需要对寨卡病毒感染进行准确的诊断测试，以将其与其他黄病毒感染区分开来，并确定在怀孕期间感染寨卡病毒且可能有发生胎儿并发症风险的妇女。还需要进行血液、器官和组织捐赠者筛查试验，以确保在蚊子传播病毒活跃地区输血和移植的安全。目前，通过病毒RNA诊断测试，通常可以在感染急性期和症状出现后14天内检测到寨卡病毒。以前的寨卡病毒感染可以通过基于抗体的测试检测出来，但这些测试也可以检测到其他黄病毒抗体，尤其是登革热病毒抗体，或与之发生交叉反应。这就是为什么阳性抗体测试不能明确确认可能与登革热和其他相关病毒共同感染或先前感染的地区是否存在寨卡病毒感染。
NIAID正致力于开发改进的寨卡病毒诊断测试，支持其科学家和受资助者产生能够区分寨卡病毒和登革热病毒的抗体。此外，正在进行研究，以创造新的重组寨卡病毒蛋白，该蛋白与其他黄病毒的交叉反应更少，这可能是新抗体测试的基础。此外，NIAID支持的科学家正在努力识别寨卡病毒独特的生物信号，这可能成为其他快速诊断测试的基础。
