ASTRAL专业版 swMATH ID: 40987 软件作者： 张，C。；Scornavacca，C.公司。；莫洛伊，EK；南卡罗来纳州米拉拉布。 描述： ASTRAL-Pro：基于四元数的物种树推断，尽管存在寄生虫。来自全基因组数据的系统发育推断（系统发育学）彻底改变了进化研究，因为它能够解释整个基因组进化历史之间的不一致。为此，已经开发了汇总方法，以允许从基因树中准确和可扩展地推断物种树。然而，大多数这些方法，包括广泛使用的ASTRAL，只能处理单拷贝基因树，并且不试图建模基因复制和基因丢失。因此，大多数系统发育学研究都集中在单拷贝基因上，而忽略了大部分数据。在这里，我们首先提出了一种单拷贝树和多拷贝树之间四重相似性的度量方法，用于解释正形和副形。然后，我们引入了一种称为ASTRAL-Pro（ASTRAL for PaRalogs and Orthologs）的方法来查找物种树，该物种树使用动态编程优化了我们的四组相似性度量。通过研究它在大量模拟数据集和实际数据集上的性能，我们表明ASTRAL-Pro比其他方法更准确。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7751180/ 源代码： https://github.com/chaoszhang/A-pro 相关软件： 雄鹿；FastMulRFS公司；PRANC公司；INDELible（索引）；ASTRID公司；iGTP公司；MulRF公司；快速树；FastMe公司；SimPhy公司；DupTree（重复数据树） 引用于： 1文件 3位作者引用 1 Mrinmoy Saha罗德尔 1 Tandy J.沃诺。 1 詹姆斯·威尔森（James K.Willson）。 0连载引用 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文