Quantifying the local resolution of cryo-EM density maps

doi:10.1038/nmeth.2727

.2014年1月；11(1):63-5.

doi:10.1038/nmeth.2727。 Epub 2013年11月10日。

量化低温电子显微镜密度图的局部分辨率

阿尔普·库库克尔比尔¹, 弗雷德·西格沃思², Hemant D Tagare公司^三

附属公司

¹美国康涅狄格州纽黑文市耶鲁大学生物医学工程系。
²1] 耶鲁大学生物医学工程系，美国康涅狄格州纽黑文[2]，耶鲁大学细胞和分子生理学系，美国。
^三1] 美国康涅狄格州纽黑文市耶鲁大学生物医学工程系。

PMID： 24213166
PMCID公司：项目经理3903095
内政部： 10.1038/nmeth.2727

量化低温电子显微镜密度图的局部分辨率

阿尔普·库库克尔比尔等。 Nat方法. 2014年1月.

.2014年1月；11(1):63-5.

doi:10.1038/nmeth.2727。 Epub 2013年11月10日。

作者

阿尔普·库库克尔比尔¹, 弗雷德·西格沃斯², Hemant D Tagare公司^三

附属公司

¹美国康涅狄格州纽黑文市耶鲁大学生物医学工程系。
²1] 耶鲁大学生物医学工程系，美国康涅狄格州纽黑文[2]，耶鲁大学细胞和分子生理学系，美国。
^三1] 美国康涅狄格州纽黑文市耶鲁大学生物医学工程系。

PMID： 24213166
PMCID公司：项目经理3903095
内政部： 10.1038/nmeth.2727

摘要

我们提出了使用局部正弦特征的三维电子冷冻显微镜（cryo-EM）密度图局部分辨率的定义。我们的算法没有自由参数，适用于其他成像方式，包括层析成像。通过评估四个示例数据集的单粒子重建的局部分辨率和子谱平均值，我们报告了4到40奥范围内的可变分辨率。

PubMed免责声明

数字

图1
本地分辨率。**（a）**ResMap算法。波长λ被初始化为体素间距的两倍。似然比测试决定了在每个体素中是否可以检测到局部类星体模型。通过测试的体素会受到错误发现的控制。增加后，将再次测试未通过测试的体素λ（在线方法）。**（b）**类余弦和正弦H2函数沿轴定向。白色和黑色分别表示阴性和阳性部分（补充注释1）。**（c）**左侧，使用体素间距1º切片噪声模拟密度贴图。右侧，径向图。ResMap-H2分辨率估计值显示，随着模拟信号变得更加精细变化，分辨率稳步提高。底部，对应于1的结果/*（f）*噪声显示对非白噪声的鲁棒性（补充图1）。

图2
使用实验密度图的ResMap-H2结果。颜色条同时应用于卷和切片。使用UCSF Chimera渲染3D可视化效果。彩色条中的白色虚线表示原始出版物中的FSC 0.143和0.5阈值。**（a）**80S核糖体（EMD-2275）。ResMap-H2结果表明，40S亚单位内和颗粒边缘附近的分辨率降低。**（b）**杜兰病毒（EMD-5529）。ResMap估计凸出域中的分辨率较低，而外壳看起来分辨率很高。**（c）**亚谱图GroEL（EMD-2221的非截短版本）。ResMap-H2结果显示具有不同分辨率水平的α螺旋（补充图1）。**（d）**亚谱图ATP合成酶二聚体（EMD-2161的非截短版本）。ResMap显示中心二聚体的分辨率高于相邻二聚体和膜。

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