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生存散点图显示患者队列中所有个体的临床状态(即死亡或存活),基于与相应Kaplan-Meier图相同的数据。最后一次随访时存活的患者以蓝色显示,研究期间死亡的患者以红色显示。
x轴显示诊断时肿瘤组织中研究基因的表达水平(FPKM)。y轴显示诊断后的随访时间(年)。两个轴都用内核密度曲线来补充,这些曲线展示了轴上的数据密度。顶部密度图显示了死亡(红色)和活着(蓝色)患者的表达水平(FPKM)分布。右密度图显示了高表达和低表达死亡患者存活年数的数据密度,使用通过生存散点图的垂直虚线表示的截止点进行分层。该临界值是根据FPKM临界值自动定义的,该临界值可使p-score最小化。可以通过拖动垂直线或在标有“当前截止”的方框中输入截止值来更改截止。
在生存散点图下,p-score景观(黑色曲线;左轴)与死中位数分隔(红色曲线;右轴)一起显示。死亡中位数分离是指高表达和低表达死亡患者mRNA表达中位数的差异。计算如下:高表达死亡患者的FPKM表达中位数-低表达死亡患者FPKM的表达中位数。这旨在帮助用户直观地探索自定义截止值以及相关的p分数和死中值分离。
显示单个患者数据,并可通过单击页面顶部的一个或多个类别按钮进行筛选。描述表达水平和患者信息的类别包括:高、低、活、死、女性、男性和肿瘤分期。通过单击“x log”按钮,可以在线性和对数刻度之间切换x轴的刻度。鼠标悬停功能显示每个患者的TCGA ID、患者信息和mRNA表达(FPKM)。
Kaplan-Meier图总结了mRNA表达水平和患者生存率之间相关性分析的结果。根据表达水平将患者分为“低”组(低切值)或“高”组(高切值)。X轴表示生存时间(年),y轴表示生存概率,其中1.0表示100%。
当前切断显示当前选择的切断(FPKM)。可以手动更改。当当前截止时间改变时,指示截止时间的垂直虚线、交互式生存散点图和Kaplan-Meier曲线将自动调整,以显示相应的结果。
根据每个基因的FPKM值,将患者分为两组,并检查预后(存活)和基因表达(FPKM)之间的关系。最佳表达截止值是指FPKM值,该值在最低log-rank P值下产生两组生存率的最大差异。最佳表达截止日期的选择依据生存分析.
单击此数字时,指示截止点的垂直虚线、交互式生存图和Kaplan-Meier曲线将进行调整,以显示基于最佳表达式截止点的结果。
中位数表达是指根据该数据集中所有患者的基因表达(FPKM)数据计算的FPKM中位数值。单击此数字时,指示截止点的垂直虚线、交互式生存图和Kaplan-Meier曲线将根据中值表达式进行调整,以显示结果。
中位随访时间是指根据此数据集中所有患者的临床数据,诊断出此类癌症后的中位时间(年)。
Kaplan-Meier图的对数秩P值显示了mRNA表达水平和患者生存率之间的相关性分析结果。
表达高于表达截止值的患者的5年生存率。
对于黑色素瘤和胶质瘤,显示了3年生存率。
表达低于表达截止值的患者的5年生存率。
RNA-seq数据报告为平均FPKM(每百万次读取外显子每千碱基片段数),由癌症基因组图谱生成(TCGA公司) .
数据集的正态分布通过方框图可视化,显示为中位数、第25和75个百分位。如果点高于或低于四分位范围的1.5倍,则显示为异常值。单个样本的FPKM值显示在方框图旁边。
鼠标悬停功能显示示例信息和注释数据。单击图像以全屏模式查看。通过选择以下类别中的一个或多个,可根据抗体染色水平过滤样本:高、中、低和未检测。描述了分析和注释在这里.
请注意,人类蛋白质图谱用于免疫组织化学的样本与TCGA数据集中的样本不对应。
根据以下数据,目前人类组织中注释细胞类型中的抗体染色被报告为未检测到、低、中或高常规免疫组织化学在选定组织中进行分析。该评分基于染色强度和染色细胞分数的组合。
每个图像都是可点击的,并将导致虚拟显微镜,它可以对所有样本进行更深入的探索,还可以显示每个样本的染色强度分数、分数和亚细胞定位以及患者和组织信息。