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人体体细胞突变数据库(HSMD)

人体体细胞突变数据库(HSMD)

深入了解临床观察到的体细胞变异

精确分析。自信地解释。

业界最好的保密措施

20多年的专业体细胞变异管理

在整个肿瘤学应用中,从研究到分子测试和药物开发,识别潜在可操作的基因改变和利用癌症的分子脆弱性的能力变得越来越困难。由于体细胞癌的偶发性,检测到的变异数量呈指数级增长,这就要求实验室自信地识别可能影响或改善关键决策的有意义的变异。

人体体细胞突变数据库(HSMD)

人类体细胞突变数据库(HSMD)是由QIAGEN开发的一个新的体细胞数据库,包含与实体肿瘤和血液恶性肿瘤相关的广泛基因组内容。

在最新版本的HSMD中,该资源侧重于提供对小变异的深入了解,如SNV、indels、移码、融合和拷贝数变异,这些变异是从科学文献中临床观察或策划的,以帮助用户更好地理解和定义精确的功能和可操作性。

作为一个基于web的应用程序,此专家管理的资源包含来自547000多个真实临床肿瘤学案例的内容,以及来自QIAGEN知识库(QKB),提供基因级、变异级和疾病级信息。

HSMD 3.0刚刚退出!
HSMD的最新版本增强了数据库的前沿癌症内容,包括新的临床试验、新药和新变体,以及专注于改进数据可视化的用户界面增强。

塞尔维亚国家癌症研究中心如何更快4倍注释体细胞变异

为了更快地分析患者样本并提供更快的报告周转时间,塞尔维亚肿瘤和放射研究所的Ana Krivokuca博士和她的同事使用了人类体细胞突变数据库(HSMD)

HSMD差异

HSMD利用两个来源的不同内容:来自QIAGEN知识库(QKB)的专家管理内容和来自我们专业临床口译服务的真实肿瘤学案例的数据。

用户可以轻松搜索和探索跨基因的突变特征,综合药物标签、临床试验和专业指南中的关键发现,并接收每个观察到的变体的详细注释。

当变体被“临床观察”时,这意味着我们的专业临床口译服务在实际临床案例中遇到了这种变化。

对于这些变异,我们的团队评估了临床和生物学相关性,并计算了观察到的肿瘤类型中的基因和变异流行率。

相反,QKB的内容是从科学文献中主动策划的;因此,我们的专业临床口译服务尚未直接对所有变异进行临床观察。

访问QIAGEN不断增长的肿瘤学数据集中的真实数据和20年的专家管理

已固化的蚀变发现
+ 0 百万

通过QIAGEN的专业临床口译服务,HSMD拥有来自545000多个真实临床肿瘤学病例的数据,其中约有350000个经过专业评估的体细胞变异。

从这70000个新的临床肿瘤学病例中,QIAGEN的专业临床口译服务每年至少增加60000个临床观察变量。

HSMD利用来自QIAGEN知识库的专家管理内容,其中包含来自同行评审论文、临床和功能研究、标签内和标签外药物、专业指南(如NCCN、AMP/ASCO/CAP和世界卫生组织(WHO))以及常用数据库(包括gnomAD和ClinVar)的最新证据。

通过此内容,您可以深入了解:

  • 疾病协会
  • 功能影响
  • 生物相关性
  • 诊断、预后和治疗相关性
  • 临床结果

HSMD涵盖1365种癌症亚型中的1486个癌症相关基因,包括肿瘤和遗传性癌症类型。

应用程序

药物开发

利用真实世界的数据推动成功的精准医疗计划,帮助您更快地找到并验证正确的目标,确定适当的患者队列,并增强您的辅助诊断(CDx)设计。

临床NGS测试

通过获取临床观察到的体细胞变异和AMP/ASCO/CAP变异可操作性分类,减少测试周转时间,改进变异解释,并使决策标准化。

特征

HSMD如何实现更深入的见解

上一张幻灯片
下一张幻灯片
HSMD允许用户通过基因、改变、疾病、药物和临床试验进行搜索。

上面的图片展示了一个如何通过基因进行搜索的示例,以及HSMD提供的后续详细程度。

在HSMD中按基因搜索时,可以访问数据库中列出的基因总数。然后,您可以通过查看QIAGEN知识库中的数据或只关注临床观察到的变体来进一步缩小搜索范围。

示例:搜索ALK p.F1174L

当您在HSMD中搜索ALK p.F1174L时,您会收到有关该改变的描述,以及相关文献的链接、ClinVar、dbSNP和OncoKB中该改变的外部链接,以及改变详细信息的摘要,包括染色体位置、改变类型、功能影响和人群频率。

一旦你将重点缩小到只搜索临床观察到的变异,你就会收到一个表格和分布图,显示了在所有癌症类型中观察到的特定基因的临床病例数。 

HSMD还提供了一个交互式表格,其中提供了有关基因类型、与疾病的相关性、可操作性以及相关药物和临床试验的详细信息。 

列:#类型:基因被列为致癌基因、抑癌基因或尚未确定的基因。

专栏:#疾病:HSMD显示了观察到的或与特定基因相关的疾病数量。

列:#可操作性:HSMD显示每个基因可操作性的AMP/ASCO/CAP层计算。这个计算是所有癌症中最高的一级。

列:药品编号:这些药物已经获得批准(美国食品药品监督管理局、欧洲药品管理局、PMDA),正在研究中,或目前正在进行临床试验。

专栏:#临床试验:这是与特定基因相关的活跃或招募临床试验的数量。

当您将鼠标悬停在#Impact列上时,会收到一个更改类型的下拉菜单(Nonsense、Frameshift、Inframe Indel、Splice Site、Missense、Synonymous或Unknown)。 

当您将鼠标悬停在#Function(#功能)列上时,您会收到一个更改功能的下拉菜单(已知激活、预测激活、更改、已知失活、已知无作用、预测无作用、获得性抗性、microRNA结合位点、未知或未确定)。

HSMD如何补充COSMIC?

COSMIC,癌症体细胞突变目录是世界上最大的由专家管理的体细胞突变数据库。HSMD利用真实肿瘤学病例的数据补充COSMIC,以更好地了解基因和变异流行率。HSMD还提供了更深入的变体注释。因此,COSMIC用于识别基因组报告的生物标记和注释变体,而HSMD用于验证并更好地评估其生物学和临床相关性。

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