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doi:10.1186/gb-2005-6-7-224

.2005;6(7):224.

doi:10.1186/gb-2005-6-7-224。 Epub 2005年6月28日。

分子生物学的文本管理和信息检索服务

马丁·克莱林格¹, 阿方索·巴伦西亚

附属公司

PMID： 15998455
预防性维修识别码：项目经理1175978
内政部： 10.1186/gb-2005-6-7-224

分子生物学的文本管理和信息检索服务

马丁·克莱林格等。基因组生物学. 2005.

.2005;6(7):224.

doi:10.1186/gb-2005-6-7-224。 Epub 2005年6月28日。

作者

马丁·克拉林格¹, 阿方索·巴伦西亚

附属

¹西班牙马德里E-28049 Cantoblanco CNB-CSIC国家生物技术中心。martink@cnb.uam.es

PMID： 15998455
预防性维修识别码：项目经理1175978
内政部： 10.1186/gb-2005-6-7-224

摘要

分子生物学中的文本识别，即从文本文档中自动提取有关基因、蛋白质及其功能关系的信息，已成为信息科学、生物信息学和计算语言学领域边缘的一门混合学科。最近开发了一系列文本挖掘应用程序，这些应用程序将改善生物学家和数据库注释者对知识的访问。

PubMed免责声明

数字

图1
生物自然语言处理（BioNLP）和生物文本识别应用概述。主要主题由七种方法的内圈表示，相应的应用在外层框中给出。大多数工具都可以在线或下载。一些应用程序可以分为多个主题；这里显示的是与他们最重要的主题之一相关的内容。例如，大多数文本识别应用程序（即不仅仅用于文章检索的应用程序）都集成了命名实体识别（NER）模块，选择性信息传播（SDI）服务通常使用自动布尔查询进行文章检索。表1给出了每个应用程序的引用和URL（如果可用）。

图2
使用iHOP文本识别工具的基本步骤[40]，如屏幕截图[42]所示。对于给定的查询（例如，蛋白质符号**（a）**Wnt-1或**（b）**LEF-1），所有提及该名称的句子都是从PubMed中检索到的。这些句子还包含其他蛋白质的提及，这些蛋白质被突出显示，并可能显示与查询蛋白质的关联（参见（b）中的放大区域）。功能术语（如“target”和“complex”以及交互动词（如“activated”和“stabiles”）以粗体显示。**（c）**通过点击（a，b）左侧面板中的“基因模型”链接，可以显示与查询蛋白在句子中共现的蛋白质的交互网络。

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