×

拉斯科

swMATH ID: 25402
软件作者: 永藏;永丰;郑刚(音译)
描述: R病例对照遗传关联研究中计算稳健检验渐近零分布的简单算法。病例对照研究是检验遗传标记与疾病之间关联的重要设计。Cochran-Armitage趋势检验(CATT)是病例对照遗传关联研究分析中最常用的统计数据之一。当基础遗传模型(遗传模式)已知时,可以使用渐近最优CATT。然而,对于大多数复杂疾病,潜在的遗传模型尚不清楚。因此,对遗传模型错误指定稳健的测试优于模型依赖型CATT。最近提出了两种稳健测试,MAX3和遗传模型选择(GMS)。它们的渐近零分布通常是通过Monte-Carlo模拟获得的,因为它们要么尚未被充分研究,要么涉及多重积分。在本文中,我们研究了每个稳健统计的组成部分是如何相关的,并发现组成部分之间存在线性相关性。利用这一新发现,我们提出了计算MAX3和GMS的渐近零分布的简单算法,大大降低了计算强度。此外,我们还开发了R包Rassoc来实现所提算法,以计算MAX3和GMS的经验和渐近p值,以及病例对照关联研究中的其他常用测试。为了举例说明,Rassoc被用于分析四项全基因组关联研究中报告的17个最重要SNP的病例对照数据。
主页: https://www.jstatsoft.org/article/view/v033i08
源代码:  https://github.com/cran/Rassoc网站
依赖项: R(右)
关键词: 算法;渐近分布;趋势测试的相关性;遗传模型选择;最大值3;稳健测试;R(右);R包;统计软件杂志
相关软件: 艾根斯特拉;JMP公司;R(右);snp矩阵;开发工具;tdthap;缺口;澳大利亚联邦储备银行;GenABEL公司;关联测试;QUADPACK公司;mvtnorm公司;执法人员;PLINK公司;MaXact公司;QSIMVN公司;pchip芯片
引用于: 11文件

标准条款

1出版物描述软件 年份
R中病例控制遗传关联研究中稳健检验渐近零分布的简单算法链接
永藏;永丰;郑刚(音译)
2010

按年份列出的引文