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大阪大学生物磁共振数据库JST-NBDC（日本科学技术署-国家生物科学数据库中心）通过与合作收集、注释、验证和存档实验核磁共振数据，为生物分子核磁共振社区做出贡献wwPDB（全球蛋白质数据库）我们的使命是使科学家能够分析生物系统的结构、动力学和化学，并支持生物分子核磁共振波谱的进一步发展。请通过我们的沉积位置沉积您的核磁共振结构和相关核磁共振参数；OneDep公司,BMRBdep公司,SMS步骤。公布的数据可从我们的BMRB镜像服务器。请尝试我们上面的新搜索服务，它可以让您在多个数据库中快速查找生物分子的丰富信息，如功能、序列、结构、核磁共振数据以及相互作用，包括BMRB公司,PDB公司,EMDB公司,UniProt公司,完整的,BMRB-代谢组学和利兰博览会。

目录

核磁共振数据沉积工作流程

存放、注释和分发

我应该选择OneDep还是SMSDep？

沉积系统的差异

如何通过ADIT-NMR提交数据

数据沉积的分步指南

常见问题

常见问题

核磁共振工具箱

核磁共振分析工具

相关工具

验证和沉积工具

BMRBx工具和BMRBoTool

BMRB互操作性工具

BMRBj数据服务器

BMRB/XML、/RDF和/JSON服务器

问询处

2024年3月14日

关于使用核磁共振约束验证PDB结构模型的文章已发表于结构。


2023年6月25日至7月1日

我们参加了BioHackathon 2023年会议成果预印本已于BioHackrXive公司。

2023年6月14日

我们很高兴地宣布发布PDB核心档案现有NMR条目的校正/组合NMR数据文件。wwPDB新闻

2023年9月6日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v4.4.29。

2023年7月7日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v4.4.7/5.3.7，可用。

2023年1月6日

关于BMRB/BMRBj小组活动的文章已于核酸研究。


2022年12月19日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v4.4.3/5.3.3，可用。

2022年12月20日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v4.4.14。

2022年1月11日

在内容中添加了一个显示明确定义区域的图，用于组合核磁共振约束。

2022年1月8日

关于BMRBj集团活动的文章已于蛋白质科学。


2021年10月5日

合并AlphaFold蛋白质结构数据库序列信息为BLAST搜索结果每个BMRB条目。

2021年9月24日

用于的工具BMRB/XML和BMRB/RDF公司正在更新。BMRB/XML和BMRB/RDF的名称空间将分别更改。

2021年9月21日

BMRB代谢组学条目的nmrML转换器，BMSxNmrML v1.3.0版，可用。

2021年8月18日

保存人可以通过指定主要引文的PubMed ID，从作者查看页面提交On-Hold条目的发布请求。

2021年7月30日

化学变换验证报告的图形内容可用。

2021年7月29日

我们释放了化学换班验证报告JSON格式的所有BMRB条目。该模式与组合NMR约束报告文件的模式相同。

2021年7月26日

存款人可以访问刷新的作者视图页面，以获取上传或处理的数据文件。该页面包含详细的验证信息和以图形表示的摘要内容。

2021年7月13日

RCI和导出参数（S2，NMR RMSD）图被添加为NMR组合约束的图形内容。

2021年4月26日

我们已将集团名称更改为BMRBj（日本生物磁共振数据库），前身为kwnon，即PDBj-BMRB。我们期待着与您合作。

2021年4月21日

带有扩展PDB和CCD ID代码的条目将仅以PDBx/mmCIF格式分发。wwPDB新闻

2021年12月28日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v4.2.3/5.1.3，可用。

2021年1月28日

修订统计学可以访问BMRB条目页面。

2021年1月21日

提供了PDB/BMRB条目核磁共振联合约束的图形内容。

2021年12月17日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v4.4.4。


2020年12月24日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v5.0.0，需要JDK14或更高版本。

2020年12月16日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v3.0.0，支持NMR约束验证。

2020年11月17日

我们发布了一个JSON架构用于组合的NMR约束报告文件，其中包含约束统计信息和诊断信息。

2020年10月23日

我们发布了一个档案文件与NMR-STAR和NEF格式的PDB条目相关联的组合NMR约束（CS+MR）。聚合物序列、原子命名法和约束数据已与坐标进行了检查，并在尽最大努力的基础上进行了补救。另请参阅每个JSON文件中报告的组合NMR约束的约束统计信息和诊断信息。截至目前，档案中包含2463个有效的NEF限制文件，符合OneDep沉积要求。

2020年8月31日

新存款服务器BMRBdep现已可用。ADIT-NMR将于9月1日停止接受新的会议，并将于12月1日不再允许完成现有正在进行的证词。

2020年8月26日

由NMR统一数据保存的首批PDB条目7JIA和7JIY已发布。

2020年11月27日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v2.0.16，可用。

2020年7月22日

我们增加了由严重急性呼吸综合征冠状病毒2引起的新型冠状病毒感染性疾病（COVID-19）的内容(SARS-CoV-2型).

2020年11月30日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v4.1.4，可用。

2020年5月4日

OneDep开始接受NMR实验数据作为单个文件的上传，无论是NMR-STAR还是NEF格式。

2020年2月10日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v2.0.3，支持EM地图/模型验证。

2020年2月1日

关于的文章BMRB公司已在中发布方法分子生物学。

2020年1月15日

从2020年3月起，OneDep系统将开始接受NMR实验数据作为单个文件的上传，无论是NMR-STAR还是NEF格式。wwPDB新闻


2019年12月25日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v2.0.1，支持EM地图/模型验证。

2019年12月19日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v4.0.5，可用。

2019年11月19日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v1.6.5，可用。

2019年2月28日

多维NMR光谱的交叉转换环境，xyza2管道v1.0.4，可用。

2019年2月21日

自2019年7月1日起，必须向PDB提交PDBx/mmCIF格式的晶体沉积文件。PDB格式文件将不再用于MX技术解决的结构沉积。

2019年1月25日

NMR-STAR字典v3.2.1.18可用。

2019年1月18日

NMR-STAR字典v3.2.1.15可用。

2019年1月15日

mmCIF-validation和mmCIF-validation-alt可通过HTTP或rsync协议使用。请注意，这些存档是实验性的，将来可能会更改或替换。


2018年12月22日

关于的文章NMR-STAR公司已在中发布《生物分子杂志》。核磁共振。

2018年12月19日

替代wwPDB验证信息的生成工具，pdbx验证v1.4.0，可用。

2018年12月6日

基于XML Schema的数据库复制工具，xsd2pgschema v3.0.8，可用。

2018年11月19日

NMR-STAR字典v3.2.1.12可用。

2018年10月24日

关于的文章PDB档案已在中发布核酸研究。

2018年10月5日

我们在2018年TOGO日。

2018年9月16日

我们在生物物理学会第56届年会。

2018年8月31日

BMRB/XML、BMRB/RDF、BMRB/JSON、和BMRB RDB快照存档基于NMR-STAR Dictionary v3.2.1.9。

2018年8月17日

NMR-STAR字典第3.2.1.9版可用。

2018年7月20日

核磁共振数据分析工具，MagRO-NMR视图2.01.15释放。

2018年7月5日

启动启用SSL的web服务。

2018年6月29日

BMRB代谢组学条目的nmrML转换器，BMSxNmrML v1.2.0版，可用。

2018年6月14日

核磁共振数据分析工具，MagRO-NMR视图2.01.13，发布了错误修复版本。

2018年6月9日

OWL文本的全文索引生成器，owl-indexer v1.2.5版，可用。

2018年4月17日

BMRB/XML、BMRB/RDF、BMRB/JSON和BMRB RDB快照存档基于NMR-STAR Dictionary v3.2.1.5。

2018年4月13日

NMR-STAR Dictionary v3.2.1.5可用。

2018年4月9日

PDBML验证和wwPDB/RDF验证可通过HTTP或rsync协议使用。请注意，这些存档是实验性的，将来可能会更改或替换。

2018年4月5日

NMR-STAR Dictionary v3.2.1.2可用。

2018年3月29日

MagRO-NMRView和Filt_Robot的VirtualBox图像（ova）文件，其中包含CNN噪声过滤器NMR工具箱已更新。

2018年2月5日

NMR-STAR字典v3.2.0.15可用。

2018年2月9日

BMRB/XML、BMRB/RDF、BMRB/JSON和BMRB RDB快照存档基于NMR-STAR Dictionary v3.2.1.15。

2018年2月7日

我们已经为PDBj-BMRB开发的以下软件迁移了SCM站点，BMRBx工具,BMRBo工具、和BMSxNmrML公司该软件分别在Apache许可证V2下发布。

2018年1月24日

NMR-STAR Dictionary v3.2.0.13可用。

2018年1月24日

BMRB/JON-存档已刷新。


2017年12月20日

BMRB代谢组学条目的nmrML转换器，BMSxNmrML v1.1.0版，可用。nmrML文档BMRB代谢组学条目从v1.0.rc1更新为v1.0.0。

2017年12月4日

OWL文本的全文索引生成器，owl-indexer v1.2.2，可用。

2017年11月22日

CNN噪音过滤器快速说明可用。

2017年11月22日

MagRO-NMRView和Filt_Robot的VirtualBox图像（ova）文件，其中包含CNN噪声过滤器NMR工具箱已恢复。

2017年11月8日

BMRB RDB快照基于PostgreSQL 10的工具链。

2017年10月19日

使用深度神经网络进行全自动峰值识别和噪声过滤的快速工具，Filt机器人，可用。

2017年10月16日

关于的文章毫摩尔已在中发布分析化学。

2017年10月12日

多维核磁共振谱的交叉转换环境，xyza2管道v1.0.3，可用。

2017年10月11日

核磁共振数据分析工具，MagRO-NMR视图2.00.12，可用。新增了“Deep Neural Networks的噪声/信号识别”功能。

2017年10月10日

BMRB/XML、BMRB/RDF、BMRB/JSON和BMRB RDB快照存档基于NMR-STAR Dictionary v3.2.0.11。

2017年9月26日

NMR-STAR Dictionary v3.2.0.11可用。

2017年9月18日

关于PDBj-BMRB集团Dataout活动的文章已于蛋白质科学。

2017年4月25日

关于生物分子核磁共振计算资源NMRBox的文章发表在生物物理杂志。

2017年3月7日

关于的文章OneDep公司已在中发布结构。


2016年10月1日

旧的ADIT-NMR沉积系统已退役。wwPDB新闻
已更新ADIT-NMR公司系统将继续接受与当前未被wwPDB OneDep系统接受的结构相关的核磁共振数据（例如，弛豫数据和主要时域数据），以及与3D坐标沉积无关的实验核磁共振数据。

2016年5月31日

传统的ADIT-NMR沉积系统不再接受新会话。2016年9月30日之前可以访问实时会话。请使用wwPDB沉积系统进行新沉积。wwPDB新闻

2016年5月5日

关于BMRB/XML和BMRB/RDF的文章已在生物医学语义学杂志。

2016年3月7日

核磁共振和电磁结构的验证报告现已提供。wwPDB新闻

2016年2月1日

wwPDB沉积系统现在可用于NMR和EM结构。