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使用来自HGNC公司和合奏以及人类蛋白质图谱项目的预测。
官方基因符号,通常是基因名称的缩写,根据HGNC公司.
根据HGNC公司.
为编码的蛋白质指定的HPA蛋白质类。
基于信号肽和跨膜区域的预测方法,对所有基因的所有转录物进行了相应蛋白质的位置分析。
注释位置推翻了预测位置,因此编码已注释为细胞内的预测分泌蛋白的基因将以细胞内为最终位置。
基因中的蛋白质编码转录物数量,定义如下合奏。
基于细胞系数据的RNA表达总结DepMap门户以及人类蛋白质图谱项目中生成的细胞系数据。
RNA数据用于根据基因在细胞系中的表达进行聚类。簇包含具有相似表达模式的基因,每个簇都被手动注释以描述功能和特异性方面的共同特征。
基于RNA测序数据的RNA特异性类别癌细胞系在人类蛋白质图谱中,根据癌症类型进行分组。根据基因在整个细胞系中的RNA表达水平,将基因分为六个不同类别(富集型、群富集型、增强型、低特异性和未检测型)。
Tau特异性评分是跨细胞或组织的基因表达特异性的数字指标。该值的范围从0到1,其中0表示在所有细胞/组织类型中的相同表达,而1表示在单个细胞/组织类型中的表达。
基于RNA测序数据的RNA分布类别癌细胞系在人类蛋白质图谱中,根据癌症类型进行分组。根据检测到的RNA在整个细胞系中的表达模式,基因被分为五类(全部检测到、多个检测到、一些检测到、单个检测到和未检测到)。
基于UniProt蛋白存在性的基因证据评分(UniProt证据);neXtProt蛋白存在(neXtProt证据);以及基于人类蛋白图谱抗体或RNA的评分(HPA证据)。可用分数为蛋白质水平的证据、转录水平的证据,无证据或不可用。
RNA表达数据作为每百万(nTPM)值的标准化转录物癌细胞系.分析的细胞系根据癌症类型进行分组。将鼠标悬停在图表中相应的栏上,可以显示有关组的详细信息。更多信息和细胞系数据可以在单元格行部分.
RNA数据用于根据基因在样本中的表达进行聚类。生成的簇被手动注释,以描述功能和特异性方面的共同特征。簇的注释与基因分配到簇的置信度一起显示。置信度计算为基因在重复计算中分配给该簇的次数的分数,并在0到1之间报告,其中1是可能的最高置信度。聚类结果显示在UMAP中,其中该基因被分配到的簇被突出显示为大多数簇基因所在的有色区域。表中显示了15个在表达谱方面最相似的基因。
置信度是一个基因在重复聚类中被分配到聚类中的次数,因此反映了它与聚类的关联程度。置信度为1表示该基因在所有重复聚类中被分配到该聚类。
基因名称依据HGNC公司.
基因描述依据HGNC公司.
所选基因与相邻基因之间的相关性。相关性是根据RNA-seq表达数据在PCA空间中计算为Spearman相关性。
相邻基因的表达簇的ID。