The extracellular matrix: Tools and insights for the "omics" era

doi:10.1016/j.matbio.2015.06.003

审查

.2016年1月：49:10-24。

doi:10.1016/j.matbio.2015.06.003。 Epub 2015年7月8日。

细胞外基质：“组学”时代的工具和见解

亚历山德拉·纳巴¹, 卡尔·R·克劳瑟², 丁慧明^三, 查尔斯·惠塔克^三, 史蒂文·卡尔², 理查德·奥海恩斯⁴

附属机构

¹David H.Koch癌症综合研究所，麻省理工学院，剑桥，MA 02139，美国。电子地址：anaba@mit.edu。
²蛋白质组学平台，麻省理工学院和哈佛大学博大学院，剑桥，马萨诸塞州02142，美国。
^三马萨诸塞州理工学院大卫·H·科赫综合癌症研究所，Barbara K.Ostrom生物信息学和计算设施，位于美国马萨诸塞州立大学剑桥斯旺森生物技术中心，邮编02139。
⁴大卫·科赫癌症综合研究所，麻省理工学院，剑桥，马萨诸塞州02139，美国；美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院霍华德·休斯医学院，邮编02139。电子地址：rohynes@mit.edu。

PMID： 26163349
预防性维修识别码： PMC5013529
内政部： 2016年10月10日/j.matbio.2015.06.003

审查

细胞外基质：“组学”时代的工具和见解

亚历山德拉·纳巴等。基质生物. 2016年1月.

.2016年1月：49:10-24。

doi:10.1016/j.matbio.2015.06.003。 Epub 2015年7月8日。

作者

亚历山德拉·纳巴¹, 卡尔·R·克劳瑟², 丁慧明^三, 查尔斯·惠塔克^三, 史蒂文·A·卡尔², 理查德·奥海恩斯⁴

附属机构

¹David H.Koch癌症综合研究所，麻省理工学院，剑桥，MA 02139，美国。电子地址：anaba@mit.edu。
²蛋白质组学平台，麻省理工学院和哈佛大学博大学院，剑桥，马萨诸塞州02142，美国。
^三马萨诸塞州理工学院大卫·H·科赫综合癌症研究所，Barbara K.Ostrom生物信息学和计算设施，位于美国马萨诸塞州立大学剑桥斯旺森生物技术中心，邮编02139。
⁴大卫·科赫癌症综合研究所，麻省理工学院，剑桥，马萨诸塞州02139，美国；Howard Hughes医学院，麻省理工学院，剑桥，MA 02139，美国。电子地址：rohynes@mit.edu。

PMID： 26163349
预防性维修识别码： PMC5013529
内政部： 2016年10月10日/j.matbio.2015.06.003

摘要

细胞外基质（ECM）是多细胞生物的基本组成部分，它提供了协调细胞和组织组织和功能的机械和化学线索。ECM成分的降解、过度生产或改变导致或伴随多种病理。因此，更好地描述ECM的组成、代谢和生物学特性可以导致识别新的预后和诊断标记物以及治疗机会。过去几年中高通量（“组学”）方法的发展大大加快了生命科学的发现速度。在这篇综述中，我们描述了新的生物信息学工具和ECM研究的实验策略，并说明了如何利用这些工具和方法为我们理解ECM生物学提供新的见解。我们还介绍了一个网络平台“矩阵体项目”和数据库MatrisomeDB，该数据库编译关于矩阵体的电子和体内数据，定义为编码ECM和ECM相关蛋白的基因集合。最后，我们通过汇编14种不同组织和肿瘤类型的ECM组成的蛋白质组学数据，提出了ECM图谱的初稿。

关键词：生物信息学；ECM图谱；细胞外基质；婚姻；MatrisomeDB；蛋白质组学。

PubMed免责声明

数字

**图1。定义基质体**
**答：。**母体范畴的定义。核心基质由ECM糖蛋白、胶原蛋白和蛋白多糖组成。基质相关蛋白包括ECM相关蛋白、ECM调节因子和分泌因子[16，17]。B。饼图表示编码核心基质和基质相关蛋白的人类基因数量。“Hs”表示人类基因组中的基因，“Mm”表示小鼠基因组中的基因组。

**图2。55种组织和细胞蛋白质组中胶原链的表达**
蛋白质组学数据库（2015年4月发布）使用44个人类胶原蛋白基因进行了查询。在全球蛋白质组学数据可用的55种组织或细胞类型中，至少有一种报告了44条人类胶原蛋白链中39条的表达。未检测到的五条胶原链为：COL9A3、COL23A、COL24A1、COL25A1、COL27A1。

**图3。实验覆盖范围*生物信息学*母体的**
条形图表示每个基质类的ECM基因在一个（较亮的条形）或多个（较暗的条形）组织中检测到的百分比表示和数量。

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1. Huttenlocher A，Horwitz AR。细胞迁移中的整合素。冷泉Harb透视生物学。2011;3:a005074。doi:10.1101/cshperspect.a005074。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
1. Charras G，Sahai E.细胞外环境对细胞迁移的物理影响。Nat Rev Mol细胞生物学。2014年doi:10.1038/nrm3897。-内政部-公共医学
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[4] Hynes RO.细胞外基质：不仅仅是漂亮的纤维。科学。2009;326:1216–9. doi:10.1126/science.1176009。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Huttenlocher A，Horwitz AR。细胞迁移中的整合素。冷泉Harb透视生物学。2011;3:a005074。doi:10.1101/cshperspect.a005074。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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[7] Charras G，Sahai E.细胞外环境对细胞迁移的物理影响。Nat Rev Mol细胞生物学。2014年doi:10.1038/nrm3897。-内政部-公共医学

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[9] 细胞外基质：细胞形态、功能和组织发育的固态调节物。综合生理学。2011:541–556.-公共医学

[10] 细胞外基质：细胞形态、功能和组织发育的固态调节物。综合生理学。2011:541–556.-公共医学

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