4AZL公司

在褐藻酸转运蛋白AlgE的中观结构中,来自铜绿假单胞菌PAO1的晶型2。


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.80 Å
  • R值自由:0.280 
  • R值工作:0.237 
  • 观察到的R值:0.239 

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文学

铜绿假单胞菌外膜海藻酸分泌的构象景观。

Tan,J。劳斯,S.L。李,D。V.E.佩伊。沃格利,L。布林斯,A.R。El Arnaout,T。J.C.惠特尼。豪厄尔,P.L。M.S.P.桑森。M·卡弗雷。

(2014)Acta Crystallogr D生物晶体仪70: 2054

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S1399004714001850
  • 相关结构的主要引文:
    4AFK(空军基地),4AZL公司,4B61型

  • PubMed摘要:

    胞外多糖藻酸盐是铜绿假单胞菌产生的生物膜的重要组成部分,铜绿假胞菌是导致囊性纤维化患者死亡的主要病原体。海藻酸通过外膜孔AlgE离开细胞。本文报道了几种AlgE晶体的X射线结构。虽然它们都有一个共同的β-桶结构,但环L2和T8的有序程度不同。L2和T8分别被确定为细胞外门(E-gate)和周质门(P-gate),位于AlgE中间的海藻酸盐选择性孔的两侧。建议通过依次打开和关闭两个门来调节海藻酸钠通过膜的过程。在一种晶体形式中,选择性孔含有结合的柠檬酸盐。因为柠檬酸盐模拟了海藻酸盐的尿酸单体,它的位置被用来突出海藻酸盐穿过毛孔时穿过海藻E的路线。对接和分子动力学模拟支持并扩展了提议的传输机制。具体来说,P-gate和E-gate是灵活的,可以在打开和关闭状态之间移动。柠檬酸盐可以双向离开选择性孔。海藻酸盐通过开口孔以线性构象稳定停靠。为了穿过毛孔,需要一个大概由海藻酸盐合成机器提供的力。AlgE和周质蛋白AlgK之间的复合物形成有助于进入开放孔。海藻酸盐可以穿过复合体中的一个连续孔,这表明AlgK预先定位新合成的胞外多糖,以便传递给AlgE。


  • 组织附属关系

    爱尔兰都柏林三一学院医学、生物化学和免疫学学院。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
藻酸盐生产蛋白458铜绿假单胞菌PAO1突变: 0 
膜实体:是的 
UniProt公司
寻找蛋白质第18895页 (铜绿假单胞菌(ATCC 15692/DSM 22644/CIP 104116/JCM 14847/LMG 12228/1C/PRS 101/PAO1菌株)
探索第18895页 
转到UniProtKB:第18895页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第18895页
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体3独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
78牛顿
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下载理想坐标CCD文件
G[认证A],
H[认证A],
本人[授权A]
(2R)-2,3-二羟基丙基(7Z)-戊二醛-7-硝酸酯
C18H(H)34O(运行)4
BJMLBVHMHXYQFS-XZVRFQMRSA-N型
7800万
78M查询

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C[认证A]
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K[认证B]
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E[认证A],
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K[认证B],
L[认证B],
M[认证B],
N[认证B],
P[认证B],
Q[认证B]
(2S)-2,3-二羟基丙基(7Z)-戊二醇-7-烯酸盐
C18H(H)34O(运行)4
BJMLBVHMHXYQFS-JJEJIETFSA-N公司
加利福尼亚州
CA查询

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F[认证A],
O[授权B]
钙离子

BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.80 Å
  • R值自由:0.280 
  • R值工作:0.237 
  • 观察到的R值:0.239 
  • 空间组:第12页11
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=47.09α = 90
b=245.76β=104.36
c=47.13γ=90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
MOSFLM公司数据缩减
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相位器阶段划分

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