总结
组织
大脑
单电池
组织细胞
病理学
疾病
免疫
血液
子单元格
细胞系
结构
相互作用
使用来自HGNC公司和恩森布尔,以及人类蛋白质图谱项目做出的预测。
官方基因符号,通常是基因名称的缩写,根据HGNC公司.
完整基因名称依据HGNC公司.
基于信号肽和跨膜区预测方法,对所有基因的所有转录物进行了相应蛋白质的位置分析。
注释位置推翻了预测位置,因此编码已注释为细胞内的预测分泌蛋白的基因将以细胞内为最终位置。
此特定目标可用抗体的内部抗体ID,单击链接以获取更多抗体信息。
RNA数据用于根据基因在组织中的表达对基因进行聚类。簇包含具有相似表达模式的基因,每个簇都被手动注释以描述功能和特异性方面的共同特征。
RNA特异性类别基于共识根据样本中的RNA表达水平计算的数据集百帕和GTEX公司. The类别包括:组织富集、组富集、组织增强、组织特异性低和未检测。
区域特异性类别基于分析脑样本中的mRNA表达水平,分为13个主要脑区,并针对三种不同物种进行计算。所有大脑表达谱都基于百帕特异性类别包括:区域富集、群体富集、区域增强、低区域特异性和未检测到。分类规则与组织特异性分类相同。
Tau特异性评分是跨细胞或组织的基因表达特异性的数字指标。该值的范围为0和1,其中0表示所有细胞/组织类型的表达相同,而1表示单个细胞/组织的表达。
区域分布类别基于在分析的脑样本中检测到的上述切断或未切断的mRNA表达,分为13个主要脑区,并针对三种不同的物种进行计算。所有物种的大脑表达都基于百帕。分布类别包括:全部检测、多个检测、部分检测、单个检测和未检测。分类规则与用于组织分布类别的规则相同。
人工选择蛋白阳性的位置,通过免疫荧光染色在小鼠大脑中观察。
分析脑组织中整体蛋白质定位的总结。摘要基于手动注释.
13个大脑区域的正常RNA表达水平(nTPM)。颜色编码基于大脑区域,条形图显示了所包含的子区域中表达最高的区域。要访问示例数据,请单击区域名称或栏。在<a href=“/about/assays+annotation#normalization_rna”_blank“>分析和注释中阅读有关标准化表达水平的更多信息.
GTEx数据集基因型问题表达产生的RNA-seq组织数据(GTEx公司)项目报告为平均nTPM,对应于各分区不同单个样本的平均值。子区域中表达最高的区域代表大脑区域。要访问示例数据,请单击区域名称或栏。GTEx RNA-seq分析在分析和注释.
FANTOM5数据集通过Cap基因表达分析(CAGE)获得的RNA表达组织数据由风扇5该项目被报告为百万分位标签。要访问示例数据,请单击区域名称或栏。CAGE方法详见分析和注释.
HPA Pig数据集HPA RNA-seq组织数据报告为猪大脑各区域的平均nTPM(标准化表达)。详细页面(单击栏或区域名称时到达)显示单个样本级别的nTPM值。要访问示例数据,请单击区域名称或栏。HPA RNA-seq分析在分析和注释. 猪脑转录组学项目是人类蛋白质图谱与中国青岛华大基因研究所再生医学研究所(罗永伦博士)的合作项目。
HPA鼠标数据集HPA RNA-seq组织数据报告为在小鼠中分析的每个大脑区域的平均nTPM(标准化表达)。详细页面(单击栏或区域名称时到达)显示单个样本级别的nTPM值。要访问示例数据,请单击区域名称或栏。HPA RNA-seq分析在分析和注释.
艾伦鼠脑ISH基于原位杂交(ISH)的表达值通过ABA API(©2004艾伦脑科学研究所,艾伦小鼠脑图谱)导入,并以与其他数据集相同的方式显示区域表达分组。要访问样本数据和到ABA的链接,请单击区域名称或栏。
人脑蛋白质数据基于精心策划和手动选择的组织图谱数据。组织地图集中使用的标准大脑区域是大脑皮层、尾状核、海马和小脑,只有选定的病例包括下丘脑或视网膜的信息。评分基于对主要细胞类型中蛋白质位置的基于知识的注释。对于使用了不止一种抗体的基因,设置一个集合分数,显示估计的真实蛋白质表达。
在神经元细胞体和过程的亚群中观察到明显的阳性反应。
基于增强 百帕008273 , HPA012828型 , CAB001984型
每个条代表特定组织中的最高表达分数。蛋白质表达分数基于基于知识的注释对“真实”蛋白质表达的最佳估计,详见分析和注释对于使用了一种以上抗体的基因,设置显示估计的真实蛋白质表达的集体评分。
小鼠脑蛋白图谱基于免疫荧光分析的成年小鼠脑的连续切片。手工总结染色强度和区域分布。
在整个大脑的树突中观察到强烈的免疫反应。偶尔,神经元细胞体也具有免疫反应性(例如在海马体或新皮质中)。
神经元的胞体和树突。
基于HPA012828增强
分数基于相对荧光,定义为注释区域的强度相对于强度最高的区域的强度。对数字化图像进行处理(轴调整和组织边缘定义),然后标记感兴趣区域(ROI)。然后使用这些ROI进行图像分析,并列出每个区域的相对荧光强度。有关更多数据和地区信息,请单击栏或地区名称。
RNA数据用于根据基因在样本中的表达对基因进行聚类。生成的簇被手动注释,以描述功能和特异性方面的共同特征。簇的注释与基因分配到簇的置信度一起显示。置信度计算为基因在重复计算中分配给该簇的次数的分数,并在0到1之间报告,其中1是可能的最高置信度。聚类结果显示在UMAP中,其中该基因被分配到的簇被突出显示为大多数簇基因所在的有色区域。表中显示了15个在表达谱方面最相似的基因。
置信度是一个基因在重复聚类中被分配到聚类中的次数,因此反映了它与聚类的关联程度。置信度为1表明该基因在所有重复聚类中都被分配到该聚类。
基因名称依据HGNC公司.
基因描述依据HGNC公司.
所选基因与相邻基因之间的相关性。相关性是根据RNA-seq表达数据在PCA空间中计算为Spearman相关性。
相邻基因表达簇的ID。