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.2014年7月21日;15(11):1627-37.
doi:10.1002/cbic.201402067。 Epub 2014年6月20日。

配体结合囊的远端序列元件调节合成核糖开关的效率

附属公司

配体结合囊的远端序列元件调节合成核糖开关的效率

朱莉娅·魏甘德等。 化学生物化学. .

摘要

合成核糖开关可以作为合成生物学中复杂的基因控制装置,通过直接的RNA-配体相互作用调节基因表达。我们分析了一种合成的新霉素核糖开关,它折叠成一个干环结构,内部环对配体结合和调节很重要。它由包含U形圈和环状腺嘌呤的末端六环封闭。我们通过饱和突变、ITC和NMR研究了末端环中序列、结构和生物活性之间的关系。对应于典型U型折叠的突变保持了生物活性。U型转弯中堆叠相互作用的改善导致RNA元素的调节活性略有增强。对于U型转基序和环出基序的第一个位置,观察到了无法根据适配体-配体复合物的结构初步解释的序列-活性关系。然而,对这些突变体的核磁共振研究揭示了适配体在游离或结合状态下的结构和动力学与生物活性之间的微妙关系。

关键词:核磁共振波谱;RNA结构;适配体;基因表达;核糖开关;合成生物学。

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