CTCF regulates the human p53 gene through direct interaction with its natural antisense transcript, Wrap53

doi:10.1101/gad.236869.113

.2014年4月1日；28(7):723-34.

doi:10.1101/gad.236869.113。

CTCF通过与天然反义转录物Wrap53直接相互作用调节人类p53基因

里卡多·萨尔达纳·梅耶¹, 埃德加·冈萨雷斯-布恩迪亚, 乔治娜·格雷罗, 瓦伦·纳伦德拉, 罗伯托·博纳西奥, 费利克斯·雷西利亚斯·塔尔加, 丹尼·雷因伯格

附属公司

PMID： 24696455
预防性维修识别码：项目经理4015496
内政部： 10.1101/gad.236869.113

CTCF通过与天然反义转录物Wrap53直接相互作用调节人类p53基因

里卡多·萨尔达纳·梅耶等。基因开发. 2014.

.2014年4月1日；28(7):723-34.

doi:10.1101/gad.236869.113。

作者

附属

¹墨西哥国立自治大学遗传分子系Celular鱼类研究所，墨西哥市，墨西哥04510；

PMID： 24696455
预防性维修识别码：项目经理4015496
内政部： 10.1101/gad.236869.113

摘要

多功能CCCTC-结合因子（CTCF）蛋白具有广泛的功能，包括绝缘体和高阶染色质组织者。我们发现，CTCF包含一个以前未被识别的区域，该区域对于结合RNA（RNA-binding region[RBR]）是必要的，并且与其DNA-binding-domain不同。细胞CTCF的耗竭不仅导致p53 mRNA水平的下降，正如预期的那样，还导致Wrap53 RNA水平的降低，Wrap53是一种来源于p53位点的反义转录物。PAR-CLIP-seq（光活化核糖核苷增强交联和免疫沉淀[PAR-CLIP]结合深度测序）分析表明，CTCF结合基因组范围内的多种转录物以及Wrap53 RNA。除了其在p53启动子中的既定作用外，CTCF通过与Wrap53 RNA的物理相互作用调节p53的表达。RBR中含有CTCF突变的细胞对DNA损伤表现出缺陷的p53反应。此外，RBR以RNA依赖的方式促进CTCF的多聚化，这可能直接关系到其在体内建立高阶染色质结构的作用。

关键词：CTCF；RNA结合；包裹53；多重聚合；第53页。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
CTCF用于调节*p53/包裹53*轨迹。(A类)基因组组织*p53/包裹53*轨迹。(B类)在U2OS细胞中shRNA-介导CTCF敲除或使用空载体（对照）进行免疫印迹。β-肌动蛋白作为负荷控制。(C类)如图所示，RNA在敲除后通过RT-qPCR定量，并归一化为GAPDH水平，以下调百分比表示。条形图表示三次生物复制的平均值+SEM(D类)如中所示B类，但通过siRNA-介导的Wrap53或siControl击倒。

**图2。**
CTCF在体内结合多种RNA，包括Wrap53。(A类)CLIP零件(顶部)CTCF的免疫印迹(底部)在具有（+）或不具有（−）4-SU掺入的U2OS细胞中。用CTCF抗体或IgG免疫沉淀整个核裂解物。(B类)CLIP零件(顶部)和免疫印迹(底部)对于使用相同膜的CTCF、DDX5或SA1。使用CTCF抗体在稳定转染对照shRNA（Ctrl）或抗CTCF shRNA（Kd）的细胞的全核提取物中进行免疫沉淀。(C类)基因组浏览器视图，显示在对基因进行深度测序后恢复的PAR-CLIP标记*p53/包裹53*轨迹。还显示了来自ENCODE的CTCF ChIP-seq（染色质免疫沉淀[ChIP]结合深度测序）信号。(D类)PAR-CLIP标记归一化与qPCR获得的平均相对富集的图形表示。(E类)显示PAR-CLIP标记全基因组分布的饼图。

**图3。**
CTCF RBR的识别和表征(A类,C类)GST-tagged CTCF的示意图表示，FL或缺失突变版本，分析如所示B类和D类分别是。(B类,D类)RNA-结合分析显示用SYBR Gold染色的回收RNA(顶部面板）和用SYPRO红染色的回收蛋白(底部面板）。在D类星号表示降解的蛋白质。(E类)使用GST-CTCF的EMSA_520–727以及一个跨越Wrap53 mRNA的1–167核苷酸的放射性5′探针，与越来越多的未标记DNA或RNA孵育，如图所示。(F类)如中所示B类和D类但使用GST-CTCF_520–727或GST-CTCF（520-727）_Δ576–614.（PD）下拉；（FT）流量。

**图4。**
CTCF中RBR的缺失会干扰DNA损伤反应。含有HA-CTCF的细胞株_重量或HA-CTCF_Δ576–614如图所示，用强力霉素诱导56小时，然后再用强力霉素加或不加DNA损伤药物MMS治疗16小时。(A类)所示转录物的RT-qPCR显示为折叠诱导并归一化为GAPDH水平。条形图表示三次生物复制的平均值+SEM。（*）*P（P）*Mann-Whitney表示<0.05U型-测试。(B类)p53和Wrap53的免疫印迹，以β-肌动蛋白为负荷控制。

**图5。**
RNA促进CTCF二聚/多聚。(*A–D*)显示在顶部每个面板都是CTCF的示意图，野生型（WT）或突变型（CTCF_Δ576–614)或其RBR，野生型或突变型（RBR_Δ576–614)标记有HA或GST，如图所示。下面是使用表达HA-CTCF的U2OS细胞的核提取物进行的GST下拉实验的各自结果_重量或HA-CTCF_Δ576–614如图所示，在存在或不存在核酸酶的情况下。GST-CTCF蛋白用蓬松红染色，HA-CTCF蛋白用HA抗体检测。

**图6。**
CTCF–包裹p53 RNA形成大分子量复合物。纯化CTCF，任一FL(A类)或RBR(B类)在有或无Wrap53 RNA的情况下，在Superose 6分级柱中对结构域进行分级。

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中的注释

肿瘤抑制物：织布大师调节守护者。
麦卡锡N。麦卡锡N。 Nat Rev癌症。2014年5月；14(5):295. doi:10.1038/nrc3733。Epub 2014年4月17日。 Nat Rev癌症。2014 PMID：24739585 没有可用的摘要。

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1. De La Rosa-Velázquez De IA、Rincón-Arano H、Benítez-Bribiesca L、Recillas-Targa F 2007。CTCF对人视网膜母细胞瘤抑癌基因启动子的表观遗传调控。癌症研究67:2577–2585-公共医学
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[3] Brown RS 2005。锌指蛋白：掌握RNA。Curr Opin结构生物学15:94–98-公共医学

[4] Brown RS 2005。锌指蛋白：掌握RNA。Curr Opin结构生物学15:94–98-公共医学

[5] 陈浩，田毅，舒伟，波X，王S 2012。全面鉴定和注释人类基因组中细胞类型特异性和普遍存在的CTCF结合位点。公共科学图书馆·综合7:e41374。-项目管理咨询公司-公共医学

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[7] De La Rosa-Velázquez De IA、Rincón-Arano H、Benítez-Bribiesca L、Recillas-Targa F 2007。CTCF对人视网膜母细胞瘤抑癌基因启动子的表观遗传调控。癌症研究67:2577–2585-公共医学

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[9] Dignam JD，Lebovitz RM，Roeder RG 1983年。通过RNA聚合酶II在分离哺乳动物细胞核的可溶性提取物中精确启动转录。核酸研究11:1475–1489-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Dignam JD，Lebovitz RM，Roeder RG 1983年。通过RNA聚合酶II在分离哺乳动物细胞核的可溶性提取物中精确启动转录。核酸研究11:1475–1489-项目管理咨询公司-公共医学

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