吡喹酮是唯一可用于治疗血吸虫病的药物，几十年来一直用于针对全体人群的大规模管理项目。如果再次暴露，治疗并不能防止幼虫再次感染。缺乏吡喹酮的替代品令人担忧，因为寄生虫可能对该药物产生耐药性，导致血吸虫病无法得到有效治疗。
尽管吡喹酮安全且中等有效，但其分子作用机制尚未明确。NIAID支持的一个研究项目正在使用在实验室条件下发育出两个头部和一个集成神经系统的扁形虫，以梳理吡喹酮如何与扁形虫神经系统蛋白受体相互作用。获得的信息可用于开发新的和改进的治疗方法，以破坏血吸虫体内类似的蛋白质受体。
其他项目旨在发现能够抑制基本寄生虫酶的化合物。一个研究小组正在筛选10万种化合物，以确定任何能够抑制寄生虫在哺乳动物中感染所需的特定酶的化合物。将使用额外的筛选来分离出那些最有效、最特异、最安全的化合物，这些化合物可以作为新药治疗的基础。
另一项研究重点是一种称为蛋白酶体的蛋白质复合物，它被多种寄生虫使用，包括引起疟疾的寄生虫。在疟疾寄生虫的研究中，NIAID支持的研究人员设计了一种有效的选择性疟疾蛋白酶体抑制剂。他们现在正在应用这项技术合成蛋白酶体抑制剂，以对抗曼索尼S.mansoni寄生虫。
