组织细胞类型–方法总结

什么是组织细胞类型部分？

本节提供了给定组织类型内每个蛋白编码基因的细胞型表达特异性预测。

主要出版物：
Norreen-Thorsen M等人（2022年），“人类脂肪组织细胞型转录组图谱”，《细胞代表》40，（111046）
Øling S等人（2023年），“人类胃细胞类型转录组图谱”，bioRXiv，预打印
Dusart P等人（2023年），“细胞型转录组富集特征的组织中心图谱”，bioRXiv，预打印

分析是如何进行的？

该分析是根据未切割组织样本的RNAseq数据进行的，该样本包含混合细胞群（有关样本详细信息，请参阅GTEx数据). 将单个组织类型的样本一起进行分析。选择了3个具有高度细胞类型特异性表达的“虚拟参考转录本”组成的小组来代表每个组织中的每个主要组成细胞类型（图1）。参考成绩单根据现有数据选择，包括内部生成的免疫组织化学染色组织切片和发布的单细胞RNAseq数据。

图1：分析概念概述，以内脏脂肪组织为例。

在各个样本集中，每个细胞类型面板中的参考转录本彼此高度相关，但与其他面板中的转录本无关（图2）。进行综合共表达分析以确定每个基因的表达谱；与所有转录物高度相关的基因只有一个参照组被归类为富含该细胞类型。

图2：以内脏脂肪组织为例，举例说明参考转录组和相应的相关性。

分析方法的优点

•由于细胞得到有效分析，避免了产生伪影的样品预处理就地.

•同时分析大量生物复制品。

•可以分析易碎、易凋亡或难以分离的细胞。

•少数细胞类型不需要事先进行浓缩处理。

这些图显示了什么？

对于每个基因，都有一个图显示组织中每个细胞类型的富集预测分数（示例如图3所示）。该分数是基因和3个参考转录物之间的平均相关性，选择这些转录物来代表组织中的每种细胞类型。放大的符号表示该基因被归类为富含相应细胞类型的细胞类型（详见下文）。

图3：糖原2基因富集图(GYG2公司)在内脏脂肪组织中，皮下脂肪组织和乳腺在所有3种组织类型的脂肪细胞中都显示出预测的特异性（用放大的符号表示）。

分类是如何工作的？

根据相应细胞类型中富集分数与组织中其他细胞类型的差异，已确定的细胞类型富集基因细分为3个特异性类别：

• 预测特异性：非常高-与组织内其他轮廓细胞类型的差异得分>0.35（例如。，GYG2公司，如下）
• 预测特异性：高´-与组织内其他轮廓细胞类型的差异评分>0.25（例如。，印尼盾1，如下）
• 预测特异性：中等´-与组织内其他轮廓细胞类型的差异评分>0.15（例如。，CPM公司，如下）

图4：预测为内脏脂肪组织中富含脂肪细胞的基因的特异性分类示例。

数据来自哪里？

所有数据都来自基因型问题表达（GTEx）项目门户.