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元分析
.2014年3月;46(3):234-44.
doi:10.1038/ng.2897。 Epub 2014年2月9日。

全基因组跨遗传荟萃分析提供了对2型糖尿病易感性遗传结构的见解

DIAbetes遗传复制与荟萃分析(DIAGRAM)联盟 亚洲遗传流行病学网络2型糖尿病(AGE-T2D)联盟 南亚2型糖尿病(SAT2D)联盟 墨西哥裔美国人2型糖尿病(MAT2D)联盟 多民族样本(T2D-GENES)联合体中Nex-generation测序对2型糖尿病基因的探索 阿努巴·马哈扬闵振戈张伟华詹妮弗·E Below凯尔·高尔顿特蕾莎·费雷拉Momoko Horikoshi先生安德鲁·约翰逊玛姬·C·Y·Ng英加·普罗科彭科丹麦Saleheen徐旺Eleftheria Zeggini公司Goncalo R Abecasis公司琳达·S·阿代尔彼得·阿尔姆格伦穆斯塔法·阿塔莱丁昂达米亚诺·巴尔达萨雷贝弗利·巴尔考玉钱包安东尼·巴内特伊内斯·巴罗佐巴西特拉丁语F Been约翰·贝尔比格雷姆·I·贝尔拉夫·贝内迪克森理查德·伯格曼伯恩哈德·奥博姆埃里克·波文克尔洛里·邦尼卡斯尔诺埃尔·伯特蔡秋音哈利·坎贝尔詹森·凯里斯蒂芬·考奇马克·考菲尔德朱莉安娜·C·N·陈李成昌田俊昌易成昌纪尧姆·夏彭蒂尔陈建新韩晨(Han Chen)陈元松Kee-Song Chia先生马尼卡姆·奇丹巴拉姆Peter S Chines公司Nam H Cho公司年轻的Min Cho李明创弗朗西斯·柯林斯玛丽莲·科内利斯大卫·J·库珀安德鲁·特克伦肖Rob M van Dam公司约翰·达内许德巴希·达斯乌尔夫·德费尔乔治·德杜西斯帕诺斯·德卢卡斯Antigone S Dimas公司克里斯蒂安·迪纳亚历克斯·S·多尼彼得·唐纳利Mozhgan Dorkhan公司科妮莉亚·范·迪恩何塞·杜普伊斯莎拉·埃德金斯保罗·埃里奥特瓦鲁·埃米尔森雷蒙·埃尔贝尔约翰·埃里克森豪尔赫·埃斯科贝多托努·埃斯科埃洛迪·尤里何塞·C·弗洛雷斯皮埃尔·丰塔尼拉斯尼塔·G·福鲁希汤姆·福森卡洛琳娜·福克斯罗斯·M·弗雷泽蒂莫西·梅林菲利普·弗罗格尔菲利普·弗罗萨德高玉堂卡尔·格托克里斯蒂安·吉格布鲁娜·吉甘特哈拉尔德·格雷勒乔治·B·格兰特Leif C Grrop公司克里斯托弗·J·格罗夫斯埃林·格兰伯格坎迪斯·吉杜奇安德斯·哈姆斯滕博克·吉恩(Bok-Ghee Han)原一男尼拉姆·哈萨纳利安德鲁·T·哈特斯利卡罗琳·海沃德阿萨·赫德曼克里斯蒂安·赫尔德阿尔伯特·霍夫曼Oddgeir L Holmen公司基斯·霍温Astradur B Hreidarsson公司程虎胡丙长许珍妮(Jennie Hui)史蒂夫·汉弗莱斯莎拉·亨特大卫·J·亨特克里斯蒂安·赫维姆扎法尔·海德里池谷浩(Hiroshi Ikegami)伊利希埃里克·英格尔森穆罕默德·伊斯兰Bo异构体安妮·U·杰克逊塔泽恩·贾法尔艾伦·詹姆斯贾卫平卡尔·海因茨·Jöckel安娜·琼森杰里米·B·M·乔维特Takashi Kadowaki公司Hyun Min Kang(玄敏康)斯塔夫罗拉·卡诺尼文宏·L·高塞卡·卡西里桑加藤顺大普拉萨德·卡图兰达Kirkka M Keinanen-Kiukaanniemi公司安·M·凯利哈山尔罕Kay-Tee Khaw公司Chiea-Chuen Khor村Hyung-Lae Kim先生金相秀小金Leena Kinnunen女士诺曼·克洛普奥古斯汀·孔埃瓦·科尔皮·霍瓦蒂苏迪尔·科尔苏尔彼得·克拉夫特贾斯米娜·克拉维奇马琳·克里斯滕森(Malene M Kristensen)S Krithika公司阿希什·库马尔耶稣·库马特约翰娜·库西斯托Soo Heon Kwak先生马克库·拉克索瓦西里基·拉古蒂莫·拉卡克劳迪娅·兰根伯格科迪莉亚·兰福德罗伯特·劳伦斯卡琳·利安德李仁迈纳内特·R·李曼丽(Man Li)李新忠李云(Yun Li)梁俊斌塞缪尔·利朱魏延林拉尔斯·林德塞西莉亚·M·林格伦埃罗·林德霍姆刘庆泰刘建军圣埃芬·洛本斯吉荣龙露丝·J·F·卢斯魏璐建安栾瓦莱丽亚·利森科罗纳德·C·W·马Shiro Maeda先生里迪克·马吉萨图·蒙尼斯托大卫·R·马修斯詹姆斯·梅格斯Olle Melander公司安德烈斯·梅斯帕卢朱莉娅·梅耶加扎拉·米尔扎伊夫林·米哈伊洛夫苏珊·莫布斯维斯瓦纳桑·莫汉卡伦·L·莫尔克安德鲁·德·莫里斯托马斯·穆利森马蒂娜·穆勒-努拉西德穆斯克中村纪郎中岛英太郎保罗·纳瓦罗彭济慈亚历山德拉·C·尼卡彼得·尼尔森Inger Njølstad公司马库斯·莫纳Keizo Ohnaka先生Twee Hee Ong公司凯瑟琳·欧文科林·N·A·帕尔默詹姆斯·斯潘科夫京秀公园梅丽莎·帕金索纳利·佩奇利瓦尼斯南希·佩德森列娜·佩尔托宁约翰·R·B·佩里安妮特·彼得斯Janini M Pinidiapathirage公司卡尔·G·柏拉图西蒙·波特杰基·F·普莱斯卢奇文卡特桑·拉达卢基亚诺斯·拉利迪斯阿西夫·拉希德沃尔夫冈·拉特曼雷纳尔·劳拉马Soumya Raychaudhuri公司N威廉·雷纳西蒙·德·里斯埃米尔·伦伯格萨穆利·里帕蒂尼尔-罗伯逊迈克尔·罗德恩伊丽莎白·J·罗辛伊戈尔·鲁丹丹尼斯·瑞宾蒂莫·萨里斯托Veikko Salomaa公司Juha Saltevo公司玛丽亚·塞缪尔达兰比尔·桑格拉Jouko Saramies公司斯科特劳拉·J·斯科特罗伯特·A·斯科特Ayellet V SegrèJoban Sehmi公司本特·森布拉德纳比·沙阿索尼亚·沙阿萨马德·谢拉肖欧舒阿兰·舒尔迪纳Gunnar Sigur Dja sson公司埃里克·西杰布兰兹安吉拉·西尔维拉史雪玲苏瑟斯·西瓦帕拉塔南Kerrin S小型Wing Yee So公司阿莱娜·斯坦查科娃凯里·斯蒂芬森杰拉尔德·斯坦巴赫瓦尔格杜·斯坦索斯多蒂凯萨琳马镫Rona J Strawbridge公司希瑟·M·斯特林汉姆戚孙陈索安·克里斯汀·西瓦宁高山隆一武内富美彦万汀泰Tanya M Teslovich先生芭芭拉·索兰古德马尔·托雷夫森Unnur Thorsteinsdottir公司埃米·蒂卡宁约瑟夫·特拉卡洛埃琳娜·特雷莫利Mieke D跳闸蔡福仁Tiinamaija Tuomi公司Jaakko Tuomilehto公司安德烈·尤特林登萨尔加多河谷塞拉贾·维丹塔姆法布里奇奥·维格里亚本杰明·福伊特王从荣尼古拉斯·J·沃勒姆罗曼·温诺尔阿南达·R·威克雷马辛格汤姆·威尔斯加德詹姆斯·威尔逊史蒂文·威尔特郡温迪·温克勒黄天音(Tien Yin Wong)安德鲁·R·伍德邬哲源吴颖(音)Ken Yamamoto(肯·山本)山内俊美杨明宇洛克·延戈横田光弘罗宾·杨黛利拉·扎巴尼范张(音译)张荣(音)魏征保罗·齐默特大卫·阿特舒勒唐纳德·波登尹信秋(Yoon Shin Cho)南希·J·考克斯米盖尔·克鲁兹克雷格·L·哈尼斯贾斯帕尔·库纳李宗英(Jong-Young Lee)马克·塞尔斯塔德Yik Ying Teo先生迈克尔·博恩克埃斯特班·J·帕拉乔恩·钱伯斯E施永泰马克·麦卡锡安德鲁·莫里斯
元分析

全基因组跨遗传荟萃分析提供了对2型糖尿病易感性遗传结构的见解

DIAbetes遗传复制与荟萃分析(DIAGRAM)联盟等。 自然基因. 2014年3月.

摘要

为了进一步了解2型糖尿病(T2D)易感性的遗传基础,我们汇总了已发表的全基因组关联研究(GWAS)的荟萃分析,包括26488例欧洲、东亚、南亚、墨西哥和墨西哥裔美国人的对照组83964例。我们观察到,T2D风险等位基因在不同祖先群体中的方向一致性显著超标,即使在单核苷酸多态性中也仅显示出微弱的相关性证据。通过对另外21491例欧洲血统病例和55647例对照的跨种族荟萃分析中最强的关联信号进行跟踪,我们确定了7个新的T2D易感位点。此外,我们观察到在几个T2D易感位点上常见变异关联信号的精细映射分辨率有了显著提高。这些观察结果强调了跨种族GWAS在发现和表征复杂性状基因座方面的益处,并强调了一个令人兴奋的机会,可以在不同血统的人群中深入了解人类疾病的遗传结构和发病机制。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争性金融利益

K.Stefansson、V.Steinthorsdottir、G.T.和U.T.受雇于deCODE Genetics/Amgen inc.I.B.,其配偶持有葛兰素史克和Incyte的股票。

数字

图1
图1。新T2D易感基因座跨种族“发现”GWAS meta分析的信号图
跨种族荟萃分析包括来自欧洲、东亚、南亚、墨西哥和墨西哥裔美国人的26488例T2D病例和83964例对照,估计高达250万第II/III期HapMap常染色体SNP。每个点代表一个SNP在跨种族荟萃分析中通过质量控制,并与他们的第页-值(在−log上10规模)作为基因组位置的函数(NCBI构建36)。在每个面板中,前导SNP用紫色符号表示。所有其他SNP的颜色编码表示LD与领先SNP(由CEU估计第页2来自第二阶段HapMap):红色第页2≥0.8; 金0.6≤第页2<0.8; 绿色0.4≤第页2<0.6; 青色0.2≤第页2<0.4; 蓝色第页2<0.2;灰色第页2未知。打印符号的形状对应于SNP的注释:框架止动块或拼接的向上三角形;非同义向下三角形;同义词或UTR的平方;圆圈表示内含子或非编码。重组率由第二阶段HapMap估计,基因注释由加州大学圣克鲁斯基因组浏览器获取。
图2
图2。信号图显示了99%可信的SNP集JAZF1公司SLC30A8型位点
可信集的构建基于:(i)仅对欧洲血统GWAS进行荟萃分析(12171例和56862例对照);以及(ii)对欧洲、东亚、南亚、墨西哥和墨西哥裔美国人的跨种族GWAS的荟萃分析(26488例和83964例对照)。在每个面板中,每个点代表MANTRA分析中通过质量控制的SNP,用其贝叶斯因子绘制(在对数上10规模)作为基因组位置的函数(NCBI构建36)。前导SNP用紫色符号表示。所有其他SNP的颜色编码表明具有前导SNP的LD(由II期HapMap CEU估计第页2欧洲血统荟萃分析和跨种族荟萃分析的CHB+JPT,以强调血统群体之间的结构差异):红色第页2≥0.8; 金0.6≤第页2<0.8; 绿色0.4≤第页2<0.6; 青色0.2≤第页2<0.4; 蓝色第页2<0.2; 灰色第页2未知。打印符号的形状对应于SNP的注释:框架止动块或拼接的向上三角形;非同义向下三角形;同义词或UTR的平方;圆圈表示内含子或非编码。重组率由第二阶段HapMap估计,基因注释由加州大学圣克鲁斯基因组浏览器获取。99%可信集覆盖的基因组区域以灰色突出显示。

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