新冠肺炎/SARS-CoV-2资源

03/25

RCSB.org/covid19:
PDB结构（截至2024年5月15日）

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• PanDDA分析：主要蛋白酶|解旋酶|NendoU公司|Nsp3宏结构域|NSP14号机组
• COVID MOONSHOT公司

改编自SARS-CoV-2基因组结构和蛋白质组在新冠肺炎疫情前6个月三维（3D）中的进化蛋白质：结构、功能和生物信息学(2022) 90: 1054-1080; 数字对象标识：10.1002/防护26250

科学出版物

• 用于普遍表位选择的SARS-CoV-2尖峰蛋白的遗传和结构分析（2022）分子生物学和进化39:msac091 doi:10.1093/molbev/msac091
• 与ACE2受体或抗体复合的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型奥密克戎变异株的结构模型表明结合界面发生了改变（2021）生物Rxiv数字对象标识：10.1101/2021.12.12.472313
• 基于噬菌体的新型冠状病毒疫苗接种策略的设计和概念验证，以及简化的无感冒供应链（2021年）美国国家科学院118:e21057391181数字对象标识代码：10.1073/pnas.2105739118
• mRNA疫苗的结构化设计（2021年）结构 2016年10月10日/j.str.2021.1008
• SARS-CoV-2基因组和蛋白质组的结构（2021年）蛋白质数字对象标识：10.1002/防护26250

PDB-101教育资源和图像（全部免费使用）

• PDB-101的教育资源
• 本月最佳分子特征：冠状病毒蛋白酶|SARS-CoV-2峰值|SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶|SARS-CoV-2峰值变体
• 抗击新冠肺炎疫情的资源:恢复期抗体被动免疫|寻找抗击新冠肺炎的药物|地塞米松与细胞因子风暴|SARS-CoV-2 mRNA疫苗
• 训练营：新冠肺炎进化与结构生物学与本科生一起研究大流行前六个月序列和结构变化的为期一周的经验（另见BAMBed（2020）doi:2002年10月10日/bmb.21428)
• 课程模块：分子细节中的新冠肺炎

SARS-CoV-2 mRNA疫苗, 2020
David S.Goodsell，RCSB PDB
数字对象标识：10.2210/rcsb_pdb/goodsell-gallery-027

PDB-101传单：SARS-CoV-2基因组和蛋白质

视频：用肥皂对抗冠状病毒

视频：从分子水平观察肥皂如何分解冠状病毒。

GIF动画

视频静止图像供下载

图像

冠状病毒贷方：Maria Voigt/RCSB PDB

PDB结构6LU7SARS-CoV-2主要蛋白酶
视频

主要蛋白酶蛋白与蛋白酶活性部位的残留半胱氨酸145共价结合，带有抑制剂N3（白棒代表）。显示屏显示二级结构（洋红色的螺旋，青色的链，黄色的环）。还显示了邻近的活性位点残余组氨酸41。

SARS-CoV-2主要蛋白酶的结构相似性(PDB结构6lu7)和SARS冠状病毒主要蛋白酶(PDB结构1q2w绿色）
视频

PDB结构6LU7SARS-CoV-2主要蛋白酶
视频

以表面表示法显示，二聚体的两半为黄色和蓝色。

NJTV新闻与罗格斯大学蛋白质数据库的研究人员Stephen Burley和Brian Hudson就寻找抗击新冠肺炎的关键进行了交谈。

冠状病毒主蛋白酶虚拟会议背景下载；基于PDB结构6lu7
其他背景可从PDB-101下载

冠状病毒CellPAINT竞赛在PDB-101艺术和科学竞赛中获胜

背景信息和选择媒体

• 大流行的结构莎拉·卡恩斯（也在结构（2020）28:874-878 doi:2016年10月10日/j.str.2020.07.007
• PDB结构6lu7：SARS-CoV-2主要蛋白酶的第一个高分辨率晶体结构（2020年2月5日发布）。数字对象标识：10.2210/pdb6lu7/pdb
• wwPDB公告，包括密切相关的PDB结构的汇总数据
• 如何帮助自由市场抗击冠状病毒(2020)自然580:167网址：10.1038/d41586-020-00888-7
• NJTV关于PDB和破解冠状病毒代码的新闻视频片段
• 蛋白质包裹的坏消息：冠状病毒基因组内部《纽约时报》4月3日
• 虚拟现实中的COVID19：RCSB蛋白质数据库生物馆长加入我们的Nanome（视频）生物馆长Gregg Crichlow博士在VR中加入Nanome，研究PDB中的两个SARS-CoV-2尖峰蛋白结构。

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