铜绿假单胞菌PAO1(Stover等人,2000年)路径注释

进口:这是一个列表假单胞菌属使用各种方法从多个来源获得的物种路径(例如手动管理、通过序列相似性自动分配等)。
请特别注意证据代码栏并在比较菌株之间的路径时将其考虑在内。
例如,我们更喜欢使用直接从KEGG路径数据库下载的KEGG分配,因为分配过程比从InterPro签名映射获得的分配更健壮。然而,当这些不可用时,我们提供来自InterPro签名的KEGG路径映射。注:请注意,一些基因组将具有不同来源/方法提供的KEGG路径注释(例如,直接从KEGG提供的PAO1注释,也通过与InterPro签名匹配),因此您可能希望按“证据类型”进行筛选
伪CAP路径是在基因组注释的早期指定的,例如在基因组序列发布之前和之后不久。大多数是自由文本作业,或者是从当时的KEGG作业中提取的,因此并不全面。
PseudoCyc已经过了更广泛的审查,但注释目前仅适用于铜绿假单胞菌参考菌株PAO1。
MetaCyc注释已在大多数基因组注释上执行,但请注意,它们基于IntePro签名的高通量映射,可能并不都可靠。
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位置标签 产品 路径名称 外部参照 数据库 版本 证据 PMID(项目管理标识)
PA4731型 天冬氨酸1-脱羧酶前体 &β-丙氨酸生物合成III MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA4510型 保守假设蛋白 &伽玛射线-谷氨酰循环 MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA3590型 可能的羟酰辅酶A脱氢酶 (4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)-二十二碳五烯酸生物合成(6-去饱和酶) MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA5188型 可能的3-羟酰辅酶A脱氢酶 (4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)-二十二碳五烯酸生物合成(6-去饱和酶) MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA3590型 可能的羟酰辅酶A脱氢酶 (8<i>E</i>,10<i>E</i>)-十二碳-8,10-二烯醇生物合成 MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA5188型 可能的3-羟酰辅酶A脱氢酶 (8<i>E</i>,10<i>E</i>)-十二碳-8,10-二烯醇生物合成 MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA3372型 保守假设蛋白 (氨甲基)膦酸盐降解 MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 环保:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA3590型 可能的羟酰辅酶A脱氢酶 (R) -和(S)-3-羟基丁酸生物合成(工程) MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 环保:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA5188型 可能的3-羟酰辅酶A脱氢酶 (R) -和(S)-3-羟基丁酸生物合成(工程) MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA4231型 水杨酸生物合成异库仑酸合成酶 1,4-二羟基-2-萘酸盐生物合成I PWY-5837型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA4231型 水杨酸生物合成异库仑酸合成酶 2,3-二羟基苯甲酸酯的生物合成 PWY-5901型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA1310型 2-氨基乙基膦酸盐:丙酮酸转氨酶 2-氨基乙基膦酸盐降解I 磷酸酯酶-PWY 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
12867747
PA1311型 2-磷酸乙醛水解酶 2-氨基乙基膦酸盐降解I 磷酸酯酶-PWY 伪循环 19.5 环保:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA1310型 2-氨基乙基膦酸盐:丙酮酸转氨酶 2-氨基乙基膦酸盐降解II MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA0844型 溶血性磷脂酶C前体 2-花生四烯酸甘油生物合成 MetaCyc公司 InterPro 5.36-75.0系列 ECO:0000259
与自动断言中使用的InterPro签名证据匹配
PA0609型 邻氨基苯甲酸合成酶组分I 2-庚基-3-羟基-4(1H)-喹诺酮类生物合成 PWY-6660型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA0649型 邻氨基苯甲酸合成酶组分II 2-庚基-3-羟基-4(1H)-喹诺酮类生物合成 PWY-6660型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA0996型 PqsA包 2-庚基-3-羟基-4(1H)-喹诺酮类生物合成 PWY-6660型 伪循环 19.5 环保:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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PA0999型 3-氧酰基-[酰基载体蛋白]合酶III 2-庚基-3-羟基-4(1H)-喹诺酮类生物合成 PWY-6660型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
12867747
PA1001型 邻氨基苯甲酸合成酶组分I 2-庚基-3-羟基-4(1H)-喹诺酮类生物合成 PWY-6660型 伪循环 19.5 ECO:0000250
序列相似性证据在人工断言中的应用
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