列 . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.019 -
图4——源数据2 的数值数据 图4B . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.020 -
图4——源数据3 的数值数据 图4C . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.021 -
图4-源数据4 的数值数据 图4——补充图2B . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.022 -
图4-源数据5 的数值数据 图4-图补充2C . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.023 -
图4——源数据6 的数值数据 图4——图补充2D . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.024
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中差异表达基因的基因本体分析 Fam60a系列 –/– E9.5时的胚胎。
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小鼠ES细胞中Fam60a靶基因启动子区的表达谱、AcH3K9沉积和Tet1募集。
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig5-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
Fam60a对基因启动子的全基因组定位。
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图5-源数据1 通过ChIP-seq分析确定的目标基因组区域列表。 -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.028 -
图5-源数据2 的数值数据 图5D . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.029 -
图5-源数据3 的数值数据 图5——补充图2 . -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.030
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig5-figsupp1-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
Fam60a对基因启动子的全基因组定位。
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Fam60a靶基因启动子AcH3K9的ChIP-qPCR分析。
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig6-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
Fam60a与Tet1。
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利用Clustal OMEGA对Fam60a蛋白的预测氨基酸序列进行比对。
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在NIH3T3细胞中Fam60a和Venus表达及FLAG-Tet1诱导表达的实验策略。
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甲基化状态 Adhfe1公司 WT和 Fam60a系列 –/– 小鼠胚胎。
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig7-figsupp1-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
Fam60a靶基因启动子的亚硫酸氢盐测序。
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig7-figsupp2-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
在E9.5的WT胚胎中hMeDIP分析显示,5hmC沉积在Fam60a靶基因启动子上。
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通过亚硫酸氢盐测序确定印迹控制区的甲基化状态。
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不同甲基化区域(DMR) Fam60a系列 –/– 胚胎。
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图8-源数据1 低甲基化和高甲基化DMR列表。 DMR按列areaStat排序,该列是CpG的t-统计量之和。 请注意 Adhfe1公司 被列入前500名次甲基化DMR。 -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.047
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig8-figsupp1-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
基因组DNA甲基化谱 Fam60a系列 –/– E9.5时的WT胚胎。
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Fam60a-结合启动子上DNA甲基化水平的热图。
![](https://iiif.elifesciences.org/lax/36435%2Felife-36435-fig8-figsupp3-v1.tif/full/617,/0/default.jpg)
高甲基化和低甲基化DMR中DNA甲基化的平均变化。
桌子
高甲基化和低甲基化DMR的数量与ChIP-seq峰重叠。
其他文件
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补充文件1 分配 Fam60a系列 通过杂合子杂交获得不同发育阶段小鼠胚胎的基因型。 -
https://doi.org/10.7554/生活.36435.048 -
补充文件2 每个基因型的三个胚胎捕获DNA中CpG位点的甲基化水平。 -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.049 -
透明的报告表 -
https://doi.org/10.7554/eLife.36435.050