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通过UMAP图(顶部)和条形图(底部)显示该组织中确定的单细胞类型簇中的RNA表达。-UMAP地块可视化每个集群中的细胞;每个点对应一个单元格。对于每个单独的单元格,鼠标悬停将显示读取计数以及该单元格所属的簇。将鼠标悬停在簇名称上方将在下面的条形图中突出显示相应的簇。颜色方案有两个选项:1)单元类型颜色,它基于单细胞类型部分和2)簇颜色,为每个簇指定唯一的颜色。细胞强度有三个选项:1)强度,根据五个不同容器(<1%,<25%,<50%,<75%,≥75%)中最大值(log2(read_count+1)/log2(max(read_cont)+1)*100)的百分比给单个细胞着色;2)间隔,根据固定的读取计数间隔(0,1,2-4,5-9,>10)给单个细胞染色;3)六边形,根据六边形内所有单元格的平均读取计数为六边形着色 -条形图显示RNA表达(nTPM)在每个细胞类型簇中。将鼠标悬停在集群名称上会显示nTPM值和包含的单元格数。将鼠标悬停在条形图上会突出显示上面UMAP图中的相应簇。颜色编码可以在页面顶部的两个选项之间切换:1)单元格类型颜色,它基于单细胞类型部分和2)簇颜色,为每个簇指定唯一的颜色。
本节中的热图显示了当前选择的基因(顶部)并且众所周知细胞类型标记在不同的单细胞型簇这种组织。左边的面板显示了每个标记所关联的单元格类型。彩色编码基于细胞类型组,每个细胞类型都由具有共同功能的细胞类型组成。
将鼠标指针悬停在各个数据点(方块)上,查看nTPM级别和Z分数。单击基因名称会重定向到相应的基因页面。Z-score是对变量进行规范化,使标准偏差为1,平均值为0。因此,所有的基因都比较容易比较,因为它们具有相同的中心和分布。