6纳米8

人内皮型一氧化氮合酶血红素结构域与6-(5-(3-(二甲氨基)丙基)-2,3,4-三氟亚乙基)-4-甲基吡啶-2-胺配合物的结构


X射线衍射

启动模型

初始优化模型
类型来源加入代码细节
实验模型PDB公司 4DIP(4DIP) 

结晶

结晶实验
身份证件方法酸碱度温度细节
1蒸汽扩散,坐滴7.527712-15%PEG3350,0.1M BIS-TRIS0.2-0.3M毫克醋酸盐,0.1M GdCl310%甘油,5 mM TCEP
晶体性质
马修斯系数溶剂含量
2.6954.3

Crystal数据

单位单元格
长度(Ω)角度(˚)
a=59.72α = 90
b=152.51β = 90.7
c=108.53γ = 90
对称
空间组第1211页

衍射

衍射实验
ID编号#水晶ID散射类型数据采集温度探测器探测器类型细节收款日期单色仪协议
11x射线100像素DECTRIS PILATUS 300K系列后视镜2018-03-24M(M)单波长
辐射源
ID编号#来源类型波长列表同步加速器站点光束线
1同步加速器ALS梁线5.0.21肌萎缩性脊髓侧索硬化症5.0.2

数据收集

总体
ID编号#分辨率(高)分辨率(低)可能百分比(观察)R合并I(观察)R Sym I(观察)Rpim I(全部)CC(一半)净I高于平均Sigma(I)冗余反射数(全部)数字反射(观察到的)观察标准Sigma(F)观察标准西格玛(I)Wilson图中的B(各向同性)
11.865990.1060.1060.0890.9935.63.8177103-3
最高分辨率外壳
ID编号#分辨率(高)分辨率(低)可能百分比(全部)可能百分比(观察)R合并I(观察)R-Sym I(观察)Rpim I(全部)CC(一半)西格玛平均值I(观察值)冗余唯一反射数(全部)
11.81.8595.41.061.060.9020.43813.3

精炼

统计
衍射ID结构求解方法交叉验证方法启动模型分辨率(高)分辨率(低)反射次数(观察)反射次数(R-Free)反射百分比(观察)R系数(观察值)R工作R自由R-Free选择细节平均各向同性B
X射线衍射福利尔合成自由R值4DIP(4DIP)1.855.6051769571678594.20.20140.19970.2339随机的,随机的
温度因素建模
各向异性B[1]各向异性B[1][2]各向异性B[1][3]各向异性B[2]各向异性B[2][3]各向异性B[3]
RMS偏差
钥匙精炼约束偏差
f二面角d14.563
f角度d0.97
频率_频率0.053
f键d0.009
f_平面_restr0.005
精炼中使用的非氢原子
非氢原子编号
蛋白质原子12824
核酸原子
溶剂原子788
异质原子516

软件

软件
软件名称目的
菲尼克斯精炼
XDS公司数据缩减
无目标的数据缩放
REFMAC公司阶段划分