TreeGrafter: phylogenetic tree-based annotation of proteins with Gene Ontology terms and other annotations

doi:10.1093/bioinformatics/bty625

.2019年2月1日；35(3):518-520.

doi:10.1093/bioinformatics/bty625。

TreeGrafter：基于进化树的蛋白质注释，带有基因本体术语和其他注释

唐海明¹, 罗伯特·D·芬恩², 保罗·D·托马斯¹

附属公司

¹美国加利福尼亚州洛杉矶市南加州大学预防医学系生物信息学系。
²欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）欧洲分子生物学实验室，英国剑桥Hinxton Wellcome Trust基因组校区。

PMID： 30032202
预防性维修识别码： PMC6361231型
内政部： 10.1093/生物信息学/bty625

TreeGrafter：基于进化树的蛋白质注释，带有基因本体术语和其他注释

唐海明等。生物信息学. 2019.

.2019年2月1日；35(3):518-520.

doi:10.1093/bioinformatics/bty625。

作者

唐海明¹, 罗伯特·芬恩², 保罗·D·托马斯¹

附属公司

¹美国加利福尼亚州洛杉矶市南加州大学预防医学系生物信息学系。
²欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）欧洲分子生物学实验室，英国剑桥Hinxton Wellcome Trust基因组校区。

PMID： 30032202
预防性维修识别码： PMC6361231型
内政部： 10.1093/生物信息学/bty625

摘要

总结：TreeGrafter是一种新的软件工具，用于使用预先注释的系统发育树注释蛋白质序列。目前，该工具为基因本体（GO）术语以及PANTHER家族和子家族提供注释。该方法可推广到参考系统发育树内部节点的任何注释。TreeGrafter获取每个输入查询蛋白序列，在预先计算、预先注释的基因树库中找到最佳匹配的同源家族，然后将其移植到树中的最佳位置。然后，它通过从引用树中的祖先节点传播注释来注释序列。我们表明，TreeGrafter在正确分配子家族成员方面优于子家族HMM评分，并且它基于注释的参考系统发育树生成高度特定的GO术语注释。此方法将进一步集成到InterProScan中，从而实现更广泛的用户社区。

可用性和实施：TreeGrafter可在网站上免费获得，网址为https://github.com/pantherdb/TreeGrafter网站，包括Docker图像。

补充信息：补充数据可在生物信息学网站上获得。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
TreeGrafter根据每个序列嫁接到带注释的参考树的位置对其进行注释。给定带有预先注释的祖先基因节点的同一棵树（左面板），每个查询序列都被嫁接到树上。对于查询1（顶部，蓝色开圆圈）的移植位置，有两个带注释的祖先节点，查询1从中继承注释，而对于查询2（底部，蓝色开圆），只有一个带注释祖先节点，并且只有来自这一节点的注释被查询2继承

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