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安德烈亚·索托桑蒂;戴维·里索

空间解析转录组数据的共聚类。 （英语） Zbl 07692390号

附录申请。斯达。 1444-1468号第2期第17页（2023年）.
摘要：空间转录组学是一项开创性的技术，它可以测量组织样本中数千个基因的活性，并绘制活性发生的位置。这项技术使研究跨组织基因的空间变异成为可能。理解组织不同区域的基因功能和相互作用具有重大的科学意义，因为这可能会加深对几个关键生物学机制的理解，例如细胞间通信或肿瘤与微环境的相互作用。为此，可以将相同类型的细胞和表现出相似表达模式的基因分组。然而，仍然缺乏足够的统计工具，利用以前不可用的空间信息来更连贯地对细胞和基因进行分组。
在这项工作中，我们介绍SpaRTaCo公司这是一个新的统计模型，它根据组织的分区对基因的空间表达谱进行聚类。这是通过执行联合聚类实现的，即推断数据的潜在块结构，并诱导两种类型的聚类：基因的聚类，使用其在组织中的表达；图像区域的聚类，用基因在组织中表达斑点收集RNA的地方。我们提出的方法通过一系列模拟实验进行了验证，并通过对使用10X-Visium协议处理的人脑组织样本的应用，说明了其在响应特定生物问题方面的有用性。

MSC公司：

第62页 统计学的应用

关键词：

10X-视觉;联合群集;EM算法;基因组学;人背外侧前额叶皮层;综合完成对数相似性;基于模型的聚类;空间转录组学

软件：

MBC手册;空间实验;SSLB公司;童子军;乔托;LBFGS-B型;生物导体;预防卒中
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛A.Sottosanti｝和\textit｛D.Risso｝，Ann.Appl。Stat.17，No.2，1444--1468（2023；Zbl 07692390）
全文： 内政部 arXiv公司

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