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细胞系
结构
相互作用
使用来自HGNC公司和合奏以及人类蛋白质图谱项目的预测。
官方基因符号,通常是基因名称的缩写,根据HGNC公司.
完整基因名称依据HGNC公司.
基于信号肽和跨膜区的预测方法,已经分析了所有基因的所有转录物的相应蛋白质的位置。
注释位置推翻了预测位置,因此编码已注释为细胞内的预测分泌蛋白的基因将以细胞内为最终位置。
基因中的蛋白质编码转录物数量,定义如下合奏。
报告中的数据摘要组织部分,具有代表性的蛋白质表达图像(左)和显示组织特异性mRNA表达的交互式图表(右)。图像和图表可单击,并将重定向到更多组织数据。本节包含关于正常人体组织中蛋白质编码基因在mRNA和蛋白质水平上的表达谱的信息。蛋白质表达数据来自使用免疫组织化学的基于抗体的蛋白质分析。
RNA数据用于根据基因在组织中的表达对基因进行聚类。簇包含具有相似表达模式的基因,每个簇都被手动注释以描述功能和特异性方面的共同特征。
RNA特异性类别基于共识根据样本中的RNA表达水平计算的数据集高性能放大器和GTEX公司. The类别包括:组织富集、组富集、组织增强、组织特异性低和未检测。
Tau特异性评分是跨细胞或组织的基因表达特异性的数字指标。该值的范围为0和1,其中0表示所有细胞/组织类型的表达相同,而1表示单个细胞/组织的表达。
RNA分布类别基于分析样本中的mRNA表达水平,基于来自百帕和GTEX公司。类别包括:全部检测、多个检测、部分检测、单个检测和未检测。
基于UniProt蛋白存在性的基因证据评分(UniProt证据);neXtProt蛋白存在(neXtProt证据);以及基于人类蛋白质图谱抗体或RNA的评分(HPA证据)。可用分数为蛋白质水平的证据、转录水平的证据,无证据或不可用。
分析正常组织的整体蛋白质表达模式的总结。摘要基于基于知识的注释.
标准化解释性句子,包含全面理解蛋白质表达谱所需的附加信息,基于知识型的和分泌型的注释。
手动为所有基因设置可靠性得分,并根据可用的RNA-seq数据、蛋白质/基因特征数据和来自一个或多个具有非重叠表位的抗体的免疫组织化学数据,指示分析的蛋白质表达模式的可靠性水平。可靠性评分基于所分析的44个正常组织,如果有来自多个抗体的可用数据,则在评估期间考虑所有抗体的染色模式。可靠性得分分为增强、支持、批准或不确定,并显示在组织地图集和病理地图集上。
用于此分析的抗体。点击抗体获取更多信息。
链接到人类蛋白质图谱组织部分中可用的不同分析数据。单击微型图像可直接进入相应的部分。
以下是人类蛋白质图谱项目中生成的RNA和蛋白质表达数据的概述。被分析的组织根据其共同的功能特征被分为颜色编码组。对于每个组,通过单击组名称、组符号、RNA条或蛋白质条可以访问包含组织的列表。此列表中特定组织的后续选择链接到图像数据页。
右侧的IHC图像面板显示选定的组织,这些组织提供了蛋白质表达谱的可视化摘要。
左边,两个人体提供了分析器官中mRNA表达水平和检测的解剖学显示。通过单击图形之间的按钮在这两个视图之间切换。
RNA表达摘要显示了基于来自两个不同来源的标准化表达(nTPM)值的共识数据:内部生成的人类蛋白质图谱(高性能放大器)来自基因型问题表达的RNA-seq数据和RNA-seq-数据(GTEx公司)项目。色码是基于组织群的,每个组织都由具有共同功能的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。
每个条代表特定组织组中的最高表达分数。蛋白质表达分数基于基于知识的注释对“真实”蛋白质表达的最佳估计,详见分析和注释。对于使用了多个抗体的基因,设置一个集合分数,显示估计的真实蛋白质表达。
44个组织中的每个组织的蛋白质表达数据基于基于知识的注释.颜色编码基于组织群,每个组织群由具有共同功能特征的组织组成。鼠标悬停功能显示所选组织中分析的细胞类型的蛋白质评分。要访问图像数据,请单击组织名称或栏。蛋白质表达的注释在分析和注释.
RNA数据用于根据基因在样本中的表达进行聚类。生成的簇被手动注释,以描述功能和特异性方面的共同特征。簇的注释与基因分配到簇的置信度一起显示。置信度计算为基因在重复计算中分配给该簇的次数的分数,并在0到1之间报告,其中1是可能的最高置信度。聚类结果显示在UMAP中,其中该基因被分配到的簇被突出显示为大多数簇基因所在的有色区域。表中显示了15个在表达谱方面最相似的基因。
置信度是一个基因在重复聚类中被分配到聚类中的次数,因此反映了它与聚类的关联程度。置信度为1表示该基因在所有重复聚类中被分配到该聚类。
基因名称依据HGNC公司.
基因描述依据HGNC公司.
所选基因与相邻基因之间的相关性。相关性是根据RNA-seq表达数据在PCA空间中计算为Spearman相关性。
相邻基因表达簇的ID。
RNA表达概述显示了来自两个不同来源的RNA数据:内部生成的人类蛋白质图谱(高性能放大器)来自基因型问题表达的RNA-seq数据和RNA-seq-数据(GTEx公司)项目,以及共识基于两个源的组合的数据集。色码是基于组织群的,每个组织都由具有共同功能的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。
共识数据集由55种组织类型的标准化表达(nTPM)水平组成,通过使用内部标准化管道颜色编码基于组织组,每个组织组由具有共同功能特征的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。阅读<a href=“/about/assays+annotation#normalization_rna”_blank“>assays&annotation中有关如何将数据集合并为共识规范化表达水平的更多信息.
HPA RNA-seq组织数据报告为nTPM(每百万标准化蛋白编码转录物),对应于每个组织中不同个体样本的平均值。色码是基于组织群的,每个组织都由具有共同功能的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。HPA RNA-seq分析在分析和注释.
基因型问题表达产生的RNA-seq组织数据(GTEx公司)该项目报告为nTPM(百万分之一标准化蛋白编码转录物),对应于来自每个组织的不同个体样本的平均值。色码是基于组织群的,每个组织都由具有共同功能的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。GTEx RNA-seq分析在分析和注释.
通过Cap基因表达分析(CAGE)获得的RNA表达组织数据由风扇5该项目被报告为百万分位标签。色码是基于组织群的,每个组织都由具有共同功能的组织组成。要访问样本数据,请单击组织名称或栏。CAGE方法详见分析和注释.