日志说明

wwPDB要求期刊提供结构的出版日期和引用信息发布报告和发布相应PDB结构的文章尽可能同时进行。以下未解决的问题应发送至deposit-help@mail.wwpdb.org。

如何通知wwPDB应发布结构

PDB中的数据每周发布一次;我们无法提供周期外的数据。

消除在期刊上发表报告与发布相应的结构,我们要求论文标题、作者列表、相关PDB ID、DOI和发布日期发送至deposit-help@mail.wwpdb.org出版前两周。

每周,对计划发布或修改的所有文件进行一次最终检查和验证时间。可以联系作者以解决准备条目时可能出现的任何问题以供发布。如果这没有在发布时完成,则可以将条目安排在稍后更新。

对作者的首选说明

我们建议期刊对实验性描述的论文采用以下政策-确定的生物大分子结构。坐标和实验数据及其在文章发表时立即公开发布,为科学界提供充分理解结果所需的材料在手稿中呈现。

对于描述生物大分子结构的论文,原子坐标和相关实验数据(结构因子振幅/强度和/或核磁共振抑制和化学位移)必须沉积在这个全球蛋白质数据库.

沉积后分配的PDB ID应包含在手稿中。作者还必须提交wwPDB完整验证报告(在wwPDB用水印进行注释后提供:“供手稿审阅”),以便在提交时进行审查。

作者必须同意在相关文章发布时发布原子坐标和实验数据。有关证词的问题应发送至deposit-help@mail.wwpdb.org.

电子显微镜衍生的密度图(所有平均方法,包括亚层析平均)必须存放在EM数据库(EMDB)中;http://emdb-empiar.org). 对于无平均值的电子层析研究,强烈建议在EMDB中沉积一个或多个具有代表性的层析图。如果PDB模型已安装到EMDB地图中,则应明确说明它们之间的对应关系。

文章中可以使用PDB ID引用结构:原子坐标和实验数据(代码1abc)已存入蛋白质数据库(www.wwpdb.org).

我们鼓励科学期刊利用为每个PDB条目发布的DOI从描述PDB条目的在线论文版本链接到它们,或提到。例如,可以使用以下URL链接PDB条目6QW9:https://doi.org/10.2210/pdb6qw9/pdb.

我们建议对提供给期刊的PDB ID进行验证。请注意PDB ID的格式为1ABC(4个字符,第一个字符为范围1内的数字-9,最后三个字符为数字(0-9范围内)或字母(A-Z范围内)。或者,PDB ID可以扩展格式表示,例如PDB_00001abc,前缀为pdb,后跟8个字母数字字符(请参阅https://www.wwpdb.org/news/news?year=2021#60fee1500882a5597783cc0a更多详细信息)。格式为D_xxxxxxxx(D_后跟8个数字)的内部沉积会话ID应不被接受。

wwPDB数据存放政策

生物分子聚合物,包括满足以下条件的多肽、多核苷酸、多糖及其复合物接受以下标准:

  • 对于多肽结构
    1. 所有基因产物
    2. 所有来源于非核糖体的天然肽
    3. 较大聚合物(如纤维和淀粉样聚合物)的所有肽重复单元
    4. 聚合物链中含有至少24个残基的非生物合成肽
  • 四个或更多残基的多核苷酸结构
  • 四个或更多残基的多糖结构

有关详细信息,请访问http://www.wwpdb.org/documentation/policy.

wwPDB数据发布策略

  • 结构物的释放状态由作者在沉积时确定。待决结构在主要引文发布后发布。如果有没有发布,可以发布结构:
    • 应作者要求
    • 持有期到期后(最多一年)。
  • 状态HPUB(“等待发布”)用于指示结构将在相应的期刊文章发布时发布。
    • 出版是指出版商以印刷或电子形式发行文章。
    • 当PDB可以确认文章与条目对应时,将发布结构。
  • 任何构筑物的最大持有期为自沉积日期(PDB ID发布时)起一年(即使是HPUB构筑物)。

如何检查结构是否已存放或释放

可以使用PDB ID在以下位置之一的搜索中检查PDB存档中条目的状态这些wwPDB网站:RCSB PDB公司PDBe公司,或PDBj公司.

如何获取未发布条目的验证报告,以便审阅手稿?

新存放条目的验证报告在注释过程中生成。报告提供给存款人,存款人负责向日记账提交报告。

何时更新PDB存档?

PDB数据存档的每周更新分两个阶段进行:

第一阶段:每周六凌晨3:00 UTC之前,wwPDB网站为每个新条目提供序列(氨基酸或核苷酸)对于每个不同的聚合物(新建租赁结构序列.tsv)适当时,每个不同配体的InChI字符串(新的释放结构非聚合物.tsv)

第二阶段:每周三00:00 UTC之前,所有新的和修改的数据条目将在每个wwPDB FTP站点上更新。

申请发布参赛作品的截止日期是什么时候?

PDB条目由wwPDB成员(RCSB、PDBe和PDBj)处理。它们要么在相应的论文发表时发布(HPUB),要么在特定日期发布(HOLD),或者立即发布(REL)。

每周,计划发布或修改的所有文件都会进行最后一次检查和验证。可能会联系作者以解决在准备发布条目时可能出现的任何问题。

当要求发布HPUB结构时,PDB工作人员会定期确认主要引文。如果这没有在该发布周期内完成,则可以计划在以后的更新中发布条目。

要包含在下一次更新中,任何所需的作者信函都应在周四中午(当地时间)之前发送给相应的wwPDB成员:

然后,所有应发布的条目都转移到RCSB PDB,以便最终打包到主PDB ftp档案中。

在这些截止时间之后收到的请求将在下一个更新周期中处理。

什么是PDB/wwPDB?

蛋白质数据库(PDB)档案是大分子结构数据的单一存储库。

PDB由世界蛋白质数据库(wwPDB)的成员管理,以确保数据是免费的并向全球社会公开。

wwPDB站点支持存储数据的系统,以及访问数据的公共网站和FTP服务器。