The reactome pathway knowledgebase 2022

doi:10.1093/nar/gkab1028

.2022年1月7日；50（D1）：D687-D692。

doi:10.1093/nar/gkab1028。

反应途径知识库2022

马克·吉莱斯皮^1 2, 比杰·贾萨尔¹, 拉尔夫·斯蒂芬¹, 玛丽亚·米拉西奇¹, 凯伦·罗斯费尔斯¹, 安德烈亚·森夫·里贝罗^1 三, 约翰内斯·格里斯^4 5, 克里斯托弗·塞维利亚⁴, 丽莎·马修斯⁶, 楚桥宫⁴, 川登^7 8, Thawfeek Varusai公司^4 9, 艾略特·拉格诺⁴, 尤斯拉·海德尔⁴, 布鲁斯·梅¹, 维罗妮卡·沙莫夫斯基⁶, 乔尔·韦瑟¹, 蒂莫西·布伦森¹⁰, 纳西姆·萨纳蒂¹⁰, 利亚姆·贝克曼¹⁰, 项绍¹⁰, 安东尼奥·法布雷特⁴, 康斯坦蒂诺斯·西迪罗普洛斯⁴, 朱丽叶·穆里略¹¹, Guilherme Viteri公司⁴, 贾斯丁·库克¹, 所罗门·肖瑟¹, 加里·贝德¹², 埃米克·德米尔¹⁰, 克里斯·桑德¹³, 罗宾·霍¹, 吴冠明¹⁰, 林肯·斯坦^1 14, 亨宁·赫姆贾科布^4 7, 彼得·德尤斯塔奇⁶

附属公司

¹加拿大安大略省多伦多市安大略癌症研究所，邮编M5G0A3。
²美国纽约州皇后区圣约翰大学药学与健康科学学院11439。
^三巴西库里蒂巴巴拉那联邦大学，80060-000。
⁴欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI），Wellcome Genome Campus，Hinxton，Cambridgeshire，CB10 1SD，UK。
⁵奥地利维也纳1090号，维也纳医科大学皮肤科。
⁶纽约大学格罗斯曼医学院，纽约，NY10016，美国。
⁷北京国家蛋白质科学中心，北京生命医学研究所，北京102206，中国。
⁸重庆邮电大学生物智能大数据重点实验室，重庆400065，中国。
⁹英国剑桥郡欣克斯顿Wellcome Genome校区Open Targets，CB10 1SD。
¹⁰俄勒冈健康与科学大学，波特兰，俄勒冈州97239，美国。
¹¹哥伦比亚卡利18#122-135国际企业研究中心（Centro Internacional de Entrenamiento e Investigaciones Médicas）。
¹²多伦多大学唐纳利中心，多伦多，ON M5S 3E1，加拿大。
¹³美国马萨诸塞州波士顿达纳-法伯癌症研究所cBio中心。
¹⁴多伦多大学分子遗传学系，多伦多，ON M5S 1A1，加拿大。

PMID： 34788843
预防性维修识别码：总经理8689983
内政部： 10.1093/nar/gkab1028

反应途径知识库2022

马克·吉莱斯皮等人。核酸研究. 2022.

.2022年1月7日；50（D1）：D687-D692。

doi:10.1093/nar/gkab1028。

作者

马克·吉莱斯皮^1 2, 比杰·贾萨尔¹, 拉尔夫·斯蒂芬¹, 玛丽亚·米拉西奇¹, 凯伦·罗斯费尔斯¹, 安德烈亚·森夫·里贝罗^1 三, 约翰内斯·格里斯^4 5, 克里斯托弗·塞维利亚⁴, 丽莎·马修斯⁶, 楚桥宫⁴, 邓川^7 8, Thawfeek Varusai公司^4 9, 艾略特·拉格诺⁴, 尤斯拉·海德尔⁴, 布鲁斯·梅¹, 维罗妮卡·沙莫夫斯基⁶, 乔尔·韦瑟¹, 蒂莫西·布伦森¹⁰, 纳西姆·萨纳蒂¹⁰, 利亚姆·贝克曼¹⁰, 项绍¹⁰, 安东尼奥·法布雷特⁴, 康斯坦蒂诺斯·西迪罗普洛斯⁴, 朱丽叶·穆里略¹¹, 吉尔赫梅·维特里⁴, 贾斯丁·库克¹, 所罗门·肖瑟¹, 加里·贝德¹², 埃梅克·德米尔¹⁰, 克里斯·桑德¹³, 罗宾·霍¹, 吴冠明¹⁰, 林肯·斯坦^1 14, 亨宁·赫姆贾科布^4 7, 彼得·德尤斯塔奇⁶

附属公司

¹加拿大安大略省多伦多市安大略癌症研究所，邮编M5G0A3。
²美国纽约州皇后区圣约翰大学药学与健康科学学院11439。
^三巴西库里蒂巴巴拉那联邦大学，80060-000。
⁴欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）欧洲分子生物学实验室，英国剑桥郡欣克斯顿威康基因组校区，CB10 1SD。
⁵奥地利维也纳1090，维也纳医科大学皮肤科。
⁶纽约大学格罗斯曼医学院，纽约，NY10016，美国。
⁷北京国家蛋白质科学中心，北京生命医学研究所，北京102206，中国。
⁸重庆邮电大学生物智能大数据重点实验室，重庆400065，中国。
⁹英国剑桥郡欣克斯顿Wellcome Genome校区Open Targets，CB10 1SD。
¹⁰俄勒冈健康与科学大学，波特兰，俄勒冈州97239，美国。
¹¹哥伦比亚卡利18#122-135国际企业研究中心（Centro Internacional de Entrenamiento e Investigaciones Médicas）。
¹²多伦多大学唐纳利中心，多伦多，ON M5S 3E1，加拿大。
¹³美国马萨诸塞州波士顿达纳-法伯癌症研究所cBio中心。
¹⁴多伦多大学分子遗传学系，多伦多，ON M5S 1A1，加拿大。

PMID： 34788843
预防性维修识别码：项目管理委员会8689983
内政部： 10.1093/nar/gkab1028

摘要

Reactome知识库(https://reactome.org)是一种长生不老药的核心资源，它提供了人类广泛的生理和病理生物过程中手动管理的分子细节，包括遗传和后天疾病过程。这些过程被注释为单个一致数据模型中的有序分子变换网络。因此，Reactome既可以作为手动管理的人类生物过程的数字档案，也可以作为发现数据中功能关系的工具，例如肿瘤细胞的基因表达谱或体细胞突变目录。最近的管理工作扩大了我们对正常和疾病相关信号传递过程以及针对它们的药物的解释，特别是SARS-CoV-1和SARS-CoV-2冠状病毒引起的感染以及宿主对感染的反应。新工具支持更好地同时分析来自多个来源的高通量数据，并支持在Reactome的手动策划途径的背景下放置来自分析数据集的研究不足（“标记”）蛋白质。

©作者2021。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
可能针对SARS-CoV-2的药物。(A类)途径“SARS的潜在治疗”（R-HSA-9679191，https://reactome.org/content/detail/R-HSA-9679191)是药物结合反应的系统目录；地塞米松和其他NR3C1（糖皮质激素受体）激动剂与包括NR3C1蛋白（R-HSA-9678925，https://reactome.org/content/detail/R-HSA-9678925)，红色轮廓在中放大(B类)，其中还显示了Reactome中注释的小分子NR3C1激动剂的完整列表。这种结合对HSP90伴侣复合物（R-HSA-9690534，https://reactome.org/content/detail/R-HSA-9690534)如所示(C类).

**图2。**
使用ReactomeGSA对三种化合物在特应性皮炎中的生物效应进行比较分析。分别将IL17抑制剂Secukinumab（GSE137430，转录组学）（17）、IL23/IL12抑制剂Ustekinumab（GSE140684，微阵列）（18）和JAK/SYK抑制剂（GSE133385，微阵列，19）的疗效与安慰剂进行比较。(A类)相关分析表明，药物之间没有共同的生物效应（例如Secukinumab与Ustekinumab）。(B类)正如预期的那样，只有JAK/SYK抑制剂导致炎症途径的显著下调，这与仅这类受试药物在特应性皮炎中的疗效（和FDA批准）一致。(C类)纵向研究不同时间点的比较。JAK/SYK抑制剂效应的时间序列分析显示，MHC信号的早期下调，其次是T细胞相关炎症的广泛下调。

**图3。**
IDG门户整合了新功能，帮助用户在反应体通路的背景下可视化未研究（“暗”）蛋白质的潜在功能。屏幕截图显示了一些这些特征，包括每个显示的蛋白质作为药物靶点的知识水平（即Tclin，已知作用机制的药物靶点，Tchem，药物靶点（无机制），Tbio，未知靶点的特征良好的蛋白质，Tdark，特征不佳的蛋白质，未知会被任何药物靶向，http://juniper.health.unm.edu/tcrd/覆盖来自不同资源（例如BioGrid、BioPlex和StringDB）的成对关系，以及新的网络视图。

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1. Kanehisa M.、Furumichi M.、Sato Y.、Ishiguro-Watanabe M.、Tanabe M.、KEGG：整合病毒和细胞生物。核酸研究2021；49：D545–D551。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Caspi R.、Billington R.、Keseler I.M.、Kothari A.、Krummenacker M.、Midford P.E.、Ong W.K.、Paley S.、Subhraveti P.、Karp P.D.代谢途径和酶的MetaCyc数据库-2019年更新。核酸研究2020；48:D445–D453。-项目管理咨询公司-公共医学
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