NIAID支持的真菌病研究包括研究引起这些疾病的生物体的基本生物学，以开发疫苗以及诊断、治疗和预防感染的更好方法。
念珠菌病
念珠菌是可以在皮肤、粘膜和肠道中发现的酵母。这些酵母的过度生长会导致症状的发展。例如，在口腔或喉咙中发生的念珠菌病称为“鹅口疮”或口咽念珠菌病。阴道念珠菌病通常被称为“酵母菌感染”。对于有某些危险因素的人来说，这些真菌的过度生长会导致侵袭性念珠菌感染，这是一种严重的感染，会影响血液、心脏、大脑、眼睛、骨骼和身体的其他部分。念珠菌病是一种念珠菌的血液感染，是侵袭性念珠菌感染的最常见形式，经常影响住院患者。有20多种念珠菌可引起人类感染，但大多数感染是由白色念珠菌，光滑念珠菌,C.近矽肺和热带C.金念珠菌是一种新出现的真菌物种，很难识别，并且通常对多种抗真菌药物具有耐药性。
NIAID支持的研究人员正在开发基因工具来确定耐药性的原因，以了解如何念珠菌成为一种侵袭性病原体，并发现治疗感染的新药物。NIAID的支持还导致了快速检测念珠菌血症的检测方法的发展，以及预防念珠菌感染的实验疫苗的开发念珠菌感染。
隐球菌病
隐球菌真菌存在于世界各地的土壤中，通常与鸟粪有关。导致疾病的主要物种有两种：新生隐球菌和加蒂C这些真菌很少引起健康人的感染，但对免疫系统受损的人来说，如艾滋病毒/艾滋病患者，可能会非常严重。感染通常发生在有人吸入真菌时。最常见的感染部位是肺部和神经系统。在撒哈拉以南非洲，隐球菌性脑膜炎是成人脑膜炎的最常见原因，也是艾滋病毒/艾滋病患者死亡的主要原因。
NIAID支持的研究人员已经对多种隐球菌以确定它们如何瞄准大脑，以及为什么一些临床菌株会导致严重疾病，而其他菌株则不会。NIAID支持的其他研究侧重于识别可作为药物开发靶点的新真菌途径；了解免疫反应是如何解决的隐球菌感染；以及开发一种疫苗来保护面临风险的人隐球菌感染。
曲霉菌病
曲霉属是室内外常见的霉菌（一种真菌）。人们呼吸无数曲霉属每天都有孢子，不会生病。然而，免疫力减弱或患有肺部疾病的人有可能因以下原因而出现健康问题曲霉属曲菌病有多种类型，从轻微到严重不等。例如，曲霉属可引起肺部炎症（过敏性支气管肺曲霉病）或鼻窦炎症（过敏曲霉属鼻窦炎）不会引起感染。侵袭性曲菌病是一种罕见的严重肺部或其他身体系统感染，是免疫缺陷患者死亡的主要原因。
NIAID支持的研究人员正在确定导致人类感染的真菌途径，并确定免疫系统如何应对和清除曲霉属感染。耐药性是一个新的关注点曲霉属NIAID正在支持研究，以确定耐药性增加的原因，并确定治疗曲菌病的新抗真菌疗法。曲霉病很难诊断；因此，NIAID正在支持通过基于呼吸的诊断快速检测肺部感染的研究。
球虫病（谷热）
球虫病，也称为谷热，是由真菌引起的感染球虫感染和C.posadasii公司这些土壤膨胀真菌在美国西南部（主要是亚利桑那州、加利福尼亚州、内华达州、新墨西哥州、德克萨斯州和犹他州）、墨西哥、中美洲和南美洲的干旱、类似沙漠的条件下被发现。这些真菌最近在华盛顿中南部被发现。感染通常通过呼吸发生球虫与大多数严重的真菌病不同，孢子进入肺部，健康人有感染的风险球虫感染。在美国，感染率最高的是加利福尼亚州和亚利桑那州。2016年，这些州报告了超过11000例山谷热病例。据估计，谷热导致15%至30%的社区获得性肺炎。然而，由于检测率低，谷热可能报告不足。谷热可以是一种自限性、轻度、类似流感的疾病，也可以是需要终身治疗的严重播散性感染。
NIAID支持的研究人员正在使用基因组学来理解为什么一些球虫比其他菌株更具传染性，以及为什么一些人更容易感染最严重的疾病，即播散性球虫病。NIAID还支持快速诊断技术的发展，以识别感染者，治疗疾病的新疗法，以及预防谷热的几种疫苗方法。
尽管自20世纪60年代以来一直在努力，但目前还没有预防谷热的疫苗。由于谷热感染通常能提供保护性免疫力，防止再次感染，因此安全有效的疫苗通常有望提供持久的免疫力。针对球虫感染的疫苗可能有助于美国和其他国家受感染地区居民的公共健康。为了更广泛地防止球虫感染NIAID谷热疫苗研发战略计划反映了国家过敏症和传染病研究所认为开发谷热疫苗所必需的基准。
组织胞浆体病
组织胞浆菌病是由真菌引起的荚膜组织浆体这种真菌存在于含有大量鸟粪或蝙蝠粪便的土壤中。组织胞浆菌在世界各地都可以找到，但在美国，它主要分布在中部和东部各州，尤其是俄亥俄州和密西西比河流域。人们在吸入微小真菌孢子后会感染，尤其是在干扰受污染土壤的活动中。在健康人中，这种疾病通常是自限性的，其特征是轻微的流感样症状。在免疫力减弱的人群中，组织胞浆菌病可能很严重，需要长期抗真菌治疗才能解决该病。
NIAID支持的研究人员正在确定真菌感染的必要途径，以及清除感染所需的人类免疫因子。NIAID还支持快速检测的发展组织胞浆菌感染。
芽生菌病
芽霉病是由真菌引起的感染皮炎芽霉这种真菌存在于潮湿的土壤和分解物质中，如木材和树叶。在加拿大，尤其是圣劳伦斯河附近，以及美国俄亥俄州、密西西比河河谷和五大湖周围的地区，都可以找到芽囊菌。真菌主要通过吸入真菌孢子在肺部引起感染。大多数吸入真菌孢子的人不会生病，但有些人会出现类似流感的症状。在免疫力减弱的个体中，芽霉属可导致严重感染，并可传播到肺部以外的其他身体系统，如皮肤、骨骼和中枢神经系统。
NIAID支持的研究人员正在确定这种真菌如何改变免疫系统，从而在健康人中建立感染，以及芽霉属可以帮助提高疫苗的活性。
肺孢子虫肺炎
肺孢子虫肺炎，称为PCP，是由真菌引起的耶氏肺孢子虫.真菌通过空气在人与人之间传播。PCP在健康人中极为罕见，但导致这种疾病的真菌可以在他们的肺部存活而不会引起症状。免疫力减弱的个体，如艾滋病毒/艾滋病患者、癌症患者、炎症或自身免疫性疾病患者，服用某些削弱免疫系统的药物，是需要治疗的严重PCP感染的最大风险。
NIAID支持的研究人员正在开发新的诊断和治疗PCP的方法。
