第三章 swMATH ID: 8935 软件作者： 黄小秋；安努普·马丹 描述： CAP3：一个DNA序列组装程序。我们描述了第三代CAP序列组装程序。CAP3程序包括一些改进和新功能。该程序具有剪切5′和3′低质量读取区域的能力。它在计算读取之间的重叠、构建读取的多序列比对以及生成一致序列时使用基本质量值。该程序还使用正向-反向约束来纠正装配错误和链接contigs。给出了CAP3在四个BAC数据集上的结果。在多个BAC数据集上比较了CAP3和PHRAP的性能。PHRAP通常比CAP3产生更长的连续序列，而CAP3在一致序列中产生的错误通常比PHRAP少。在具有正向-反向约束的低通数据上，使用CAP3比使用PHRAP更容易构建支架。 主页： http://genome.cshlp.org/content/9/9/868.short（短） 相关软件： PSI-爆炸;爆炸;ClustalW公司;阿拉伯;BLAT（爆炸）;生物钟;深渊;天鹅绒;仪表;PHRAP公司;PROSITE公司;GMAP公司;PipMaker软件;RAST公司;AVID公司;肌肉;集群;DIALIGN公司;EMBOS公司;贝叶斯先生 引用于： 11文件 全部的 前5名38位作者引用 2 恩里克·阿尔巴 2 加布里埃尔·卢克 2 迈克尔·沃特曼。 1 Axelson-Fisk，玛丽娜 1 Błażewicz，雅克 1 阿德里安·布莱兰 1 Choi，Hayoung先生 1 阿尔多·康卡 1 理查德·戴尼尔（Richard C.Deonier）。 1 沃伊切赫·弗洛姆贝格 1 弗雷德里克·朱恩·哈里斯。 1 Indumathy，R。 1 玛尔塔·卡斯普扎克 1 米查尔·基尔琴卡 1 洛朗·尼普 1 斯里拉姆·克里希纳莫尔蒂 1 米林·纳拉扬劳·库尔卡尼 1 弗朗西斯科·卢纳 1 马赫斯瓦里（S.Uma Maheswari） 1 加布里埃拉·米内蒂 1 萨拉·纳赛尔 1 安东尼奥·内布罗。 1 莫妮卡·尼科尔斯库 1 彭良祖 1 帕维尔·A·佩夫兹纳。 1 丹尼斯·沙沙（Dennis E.Shasha）。 1 史远明 1 苏巴什尼，G。 1 阿列克桑德拉·维尔茨 1 唐海旭 1 西蒙·塔瓦雷 1 Toivonen，Hannu T.T。 1 马诺利斯·C·查基里斯。 1 格雷戈里·维特。 1 王，詹森·曾莉 1 PawełT，Wojciechowski。 1 克里斯托弗·赖特 1 穆罕默德·贾维德·扎基 全部的 前5名8篇连载文章中引用 1 IEEE信息理论汇刊 1 信息处理信件 1 计算机与运筹学 1 美国国家科学院院刊 1 计算与决策科学基础 1 萨达纳 1 计算生物学 1 高级信息和知识处理 全部的 前5名在7个字段中引用 10 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 计算机科学（68至XX） 三 组合数学（05-XX） 三 运筹学、数学编程（90-XX） 2 概率论与随机过程（60-XX） 2 统计学（62-XX） 1 数学逻辑和基础（03-XX） 按年份列出的引文