The active spatial organization of the beta-globin locus requires the transcription factor EKLF

doi:10.1101/gad.317004

比较研究

.2004年10月15日；18(20):2485-90.

doi:10.1101/gad.317004。

β-珠蛋白基因座的活性空间组织需要转录因子EKLF

罗伊·德莱森¹, 罗伯特·扬·帕斯特拉, Nynke Gillemans公司, 埃里克·斯普林特, 弗兰克·格罗斯维尔, 沙克·菲利普森, 沃特·德·拉特

附属公司

PMID： 15489291
预防性维修识别码：项目编号529536
内政部： 10.1101/gad.317004

比较研究

β-珠蛋白基因座的活跃空间组织需要转录因子EKLF

罗伊·德莱森等。基因开发. 2004.

.2004年10月15日；18(20):2485-90.

doi:10.1101/gad.317004。

作者

罗伊·德莱森¹, 罗伯特·扬·帕斯特拉, Nynke Gillemans公司, 埃里克·斯普林特, 弗兰克·格罗斯维尔, 沙克·菲利普森, 沃特·德·拉特

附属

¹荷兰伊拉斯谟大学医学中心细胞生物学系。

PMID： 15489291
预防性维修识别码：项目编号529536
内政部： 10.1101/gad.317004

摘要

基因位点的三维组织对其调控非常重要，最近对β-珠蛋白位点的研究表明了这一点。当积极表达时，β-珠蛋白基因座的顺调控元件靠近核空间，形成一个称为活性染色质中心（ACH）的隔室。然而，目前尚不清楚哪些蛋白质参与ACH的形成。在这里，我们表明EKLF，一种成人β-珠蛋白基因转录所需的红系转录因子，也是ACH形成所需的。我们得出结论，转录因子在基因位点的三维组织中起着重要作用。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
EKLF影响β的空间组织-*珠蛋白*轨迹。(A类)小鼠β的示意图-*珠蛋白*轨迹。*格洛宾*基因用三角形表示：浅蓝色表示胚胎基因，深蓝色表示胎儿/成人基因。*嗅觉受体*基因（MOR5′b和MOR3′b）用绿色矩形表示并编号。DNaseI HS显示为带箭头的红色椭圆。刻度以千为单位。(B类)PCR-扩增的结扎产品在2%琼脂糖凝胶上运行。底漆组合显示在*对。XPB公司*用于标准化模板量（Palstra等人，2003年）。（+/+）野生型；(-/-)*EKLF公司*淘汰赛。(*C、 D类*)E12.5胎儿肝脏的基因座相对交联频率。野生型肝脏的结果以蓝色显示，*EKLF公司*^-/-肝脏是红色的，大脑是黑色的。这个*X（X）*轴表示轨迹中的位置。灰色阴影表示PCR分析中使用的包含引物的HindIII片段的位置和大小。黑色阴影表示含有固定引物的片段在β的HindIII片段中的位置^马吉-基因(C类)或5′HS2(D类)。在每个图中，最高交联频率值设置为1。误差条指示S.E.M。

**图2。**
ACH子结构独立于EKLF形成。(A类)PCR-扩增的结扎产品在2%琼脂糖凝胶上运行。底漆组合显示在*正确的*. (*B、 C*)含5′HS-62的HindIII限制性片段的位点相对交联频率(b条)和5′HS4/5(*c（c）*)。有关其他详细信息，请参见图1的图例。

**图3。**
α中HS-26启动子的相互作用-*珠蛋白*基因座不受EKLF的影响。(A类)野生型和非野生型E12.5胎肝细胞的原位杂交*EKLF公司*^-/-胎儿，检测α-珠蛋白mRNA（红色）和初级转录物（绿色）。DAPI染色（蓝色）用于显示核DNA。白色箭头表示α-珠蛋白表达评分为阴性的细胞。(B类)鼠标示意图α-*珠蛋白*轨迹。带箭头的红色椭圆形表示HS-26远端调节元件的位置。类似α的*珠蛋白*基因用紫色三角形表示。（小箭头）HindIII限制站点。(C类)E12.5野生型胎肝和脑细胞中含有HS-26和α2的HindIII限制性片段的PCR-扩增结扎产物示例*EKLF公司*^-/-胎儿。这个*XPB公司*PCR产物用作模板对照。(D类)PCR扩增结扎产物的量化数据。（红色）胎肝；（灰色）大脑。误差线表示S.E.M.野生型胎儿肝细胞的交联频率设置为1。

**图4。**
EKLF直接参与β的空间组织-*珠蛋白*轨迹。(A类)用于生成转基因小鼠的EKLF–lbd表达结构示意图。Western blot显示通过识别HA标签的抗体检测到的转基因小鼠胎肝中EKLF–lbd融合蛋白的表达。(B类)实验设计流程图。从E12.5对照组和*EKLF公司*无效的：：*EKLF–磅/天*在含有或不含CHX的4-OHT存在下培养16小时。然后采集细胞，用甲醛交联，并进行3C分析。从部分细胞中分离出RNA以检测β-*珠蛋白*基因表达。(C类)实时RT-PCR分析β-珠蛋白的表达。Hprt的表达用于标准化β-珠蛋白表达水平。给出了具有代表性的实验。(D类)5′HS2与β相互作用的3C分析-*珠蛋白*发起人。显示了PCR反应的典型示例。误差条表明S.E.M.Calreticulin被用作模板控制。

**图5。**
完整ACH的形成需要EKLF的存在。图中显示了ACH三维结构的二维表示。ACH是一个专门用于RNA聚合酶II转录的核区室，由顺式-β的调节元件-*珠蛋白*基因座（Palstra等人，2003年）。在红系细胞中，ACH的亚结构独立于EKLF形成，由LCR 5′侧的5′HS-62/-60、3′HS1和HS组成。该子结构发展为全功能ACH，包括LCR 3′侧的HS和活性β-*珠蛋白*基因依赖于EKLF的存在。（灰球）ACH子结构；（黄色球体）ACH。RNA转录本显示为红线。有关其他详细信息，请参见图1A的图例。

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[10] De Laat W.和Grosveld，F.2003。基因表达的空间组织：活性染色质枢纽。染色体研究5:447-459。-公共医学

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