5毫米

含She2p和ASH1 mRNA E3-localization元件的核复合物的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.41 Å
  • R值自由:0.235 
  • R值工作:0.189 
  • 观察到的R值:0.192 

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文学

通过其mRNA-转运复合物识别ASH1 mRNA的分子结构和动力学。

F.T.埃德尔曼。A.施伦特。R.G.海姆。A.詹纳。Niedner-Boblenz,A。M.I.赛义德。佩拉特,J.C。R.斯特勒。Janowski,R。萨特勒,M。詹森,R.P。Niessing博士。

(2017)国家结构分子生物学24: 152-161

  • 内政部:https://doi.org/10.1038/nsmb.3351
  • 相关结构的主要引文:
    500万小时,500万,500万焦

  • PubMed摘要:

    mRNA定位是基因调控的基本机制,是干细胞分裂、胚胎发生和神经元可塑性等过程所必需的。目前尚不清楚顺作用mRNA定位元件(LE)中的哪些特征被含马达转运复合体特异识别。据我们所知,任何LE与其同源蛋白复合体的复合体都没有可用的高分辨率结构。使用X射线晶体学和互补技术,我们对来自酵母的ASH1 mRNA的LE、其与穿梭RNA结合蛋白She2p的复合物以及其与She3p的高度特异性细胞质复合物进行了详细评估。虽然RNA本身形成了一个灵活的茎环,但She2p结合引起了显著的构象变化。然而,只有非结构She3p的加入才能产生特定的RNA识别。球状和未折叠RNA结合蛋白的显著RNA重排和联合作用为mRNA-转运复合物的逐步成熟提供了前所未有的见解。


  • 组织附属关系

    结构生物学研究所,Helmholtz Zentrum München-德国环境健康研究中心,Neuherberg,德国。


大分子

通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
SWI5依赖性HO表达蛋白2A[认证D],
B[认证C],
C[认证B],
D[认证A]
246酿酒酵母RM11-1a突变: 4 
基因名称:舍2SCRG_03894号
UniProt公司
寻找蛋白质第36068页 (酿酒酵母(菌株ATCC 204508/S288c))
探索第36068页 
转到UniProtKB:第36068页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第36068页
序列注释
展开
  • 参考序列

通过序列| 3D结构查找类似蛋白质

实体ID:3
分子链条序列长度有机体细节图像
SWI5依赖性HO表达蛋白3G【授权H】,
H【认证J】,
24酿酒酵母S288C突变: 0 
基因名称:SHE3号机组YBR130C型YBR1005年
UniProt公司
寻找蛋白质第38272页 (酿酒酵母(菌株ATCC 204508/S288c))
探索第38272页 
转到UniProtKB:第38272页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第38272页
序列注释
展开
  • 参考序列
通过以下方法查找类似核酸:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:2
分子链条长度有机体图像
ASH1-E3元件,RNA(28-MER)28酿酒酵母
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体3独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
埃多
EDO查询

下载理想坐标CCD文件
J[认证D]
K[认证D]
N[认证C]
O[认证C]
P[认证C]
J[认证D],
K[认证D],
N[认证C],
O[认证C],
P[认证C],
Q[认证C],
R[认证C],
S[认证C],
U[认证B],
X[认证A],
Z[认证E]
1,2-乙二醇
C2H(H)6O(运行)2
LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N公司
ACT公司
ACT查询

下载理想坐标CCD文件
AA[认证E]
BA【认证E】
CA[认证E]
FA[认证F]
M[认证D]
AA[认证E],
BA[认证E],
CA[认证E],
FA[认证F],
M[认证D],
W[认证B]
乙酸根离子
C2H(H)O(运行)2
QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M公司
MG公司
MG查询

下载理想坐标CCD文件
DA[认证F]
EA[认证F]
L[认证D]
T[认证C]
V[认证B]
DA[认证F],
EA[认证F],
L[认证D],
T[身份验证C],
V[auth B],
Y[认证A]
镁离子

JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.41 Å
  • R值自由:0.235 
  • R值工作:0.189 
  • 观察到的R值:0.192 
  • 空间组:C 1 2 1
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=220.52α = 90
b=58.34β = 126.98
c=146.01γ=90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精炼
XDS公司数据缩减
XSCALE(XSCALE)数据缩放
MOLREP公司阶段划分

结构验证

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