什么是假单胞菌群？

为了生成更具包容性的数据集假单胞菌属在其他假单胞菌物种/菌株中定位到假定的同系物和假定的同源物的基因，我们开发了假单胞杆菌同源群分类系统。

要生成正交组，请成对钻石对数据库中的所有基因组进行搜索，以找到每个基因的相互最佳匹配（RBH）。这些分析通常会产生RBH状态的多个候选基因，通过检查查询的侧翼基因和点击的侧翼基因组之间的相似性，可以缩小这些候选基因的范围。如果两个候选基因直接相邻，那么它们都被接受为涉及戏仿的RBH。

还进行了成对的基因组内DIAMOND搜索，以获取同源信息（即物种分化后发生的基因重复）。如果一个基因组中的两个基因相互之间的相似性高于其他基因组中的任何基因，则这两个基因被指定为假定的同源基因。正交组是从一个种子基因开始，然后添加所有与RBH或同源关系相关的基因来构建的.

然后将添加到直系群中的每个新基因作为种子基因处理，重复添加过程，直到添加了所有符合条件的基因。其结果是发展了直系群，专门为假单胞菌属物种基因组，可用于对搜索结果进行排序。