联合抗逆转录病毒治疗直接针对艾滋病毒，可以使血液中的病毒水平保持在较低水平，从而为服用这些救生药物的患者带来更好的健康结果。然而，有时与艾滋病毒感染相关的其他条件和并发症需要进一步干预。NIAID和NIH的其他机构支持旨在确保艾滋病毒感染者充分健康的研究。
开发艾滋病毒合并感染的治疗方法
许多艾滋病毒感染者由于免疫系统的脆弱性以及艾滋病毒和其他疾病的共同风险因素，如非法药物使用或生活在某些病原体高发地区，而获得共同感染。这些感染甚至可能发生在那些艾滋病毒得到良好治疗的人身上，这些人的免疫功能相对于晚期艾滋病毒感染者或艾滋病患者来说也很强。在美国和世界各地，最严重的感染通常与艾滋病毒同时发生病毒性肝炎包括丙型肝炎、乙型肝炎和结核病，或肺结核.
全世界多达500万艾滋病毒感染者也感染了丙型肝炎病毒（HCV）。丙型肝炎是一种慢性疾病，可导致危及生命的肝衰竭和肝癌。传统的以干扰素为基础的治疗方法在艾滋病毒感染者身上效果不佳。然而，由NIAID和Gilead Sciences领导的研究人员开发出了新的治疗方法，即使是复杂的丙型肝炎病例也能治愈，且无严重副作用。
艾滋病毒感染者患结核病的风险也增加，结核病是一种由细菌引起的疾病结核分枝杆菌这通常始于肺部。这种增加的风险可能高达高出26到31倍根据世界卫生组织的数据，与没有艾滋病毒的人相比，即使通过抗逆转录病毒疗法（ART）很好地控制了艾滋病毒，这种情况似乎也会持续下去。TB是指主要死因在全世界艾滋病毒感染者中，大多数病例发生在发展中国家。此外，感染艾滋病毒会使结核病更难诊断，用于治疗这两种感染的药物可能会产生负面影响。除了努力解决结核病的负担之外，NIAID还支持在艾滋病毒感染背景下改进结核病预防、诊断和治疗的研究。
为此，2018年，NIAID支持的研究人员发现，预防活动性结核病的一个月抗生素疗法至少与艾滋病毒感染者的标准九个月疗法一样安全有效。这项名为ACTG 5279的第三阶段研究招募了全球3000名艾滋病毒感染者，并随机分配了一个为期一个月或九个月的抗结核药物异烟肼标准疗程。两种方案均安全有效，但服用一个月方案的志愿者更有可能坚持服用处方药物。
NIAID还支持对晚期HIV病例中可能发生的机会性感染的研究。当免疫系统受到不受控制的艾滋病毒、真菌和免疫系统通常会清除的其他病原体的破坏时，可能会导致严重感染，如肺孢子虫肺炎或隐球菌病，需要立即关注。为了在这些感染发生时更好地解决这些问题，NIAID支持建立和完善诊断和治疗这些疾病的最佳实践的研究。
管理HIV的非感染性并发症
在过去的几十年里，抗逆转录病毒疗法（ART）的引入和其他治疗进展改变了艾滋病毒护理和治疗研究的方向。在20世纪80年代艾滋病毒/艾滋病疫情开始时，人们往往在被诊断为艾滋病毒或艾滋病后的几年甚至几个月内死于机会性感染。如今，如果持续使用有效的艾滋病毒药物，被诊断为艾滋病毒感染者的寿命有望接近正常。随着越来越多的艾滋病毒感染者在五六十岁及以上的年龄段取得进步，医学界不断了解艾滋病毒感染者的心血管疾病、II型糖尿病、记忆问题、癌症和其他与衰老相关的疾病的差异。
研究人员通过NIAID对艾滋病毒携带者和老年人队列的跟踪研究，如START试验、女性机构间艾滋病毒研究、和多中心艾滋病队列研究他们发现，即使ART很好地控制了艾滋病毒，免疫细胞也会持续激活，从而导致全身器官和系统的慢性炎症。由于炎症是许多与年龄相关疾病的主要驱动因素，艾滋病毒感染者随着年龄的增长尤其容易出现这些症状。此外，虽然HIV药物最终可以保护健康，而下一代疗法的副作用更少，但长期使用ART与肾脏异常、骨质疏松和其他健康问题有关。
心脏病是美国男性和女性的头号杀手，无论其HIV状况如何，它是HIV感染的一个特别令人担忧的并发症。与非HIV感染者相比，HIV感染者患心血管疾病的可能性高出50%至100%。这种风险升高的部分原因是慢性炎症，随着时间的推移，炎症会使血管硬化，增加心脏病发作和中风的几率。此外，一些较老的HIV药物有可能影响胆固醇水平的副作用，也可能导致心血管疾病。
为了解决艾滋病毒感染者预防心血管疾病的迫切需要，国家心脏、肺和血液研究所（NHLBI）和NIAID于2015年启动了预防艾滋病毒血管事件的随机试验。这项研究已经注册7500名参与者年龄在40岁至75岁之间的人在美国各地和国外进行研究，以确定每日剂量的降胆固醇他汀类药物能否降低通常不需要服用他汀类药的艾滋病毒感染者患心血管疾病的风险。研究人员还将在一项名为跟随你的心。
