为了支持为SIG生成数据,NIAID为SARS-CoV-2变异病毒创建了SARS-CoV 2病毒进化评估(SAVE)风险评估管道。SAVE对SARS-CoV-2中可能影响传播性、毒力和感染或疫苗诱导免疫易感性的新突变进行了全面的实时风险评估。SAVE计划的目标是了解病毒中可能影响传播性、毒力、对恢复期和疫苗诱导免疫的敏感性以及诊断测试的新变化。SAVE是为变量特征化提供重要信息的数据流之一,它补充了美国政府和国家卫生研究院的其他工作,如ACTIV追踪耐药性和冠状病毒进化(TRACE)计划.
NIAID SAVE项目由一支国际科学家团队组成,他们在病毒学、免疫学、疫苗学、结构生物学、生物信息学、病毒遗传学和进化学方面具有专业知识。NIAID校内、NIAID疫苗研究中心、其他卫生与公众服务部和国防部实验室以及校外学术团体的研究人员在多个子组内和跨多个子组协作,通过快速开放的共享加快变种研究和发现的步伐。研究人员正在开发高质量的数据集,然后由各专家组成的SIG工作组进行审查。这些数据有助于为公共卫生建议提供信息。
有关SAVE程序的更多信息,请参阅出版物“定义严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型变异对免疫保护的风险”(《自然》,2022年)。
NIAID的活动分为以下数据生成组件:
早期检测和变异分析
领导: Elodie Ghedin,NIAID博士和剑桥大学博士德里克·史密斯
该团队正在评估监测/流行病学数据、新冠肺炎疫苗疗效观察性研究的信息、有记录的疫苗突破性病例的变异信息以及这些工作的相关序列数据,以确定应进一步评估的变异在体外和体内他们还将在实验室中使用单克隆抗体和多克隆血清进行假病毒检测,以主动识别相关替代物。
体外特征
领导:Florian Krammer博士,西奈山伊坎医学院博士,Mehul Suthar博士,埃默里大学博士
该团队全面描述了早期检测组识别的变体在体外以确定它们与原始SARS-CoV-2病毒的区别。变异病毒、假病毒和各种恢复期和疫苗血清样本用于确定变异是否能够逃避感染或疫苗诱导的免疫。研究小组还进行了抗原景观分析,以确定每个新出现的变种与制造疫苗的原始菌株的相关性。研究人员还分析了以下特征在体外复制动力学,以确定变异病毒如何具有影响其在人类之间复制或传播能力的不同特征。研究小组还正在探索是否有任何变体可以逃避记忆B细胞和T细胞产生的细胞免疫反应。这些小组生成的数据有助于确定我们现有对策最关注的变量。
体内特征
领导:圣路易斯华盛顿大学医学博士Michael Diamond和博士Jacco Boon
该团队正在使用动物模型评估SARS-CoV-2循环病毒的毒力变化,并评估疫苗对变异病毒的效力。研究人员使用不同的动物模型来检查是否有任何变体在模型中引起不同程度的疾病。研究人员还为动物接种疫苗或感染疫苗,以确定动物是否在不同的时间段内免受变异病毒的感染。最后,研究人员正在研究对策的能力,例如疫苗,以防止在动物模型中传播。