doi:10.1093/nar/gkv738。
Epub 2015年7月15日。
用4mC-Tet辅助亚硫酸氢钠测序法对基因组DNA中N4-甲基胞嘧啶进行碱基再溶检测
附属公司
附属公司
- 1美国伊利诺伊州芝加哥大学霍华德·休斯医学院化学系和生物物理动力学研究所，邮编：60637。
- 2佐治亚大学生物信息研究所，雅典，佐治亚州30602，美国。
- 三乔治亚大学遗传学系，雅典，佐治亚州30602，美国。
- 4美国佐治亚大学遗传系，雅典，佐治亚州30602。美国能源部生物能源科学中心，美国田纳西州橡树岭国家实验室橡树岭37831。
- 5美国伊利诺伊州芝加哥大学霍华德·休斯医学院化学系和生物物理动力学研究所，邮编：60637chuanhe@uchicago.edu。
- 6美国佐治亚大学遗传系，雅典，GA 30602schmitz@uga.edu。
剪贴板中的项目
用4mC-Tet辅助亚硫酸氢钠测序法对基因组DNA中N4-甲基胞嘧啶进行碱基再溶检测
苗宇等。
核酸研究.
.
doi:10.1093/nar/gkv738。
Epub 2015年7月15日。
附属公司
- 1美国伊利诺伊州芝加哥大学霍华德·休斯医学院化学系和生物物理动力学研究所，邮编：60637。
- 2佐治亚大学生物信息研究所，雅典，佐治亚州30602，美国。
- 三乔治亚大学遗传学系，美国乔治亚州雅典30602。
- 4美国佐治亚大学遗传系，雅典，佐治亚州30602。美国能源部生物能源科学中心，美国田纳西州橡树岭国家实验室橡树岭37831。
- 5美国伊利诺伊州芝加哥大学霍华德·休斯医学院化学系和生物物理动力学研究所，邮编：60637chuanhe@uchicago.edu。
- 6美国佐治亚大学遗传系，雅典，GA 30602schmitz@uga.edu。
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摘要
限制性修饰（R-M）系统是细菌DNA转化和基因工程的主要障碍。系统地鉴定R-M系统中的DNA甲基化，包括N（6）-甲基腺嘌呤（6mA）、5-甲基胞嘧啶（5mC）和N（4）-甲基胞嘧啶。尽管单分子实时（SMRT）测序技术能够直接检测任何细菌物种的4mC，而不管组装的基因组是否存在，但与常用的下一代测序技术相比，它在分析成百上千个样本方面的可扩展性较差。在这里，我们提出了4mC-Tet-assisted bissublite-sequencing（4mC-TAB-seq），这是一种新一代测序方法，能够快速、经济高效地揭示细菌物种4mC的全基因组位置，以及可用的组装参考基因组。在4mC-TAB-seq中，胞嘧啶和5mC都被读出为胸腺嘧啶，而只有4mC被读出为胞嘧啶，显示了它们在整个基因组中的特定位置。我们应用4mC-TAB-seq研究嗜热菌属Caldicellulosiruptor的一个成员的甲基化，其中4mC-相关限制是其他物种DNA转化的主要障碍。结合MethylC-seq，鉴定出含有4mC-和5mC-的基序，这有助于在未来对这些细菌进行快速有效的基因工程。
©牛津大学出版社代表核酸研究2015出版。本作品由（a）美国政府雇员撰写，在美国属于公共领域。
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