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.2004年12月;60(第12部分第1部分):2184-95。
doi:10.1107/S0907444904023510。 Epub 2004年11月26日。

REFMAC5词典:先前化学知识的组织及其使用指南

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REFMAC5词典:先前化学知识的组织及其使用指南

阿列克谢·瓦金等。 Acta Crystallogr D生物晶体仪. 2004年12月.

摘要

大分子结构精细化最重要的方面之一是使用先前的化学知识。键长、键角和其他化学性质作为辅助条件用于限制精炼。本文描述了最大似然大分子再精细化程序REFMAC5使用的灵活的、人/机器可读的先前化学知识词典的组织和使用的一些方面。字典中存储了有关单体的信息,这些单体代表生物大分子(氨基酸、核酸和糖)的构成块,以及关于在大分子晶体学中常见的许多有机/无机化合物的信息。它还描述了构建块因化学反应而发生的修改以及聚合物形成所需的链接。目前有2000多个单体条目、100个修改条目和200个链接条目可用。此外,还开发了用于更新词典并向词典中添加新条目的算法和工具,并在此处介绍。在许多情况下,REFMAC5字典允许在REFMAC6优化运行中完全自动生成约束。

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