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.2023年1月6日；51（D1）：D395-D402。
doi:10.1093/nar/gkac1013。

2023年GPCRdb：使用AlphaFold2和新配体资源的状态特异性结构模型

加斯帕尔·潘迪·塞克雷斯（Gásparár Pándy-Szekeres） 1 2, 吉米·卡罗利 1, 阿利别克·马米尔别科夫 1, 阿里·A·科尔马尼 三, György M Keserü 2, 阿尔伯特·J·库瓦斯特拉 1, 大卫·E·格洛里亚姆 1
附属公司

2023年GPCRdb：使用AlphaFold2和新配体资源的状态特异性结构模型

加斯帕尔·潘迪·塞克雷斯（Gásparár Pándy-Szekeres）等人。 核酸研究. .

摘要

G蛋白偶联受体（GPCR）是生理上丰富的信号枢纽，将数百种细胞外信号物质和药物导入细胞内途径。GPCR数据库GPCRdb每月为5000多名跨学科研究人员提供参考数据、分析、可视化、实验设计和传播支持。在这里，我们介绍了我们的第五个主要GPCRdb版本，概述了受体序列、结构和配体的许多资源。这包括最近发布的D类属残数的增加、用于识别功能决定簇的比较结构分析工具、通过3D构象聚类GPCR结构的树，以及稳定非活性/活性状态的突变。我们提供了使用AlphaFold2-MultiState构建的所有人类非嗅觉GPCR的新的状态特异性结构模型。我们还提供了一种新的内源性配体资源，以及大量具有生物活性、供应商和物理化学描述符数据的替代配体。一站式配体资源整合了来自ChEMBL、药理学指南、PDSP Ki和PubChem数据库的配体/数据。GPCRdb位于https://gpcrdb.org。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
GPCRdb 2023版本中的GPCR数据、分析资源和数据驱动实验工具。每个菜单项左侧的数字是出版物参考，包含更多信息（包括30–32）。
图2。
图2。
药物/配体数据、分析、数据驱动实验工具以及GPCRdb 2023版本中的数据沉积。每个菜单项左侧的数字是出版物参考，包含更多信息。
图3。
图3。
组胺H的结构模型2和5-羟色胺5A级用AlphaFold-Multistate构建的活性和非活性受体。
图4。
图4。
配体信息页面。GPCRdb的配体小节已扩展到ChEMBL（16）、药理学指南（15）或PDSP K中的211 320配体和466 278结合亲和力或效价值我数据库(https://pdsp.unc.edu/databases/kidb.php). 新的配体信息页面显示配体结构、名称、化学性质、分子类型、药物状态、内源性/替代状态以及数据库链接。如有可能，还显示了GPCR-ligand晶体/低温-EM结构复合物和影响配体活性的突变。受体靶点的生物活性显示在浏览器底部。
图5。
图5。
内源性配体资源可以浏览多种配体和受体。四个部分介绍了（i）受体（名称和分类），（ii）内源性配体（名称与详细配体信息链接，配体类型（小分子、肽、蛋白质），主要、次要或非类别的分类，以及效力等级），（iii）生物活性（pEC50和pK我研究中的最小值、平均值和最大值）和（iv）参考（出版链接）。所有内源性配体及其一级/二级分类均来自《药理学指南》数据库（15）。
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