RCSB蛋白质数据库(RCSB PDB)通过提供探索、可视化和分析的途径和工具,实现科学和教育的突破:
实验确定的3D结构蛋白质数据库(PDB)档案文件
计算结构模型(CSM)来自AlphaFold数据库和ModelArchive
这些数据可以在提供生物学结构视图的外部注释的上下文中进行探索。
以PDBx/mmCIF格式准备数据
从结构确定程序中提取数据
在各种格式之间转换结构因子文件
在化学成分词典中搜索释放配体的ID
在文件格式和其他格式之间转换数据
在放置独立服务器之前,请检查您的X射线、核磁共振或EM结构
沉积前通过编程远程访问验证结构
期刊编辑须知
特定方法验证工作组的建议
将3D大分子结构数据存入PDB
使用综合混合方法获得的矿床结构模型
具有广泛结构属性值的复杂布尔查询
使用mmseqs2方法查找相似的蛋白质和核酸序列
利用全局形状相似性搜索蛋白质结构
通过SMILES String、InChI或Chemical Formula查找与大分子结合的配体
绘制一个分子,并使用SMILES或InChI字符串在CCD中搜索分子
不同本体和层次分类方案注释上下文中的PDB条目
自上周二以来发布的搜索条目
搜索正在处理、等待发布或已撤回的条目
PDB数据分发、归档增长等
PDB结构和配体结合位点的三维可视化。从每个结构摘要页面访问。
蛋白质特征及其与UniProtKB条目的关系的图形摘要。从每个结构摘要页面访问。
PDB实体序列和基因组之间对应关系的图形摘要。从每个结构摘要页面访问。
使用各种方法计算成对结构对齐
探索显示子单元之间全局、局部和螺旋对称性的工具
滑块图形将给定结构的重要全球质量指标与PDB存档进行比较
探索结构特性、特征和功能的保护和趋势
使用MeSH术语查找描述PDB结构的文章之间的联系
EPPIC(进化蛋白质-蛋白质界面分类器)从晶体接触中发现生物界面
输入PDB ID以批量下载包含一种或多种文件格式的多个文件
输入PDB ID以下载FASTA格式的序列
输入化学成分ID以下载带有配体坐标的SDF文件
下载PDB存档或其他相关数据文件
数据API和搜索API是支持rcsb.org的两个主要API
培训、外联和教育资源,以建立和支持广泛的PDB用户社区
学习有效使用PDB数据的沉积、搜索、分析和可视化工具
PDB条目勘探和解释的指导性参考
PDB中选定分子的说明
促进蛋白质和核酸世界探索的资源
真实的动手教材、个人和小组活动
按生物主题浏览所有PDB-101资源
了解教育服务和外联活动
下载和打印分子艺术
截至2024年6月28日,NGL分子查看器将从RCSB.org中删除。鼓励用户使用Mol*进行3D可视化。
截至2024年7月2日,RCSB PDB将不再以MMTF压缩格式提供PDB数据。用户应切换到BCIF。
2024年6月28日后将不再提供DSN6格式的地图文件。可从EDMAPS.rcsb.org获得的MTZ文件将在秋季停止使用。加入我们的虚拟办公时间,了解有关此过渡的更多信息。
5月14日加入我们,了解主要PDB结构质量指标,包括验证滑块图形中的指标;PDB结构质量在整个归档中是如何变化的;并从RCSB.org中确定好的研究结构
到2024年底,wwPDB将推出更新的原子坐标文件以及更新的CCD文件,其中包含描述蛋白质化学修饰(PCM)和翻译后修饰(PTM)的附加注释
4月30日加入我们,我们将向您展示RCSB.org如何成为您进行结构数据探索的门户。学习如何在实验确定的PDB结构背景下导航预测的3D蛋白质模型。
PDB结构的访问机制和催化位置图集(M-CSA)注释
请接受这个简短的调查关于DSN6格式数据文件的使用
加入RCSB PDB,获取如何使用Mol*隐藏/着色/更改结构部分表示的快速提示
阅读有关低温EM数据存档和验证的新社区建议
囊性纤维化目前使用增强突变CFTR功能的药物进行治疗
培训机会;访问搜索API的Python包;新的癌症分子动画;等等。
高中教室中过氧化氢酶的构建和动画制作艾默生·牛顿,约翰·H·皮特曼高中。
下载2023年年度报告(PDF格式)有关最近活动的概述,包括RCSB PDB API和两两对齐工具。
年度报告档案
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