总结
组织
大脑
单细胞
组织细胞
病理学
疾病
免疫
血液
子单元格
细胞系
结构
相互作用
使用来自HGNC公司和合奏以及人类蛋白质图谱项目的预测。
官方基因符号,通常是基因名称的缩写,根据HGNC公司.
完整基因名称依据HGNC公司.
为编码蛋白指定HPA蛋白类别。
基于信号肽和跨膜区域的预测方法,对所有基因的所有转录物进行了相应蛋白质的位置分析。
注释位置推翻了预测位置,因此编码已注释为细胞内的预测分泌蛋白的基因将以细胞内为最终位置。
基因中的蛋白质编码转录物数量,定义如下合奏。
报告中的数据摘要病理部分,具有癌症中蛋白质表达的代表性图像(左)以及mRNA表达与患者生存率之间的相关性(右)。图像可以单击并重定向到包含更多病理学数据的页面。本节包含信使核糖核酸和蛋白质表达来自17种不同类型人类癌症的数据,以及相关分析mRNA表达和患者生存率。蛋白质表达数据来自使用免疫组织化学的基于抗体的蛋白质分析。
人类组织、细胞系和癌组织的RNA类别概述。的类别RNA特异性包括组织富集、组富集、组织增强、低组织特异性和未检测。的类别RNA分布包括单个检测、部分检测、多个检测、全部检测和未检测。人类组织RNA类别基于共识数据集,是来自三个来源的人体组织RNA数据的组合:高性能放大器,GTEX公司和风扇5。细胞系RNA类别基于来自高性能放大器数据集。可以找到有关归一化和分类这些数据集的。癌症组织RNA类别基于癌症基因组图谱中的RNA数据(TCGA公司),分类与人体组织和细胞系一样。
基于UniProt蛋白存在性的基因证据评分(UniProt证据);neXtProt蛋白存在(neXtProt证据);以及基于人类蛋白图谱抗体或RNA的评分(HPA证据)。可用分数为蛋白质水平的证据、转录水平的证据,无证据或不可用。
手动为所有基因设置可靠性得分,并根据可用的RNA-seq数据、蛋白质/基因特征数据和来自一个或多个具有非重叠表位的抗体的免疫组织化学数据,指示分析的蛋白质表达模式的可靠性水平。可靠性评分基于所分析的44个正常组织,如果有来自多个抗体的可用数据,则在评估期间考虑所有抗体的染色模式。可靠性得分分为增强、支持、批准或不确定,并显示在组织地图集和病理地图集上。
本总结显示了所有癌症的Kaplan-Meier图,其中该基因的高表达与患者生存率有显著关联(p<0.001)。括号内表示预后是好是坏。每个Kaplan-Meier图都可以点击并重定向到一个详细的页面,其中包括选定癌症患者的个体表达和生存数据。
RNA表达概述显示了来自癌症基因组图谱的RNA-seq数据(TCGA公司).
17种癌症类型的RNA-seq数据被报告为中位FPKM(每百万次读取外显子每千基片段数),由癌症基因组图谱生成(TCGA公司).
通过选择代表整个染色模式的四个标准癌症组织样本,总结了20种不同癌症的抗体染色。左起:结直肠癌、乳腺癌、前列腺癌和肺癌。可以添加另一个第五个图像作为补充。描述了分析和注释在这里注意,人类蛋白图谱用于免疫组织化学的样本与TCGA数据集中的样本不对应。
有关组织学参考,请访问组织学词典.