GLIDA: GPCR--ligand database for chemical genomics drug discovery--database and tools update

doi:10.1093/nar/gkm948

.2008年1月；36（数据库问题）：D907-12。

doi:10.1093/nar/gkm948。 Epub 2007年11月5日。

GLIDA:GPCR——化学基因组药物发现配体数据库——数据库和工具更新

大野雅史¹, 阿基科·塔蒙, Hiroaki Yabuuchi先生, 佐藤新岛, Yohsuke Minowa公司, 通村小一郎（Koichiro Tonomura）, Ryo Kunimoto先生, 冯春来

附属公司

PMID： 17986454
预防性维修识别码： PMC2238933型
内政部： 10.1093/nar/gkm948

GLIDA:GPCR——化学基因组学药物发现配体数据库——数据库和工具更新

大野雅史等。核酸研究. 2008年1月.

.2008年1月；36（数据库问题）：D907-12。

doi:10.1093/nar/gkm948。 Epub 2007年11月5日。

作者

大野雅史¹, 阿基科·塔蒙, Hiroaki Yabuuchi先生, 佐藤新岛, Yohsuke Minowa公司, 通村小一郎（Koichiro Tonomura）, Ryo Kunimoto先生, 冯春来

附属

¹日本京都大学药学研究生院药学前沿综合教育中心药物信息学系。okuno@pharm.kyoto-u.ac.jsp

PMID： 17986454
预防性维修识别码： PMC2238933型
内政部： 10.1093/nar/gkm948

摘要

G蛋白偶联受体（GPCR）是药物开发中最重要的药物靶点家族之一。GLIDA是一个与GPCR相关的公共化学基因组数据库，主要关注GPCR及其配体之间的信息整合。它提供了GPCR与其配体之间的相互作用数据，以及配体的化学信息，以及GPCR的生物信息。这些数据在关系数据库中相互连接，允许化学基因组学研究领域的用户从生物或化学起点轻松检索此类信息。GLIDA为GPCR及其配体提供了多种相似性搜索功能。因此，GLIDA可以提供关联图，将搜索到的同源GPCR（或配体）与其配体（或GPCR）联系起来。通过分析GPCR与配体之间的相关模式，我们可以更详细地了解它们的保守分子识别模式，并通过关注GPCR特异性药物的推断候选药物来改进药物设计工作。本文概述了GLIDA数据库和用户设施，并描述了数据库设计、数据内容、配体分类程序、相似性搜索选项和图形界面的最新改进。GLIDA可在以下网址公开获取：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/。我们希望它将被证明对化学基因组学研究和与GPCR相关的药物发现非常有用。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
GLIDA的屏幕截图显示了搜索页面之间的链接关系(一和b条)，结果页(**c（c）**和d日)，分析报告页(**e（电子）**)和绑定信息页(**（f）**). 分析报告页面由相关性图和相似性搜索得到的列表组成。相关图上斑点的红色和蓝色分别表示拮抗剂（包括反向激动剂）和激动剂（包括完全/部分激动剂）的配体活性。

**图2。**
配体分类页面上配体搜索过程的屏幕截图。用户可以从两个起点搜索配体：关键字搜索和簇选择。如果它们具有查询化合物的化学结构，则使用如下所示的簇选择工具执行配体搜索。选择查询复合包含的一组原子类型（步骤1），集群选择的下拉菜单将显示仅包含选定原子类型作为主要组件的集群列表（步骤2）。通过从列表中选择一个簇，用户可以在页面右上角检查主组件的原子。最后，单击搜索按钮后，GLIDA显示在所选簇中分类的所有配体的列表（步骤3）。“Atom Type TABLE”按钮将用户链接到显示每个集群的集群大小和代表性原子类型的页面。

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[7] Foord SM、Bonner TI、Neubig RR、Rosser EM、Pin JP、Davenport AP、Spedding M、Harmar AJ。国际药理学联合会。四十六、。G蛋白偶联受体列表。药理学。2005年修订版；57:279–288.-公共医学

[8] Foord SM、Bonner TI、Neubig RR、Rosser EM、Pin JP、Davenport AP、Spedding M、Harmar AJ。国际药理学联合会。四十六、。G蛋白偶联受体列表。药理学。2005年修订版；57:279–288.-公共医学

[9] Wheeler DL、Barrett T、Benson DA、Bryant SH、Canese K、Chetvernin V、Church DM、DiCuccio M、Edgar R等。国家生物技术信息中心数据库资源。核酸研究2007；35:12.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Wheeler DL、Barrett T、Benson DA、Bryant SH、Canese K、Chetvernin V、Church DM、DiCuccio M、Edgar R等。国家生物技术信息中心数据库资源。核酸研究2007；35:12.-项目管理咨询公司-公共医学

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