了解流感毒株是如何出现的，知道它们在哪里出现，在哪些动物种群中出现，并预测这些毒株可能会或可能不会影响人类，对于控制和准备季节性流感流行病和潜在的流感流行病至关重要。
流感研究和监测卓越中心
2007年，NIAID创建了流感研究和监测卓越中心（CEIRS）支持美国和国际研究人员研究控制流感病毒在动物间出现和传播的因素，以及流感病毒是否只引起轻微疾病或导致人类严重疾病或死亡的免疫学决定因素。该计划的目标是为联邦和州政府提供必要的公共卫生工具和战略，以控制和减轻流行病、季节性流感和潜在流感大流行的影响。
CEIRS目前位于：
- 亚特兰大埃默里大学
- 纽约西奈山伊坎医学院
- 巴尔的摩约翰霍普金斯大学
- 田纳西州孟菲斯市圣裘德研究医院
- 纽约罗切斯特大学医学中心
CEIRS项目持续监测全球动物和人类流感病例，以快速检测和鉴定可能具有大流行潜力的病毒，如H5N1、H7N9和H3N2v禽流感毒株。例如，由CEIRS资助的研究人员监测东南亚H5N1病毒的演变，检查埃及家禽工人中H5N1感染的流行情况，并研究美国农业展览会上猪中甲型流感病毒的发病率。
通过挑战性研究了解流感感染
了解人类免疫系统对流感病毒的反应可以更好地了解人类流感感染的基本生物学，并可以为流感疫苗的开发提供重要信息。为了进一步了解这一过程，马里兰州贝塞斯达NIH临床中心的NIAID科学家进行了挑战性研究或临床试验，健康志愿者自愿接触自然发生的流感病毒。通过这些类型的研究获得的信息包括已知接触流感病毒与病毒开始脱落（传染性的标志）之间的时间间隔，流感症状的发生和持续时间，以及免疫反应的发展。这些类型的研究为更快、更具成本效益的临床试验提供了科学依据，以评估新型流感药物或确定季节性流感和大流行性流感候选疫苗的疗效。最近这些试验的数据确定了可能影响流感疫苗效力的新的意外因素。
其他由NIAID支持的研究正在研究预先存在的免疫如何影响身体对流感感染或疫苗接种的反应。一些研究关注的是与老年人相比，儿童和年轻人的这种免疫力是如何发展和变化的。科学家还正在研究先前和/或反复接触流感病毒对疫苗接种或感染的免疫反应的影响。
