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.2016年7月;173(14):2195-207.
doi:10.1111/bph.13509。 Epub 2016年6月3日。

GPCRdb:G蛋白偶联受体数据库-简介

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GPCRdb:G蛋白偶联受体数据库简介

C蒙克等。 杂志. 2016年7月.

摘要

GPCR是人类膜蛋白和药物靶点的最大家族。GPCR药理学和结晶学的最新进展为信号转导、变构调制和偏置信号提供了新的思路,转化为药物设计的新机制和原则。GPCR数据库GPCRdb已经为社区服务了20多年,最近已经扩展到包括更多多学科的受众。本综述旨在向新用户介绍GPCRdb中的服务,它满足三个总体目的:首先,以集成、注释和结构化的方式提供参考数据,重点关注序列、结构、单点突变和配体相互作用。其次,为社区提供一套网络工具,用于快速分析结构、序列相似性、受体关系和配体-靶点配置文件。第三,通过例如受体残基拓扑、系统发育关系和晶体结构统计的交互图促进传播。这里,这些服务是第一次描述;为游客和导游提供了良好的使用方法。最后,我们描述了GPCRdb和具有相应功能的web服务器交叉引用的互补数据库。

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数字

图1
图1
(A) Snake和(B)螺旋盒图分别从侧面和上方描绘了受体拓扑结构。(C) 残留物表列出了受体亚型残留物的并列比较,这些受体亚型的残留物按其常见的通用残留物编号排列。图A分别涵盖了整体序列和B–C 7TM序列;前两个是共识代表,后一个是代谢型谷氨酸1(mGlu1)GPCRdb中的受体物种直系物。如标签所述,颜色方案显示了突变对配体结合的折叠效应。同样的残基图和表也可用于强调晶体结构络合物和残基物理化学性质中的配体相互作用。
图2
图2
结构统计页面上的条形图显示了PDB中每年唯一或总结晶GPCR的数量,颜色表示其内源性配体的类型,如胺、脂和肽受体。
图3
图3
结构统计页面中的树用红色圆圈表示结晶受体。该树可以从其中心在类别、(内源性)配体类型、受体家族和受体水平上导航。受体家族按照国际药理学联合会命名委员会(Southan等。,2016年),而使用基因名称是为了适应所有受体。
图4
图4
代表性跨膜螺旋2的基于结构的序列比对(每个受体家族中的第一个)结晶出A类GPCR,随后是一致序列,以及关于残基和属性保护的统计。值得注意的是,GPCRdb数字是基于结构的,并考虑了2.56x551位置的凸起。这避免了基于序列(此处为Ballesteros和Weinstein)的间隙受体与非间隙受体数量的偏移,并与两个高度保守的侧翼Asp(D)和Pro(P)残基一致。
图5
图5
用户可以从PDB中选择任何GPCR–配体结构复合物,或上传包含对接配体的受体模型,以在(a)交互式3D和(B)示意2D图中可视化分子相互作用。
图6
图6
组胺H基于GPCR-配体络合物晶体结构推断的配体片段构建的受体药效团。配体片段可以在GPCRdb中自动匹配和叠加。药效团成分:橙色、芳香;绿色,疏水;蓝色,阳离子;和淡蓝色,氢键供体,在这里被指定为Phase(Dixon等。,2006年)。

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引用人

工具书类

    1. Alexander SPH、Davenport AP、Kelly E、Marrion N、Peters JA、Benson HE等人(2015)。药理学简明指南2015/16:G蛋白偶联受体。英国药理学杂志172:5744–5869。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Attwood TK,Agit B,Ellis LBM(2015)。生物数据库的寿命。EMBnet.期刊21:e803。
    1. Babbitt PC、Bagos PG、Bairoch A、Bateman A、Chatonnet A、Chen MJ等人(2015)。创建专业蛋白质资源网络:蛋白质生物信息学和社区资源务虚会的会议报告。数据库2015.bav063-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Ballesteros JA,Weinstein H(1995)。构建三维模型和计算探测G蛋白偶联受体结构-功能关系的综合方法。方法神经科学25:366-428。
    1. Beukers MW、Kristiansen K、Ijzerman AP、Edvardsen O(1999)。TinyGRAP数据库:挖掘G蛋白偶联受体突变数据的生物信息学工具。《药物科学趋势》20:475–477。-公共医学

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