许多病原体对现有抗生素和抗真菌药物的耐药性越来越强。NIAID正在研究对人类健康日益关注的感染，包括疾病控制和预防中心（CDC）确定为紧急、严重和令人担忧的威胁的病原体。
革兰氏阴性菌
19世纪由Hans Christian Gram开发的革兰氏染色试验是一种使用化学染色法对不同类型的细菌进行分类，并通过显微镜观察细菌保护细胞壁上的结果的方法。大多数细菌被分为两类：革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，这取决于它们是否保留特定的染色颜色。革兰氏阳性菌保留紫色斑点，而革兰氏阴性菌则呈粉红色或红色。革兰氏负性细菌有双层膜，许多抗生素无法穿透。革兰氏阴性菌的类型包括：
抗碳青霉烯肠杆菌科（CRE）
肠杆菌科，例如肺炎克雷伯菌和大肠杆菌(大肠杆菌)可导致尿路、血液和伤口严重感染，也可导致肺炎。这些感染变得难以治疗，因为一些细菌已经对所有或大多数可用的抗生素产生耐药性。一些肠杆菌科含有一种名为超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的酶，这种酶使它们对几乎所有的青霉素和头孢菌素都有耐药性。其他肠杆菌科可以对碳青霉烯类药物产生耐药性，而碳青霉素类药物被认为是万不得已的药物。肠杆菌科-相关疾病通常发生在免疫系统较弱、使用呼吸机或使用尿管或静脉导管的医疗机构患者中。细菌可以通过这些设备或手术或受伤的伤口进入体内。然而，有些人可以肠杆菌科不会引起任何疾病。阅读更多有关NIAID研究的信息大肠杆菌.
抗药性淋病奈瑟菌(淋病奈瑟菌)
淋病奈瑟菌细菌会导致淋病，这是一种性传播感染，如果不进行治疗，可能会导致严重问题，如盆腔炎、不孕和长期盆腔或腹部疼痛。并非所有感染都具有耐药性，但淋病奈瑟菌几乎所有用于治疗的抗生素都产生了耐药性，使其更难治愈。阅读更多关于NIAID对淋病的研究.
多重耐药不动杆菌
感染不动杆菌（包括鲍曼不动杆菌)细菌会导致严重的血液和伤口感染以及肺炎。感染通常发生在医疗机构和重症监护室的患者中，这些患者的免疫系统减弱、慢性肺病、开放性伤口或使用呼吸机或导管。有些人有不动杆菌体内有细菌，但不会感染或出现症状。然而，至少有三种不同类别的抗生素不再能治愈耐药性不动杆菌感染。
多药耐药性铜绿假单胞菌(铜绿假单胞菌)
铜绿假单胞菌细菌可导致健康人患轻微疾病，如耳部感染和接触清洁不当的热水浴缸或水池后出现皮疹。然而，严重的铜绿假单胞菌-免疫系统减弱的住院患者，包括手术创伤或使用呼吸机或导管的患者，可能会发生相关的血流感染和肺炎。感染可能通过医护人员的手或未正确清洁的设备在患者之间传播。一些菌株铜绿假单胞菌对大多数或所有抗生素耐药，包括氨基糖苷类、头孢菌素类、氟喹诺酮类和碳青霉烯类。
抗药性沙门氏菌
沙门氏菌细菌可导致食用受污染食物（生的或未煮熟的肉或蛋）或水的人腹泻、发烧和腹部痉挛。一些感染，如对某些种类药物耐药的感染，可能会更严重，传播到血液中，并导致危及生命的并发症。一种名为伤寒沙门菌当人们食用被粪便污染的食物或水时，会导致伤寒。伤寒在美国并不常见，可导致腹痛、头痛、发烧、肠穿孔、休克和死亡。
抗药性志贺氏菌
志贺菌属在感染者的粪便中发现了细菌。志贺氏菌感染（志贺氏菌病）会导致腹泻、发烧和腹痛。当人们触摸被污染的表面（甚至包括微小的看不见的粪便物质），然后触摸他们的嘴时，它就会传播。它也可以通过食用受污染的食物、吞咽湖水或河水或通过性接触接触粪便传播。对用于治疗的一线抗生素的耐药性志贺氏菌是广泛存在的，因此医生必须依赖替代品（环丙沙星和阿奇霉素）。然而，对替代品的抵制也在增加。阅读更多关于NIAID对志贺氏菌病的研究.
其他值得关注的病原体：
艰难梭菌(艰难梭菌或C.差异)
C.差异细菌可导致轻度至重度危及生命的腹泻，最常见于最近服用抗生素的人群。C.差异被排泄在粪便中，通过孢子传播，当有人接触受污染的表面，然后接触他或她的嘴时，孢子就会出现。通常，生活在肠道中的微生物（称为肠道微生物群）可以抑制C.差异-相关疾病，但抗生素治疗可以耗尽微生物群，从而允许C.差异孢子发芽成为营养细胞，营养细胞可以产生多达三种不同的毒素，引起极端的结肠炎症。感染风险较高的人群包括最近服用抗生素的医疗机构患者和老年人。C.差异对治疗该病的药物尚未产生显著耐药性，但这些药物有时无效，也会使患者容易复发。此外C.差异是由抗生素的使用和微生物的传播推动的，这些因素也推动了抗生素耐药性的产生。
耐药性念珠菌
念珠菌是一种酵母（真菌的类型），生活在人类的口腔、喉咙、肠道和阴道中，通常不会引起问题。然而，如果人们的免疫系统减弱或正在服用抗生素，它可能会导致感染和各种症状。感染可发生在口腔和喉咙（称为鹅口疮）、食道或阴道。念珠菌还可引起血液、心脏、大脑、眼睛和骨骼的严重侵袭性感染（称为念珠菌血症），最常见于住院患者。一些菌株念珠菌对包括氟康唑在内的抗真菌药物产生耐药性。应变金念珠菌在美国极为罕见，但越来越受到关注，并且对所有三种类型的抗真菌药物都具有耐药性。
抗药性弯曲杆菌
人们通常会感染弯曲杆菌（包括空肠弯曲菌)食用生的或未煮熟的家禽或饮用未经高温消毒的牛奶会导致细菌滋生。感染会导致腹泻、痉挛、腹痛和发烧，如果传播到血液中，可能会危及生命。细菌对抗生素（环丙沙星和阿奇霉素）产生耐药性，这可能导致更长时间、更严重的感染，以及胃肠、神经和关节疾病等感染后问题。
耐万古霉素肠球菌属（VRE）
肠球菌属细菌通常存在于人类消化道和女性生殖道中，但不会对健康人构成威胁。然而，肠球菌属可导致住院患者的尿路感染、血流感染和伤口感染。感染通常发生在以前长期服用抗生素、接受手术、使用导管或免疫系统减弱的患者中。感染可致命，约占肠球菌属感染对最新抗生素万古霉素具有耐药性。
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）和耐万古霉素金黄色葡萄球菌（VRSA）
金黄色葡萄球菌在美国，细菌是导致健康护理相关感染的主要原因。一些人将细菌带在鼻子里，不会引起感染。然而，它可以导致普通社区的皮肤感染和肺炎，也可以导致住院患者的严重疾病，包括血流、心脏瓣膜和手术部位感染，以及肺炎。在医疗机构中，免疫力减弱、接受过抗生素治疗、手术创伤或有呼吸装置或导管的患者最容易受到严重感染。这种细菌可以通过医护人员或访客不干净的手在患者之间传播，也可以在患者直接接触受污染的床单和医疗设备时传播。除了对甲氧西林和相关抗生素耐药外金黄色葡萄球菌感染对万古霉素也有耐药性，万古霉素是最常用的治疗严重疾病的药物金黄色葡萄球菌几乎没有治疗选择。
耐药结核病（TB）
结核病是一种空气传播疾病，通常会感染肺部，但也会攻击身体的任何其他器官。结核病通常使用一个疗程的抗生素进行治疗，该疗程可能持续数月至数年。然而，结核分枝杆菌引起结核病的细菌正在对常用的抗生素产生耐药性。耐多药结核病是指由对异烟肼和利福平这两种最有效的结核病药物产生耐药性的细菌引起的感染。广泛耐药结核（XDR-TB）是指对异烟肼和利福平、任何氟喹诺酮和三种可注射二线药物中的至少一种具有耐药性的细菌引起的感染。耐药结核病患者面临更高的死亡风险，并且感染治疗成本高昂且耗时。了解有关的更多信息NIAID的结核病研究项目.
抗药性肺炎链球菌
肺炎链球菌可导致肺炎球菌病，包括肺炎、耳部感染、鼻窦感染、脑膜炎和血流感染。一些感染可能具有侵袭性，导致住院和潜在死亡。肺炎链球菌已对阿莫西林和阿奇霉素等常用抗生素产生耐药性，并对其他药物产生耐药性。
抗红细胞素A组链球菌
A组链球菌细菌可引起一系列疾病，如链球菌性咽喉炎、猩红热、脓疱病、中毒性休克综合征、风湿热和坏死性筋膜炎（肉食性疾病）。当感染者咳嗽或打喷嚏并通过接触他人鼻子或嘴巴的水滴时，病毒就会传播。A组链球菌仍然可以用一线药物青霉素治疗，但细菌对克林霉素（常用于治疗严重的、危及生命的感染的药物）和大环内酯类药物（包括红霉素）产生耐药性。阅读更多关于NIAID对A组链球菌感染的研究.
抗克林霉素B组链球菌
B组链球菌细菌可引起严重疾病，如血流感染、肺炎、脑膜炎和皮肤感染。然而，它通常对健康成年人无害，人们可以携带B组病毒链球菌在他们的身体里没有任何症状。这种细菌也是婴儿严重感染的主要原因。如果孕妇B组检测呈阳性链球菌医生会在分娩期间给她开抗生素处方，以防止细菌传播到婴儿身上。B组链球菌可以用青霉素治疗，但对推荐的二线药物克林霉素和红霉素产生耐药性。
