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细胞系
结构
相互作用
使用来自HGNC公司和合奏以及人类蛋白质图谱项目的预测。
官方基因符号,通常是基因名称的缩写,根据HGNC公司.
完整基因名称依据HGNC公司.
为编码蛋白指定HPA蛋白类别。
基于信号肽和跨膜区域的预测方法,对所有基因的所有转录物进行了相应蛋白质的位置分析。
注释位置推翻了预测位置,因此编码已注释为细胞内的预测分泌蛋白的基因将以细胞内为最终位置。
来自基因的蛋白质编码转录物的数量,定义如下合奏。
基于人类蛋白质图谱项目中产生的数据的RNA表达和蛋白质定位总结。
RNA数据用于根据基因在单个细胞类型中的表达进行聚类。簇包含具有相似表达模式的基因,每个簇都被手动注释以描述功能和特异性方面的共同特征。
RNA特异性类别基于基于正常组织scRNA-seq数据分析的细胞类型中的mRNA表达水平。这些类别包括:细胞类型富集、组富集、细胞类型增强、低细胞类型特异性和未检测到。
Tau特异性评分是跨细胞或组织的基因表达特异性的数字指标。该值的范围从0到1,其中0表示在所有细胞/组织类型中的相同表达,而1表示在单个细胞/组织类型中的表达。
RNA特异性类别基于分析样本中基于数据的mRNA表达水平高性能放大器这些类别包括:细胞类型富集、组富集、细胞类型增强、低细胞类型特异性和未检测到。
RNA分布类别基于分析样本中基于数据的mRNA表达水平高性能放大器。类别包括:全部检测、多个检测、部分检测、单个检测和未检测。
基于UniProt蛋白存在性的基因证据评分(UniProt证据);neXtProt蛋白存在(neXtProt证据);以及基于人类蛋白图谱抗体或RNA的评分(HPA证据)。可用分数为蛋白质水平的证据、转录水平的证据,无证据或不可用。
以下内容的摘要标准化单细胞RNA(nTPM)来自所有单个单元格类型。彩色编码基于细胞类型组,每个细胞类型都由具有共同功能的细胞类型组成。
分析了单个细胞类型表达的所有组织的概述。每个组织名称和相应的UMAP图都可以单击并重定向到所选组织。
RNA数据用于根据基因在样本中的表达进行聚类。对产生的聚类进行了手动注释,以描述功能和特异性方面的共同特征。簇的注释与基因分配到簇的置信度一起显示。置信度计算为基因在重复计算中分配给该簇的次数的分数,并在0到1之间报告,其中1是可能的最高置信度。聚类结果显示在UMAP中,其中该基因被分配到的簇被突出显示为大多数簇基因所在的有色区域。表中显示了15个在表达谱方面最相似的基因。
置信度是一个基因在重复聚类中被分配到聚类中的次数,因此反映了它与聚类的关联程度。置信度为1表示该基因在所有重复聚类中被分配到该聚类。
基因名称依据HGNC公司.
基因描述依据HGNC公司.
所选基因与相邻基因之间的相关性。相关性是根据RNA-seq表达数据在PCA空间中计算为Spearman相关性。
相邻基因表达簇的ID。
每个分析组织的注释细胞类型簇的单细胞RNA水平分别显示。为了更容易在组织之间导航,请使用上面的单细胞组织概述,其中每个组织名称和UMAP图都是可点击的,并重定向到所选组织,或者使用窗口左侧的灰色浏览器。Barchart秀nTPM水平在每个带注释的单个单元格簇中。左边的UMAP图显示了RNA表达谱。组织名称和图表可点击并重定向至更详细的交互式页面。彩色编码基于细胞类型组,每个细胞类型都由具有共同功能的细胞类型组成。请注意,在几个集群中可能会发现相同的单元类型。
来自两个数据集的单细胞水平的血液中RNA表达:-单单元格数据包括scRNA-seq数据来自不同外周血单个核细胞(PBMC)和内皮细胞簇。条形图显示nTPM水平在每个簇和左边,UMAP图显示了RNA表达谱。两者都可以点击并重定向到更多单细胞类型数据。-流程排序数据包括RNA-seq数据(pTPM)从免疫细胞类型和总外周血单个核细胞(PBMC)中分离出来,并通过流式分选分离成亚群。该图可点击并重定向至更多免疫细胞数据。彩色编码基于细胞类型组,每个细胞类型都由具有共同功能的细胞类型组成。请注意,在几个集群中可能会发现相同的单元类型。彩色编码基于细胞类型组,每个细胞类型都由具有共同功能的细胞类型组成。请注意,在几个集群中可能会发现相同的单元类型。