染色质修饰与基因表达的许多方面有关，但它们在发育过程中的细胞转变中的作用仍不明确。在这里，我们使用一种新的方法来获得多细胞果蝇胚胎内染色质状态和RNA聚合酶II（Pol II）占有率的细胞类型特异性信息。我们直接评估了染色质修饰与增强子时空活性之间的关系。活性发育增强子并没有独特的染色质状态，而是表现出异质性组蛋白修饰和Pol II占据。尽管存在这种复杂性，但结合染色质特征和Pol II的存在足以从头预测增强子活性。Pol II招募高度预测增强子活性的时间，似乎依赖于转录因子结合的时间和位置。染色质修饰通常划分出包含多个增强子的大调控区域，而核小体定位和Pol II占位的局部变化描绘出单个活性增强子。这种细胞类型特异性的观点确定了动态增强子的使用，这是破译发育网络的重要一步。